基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性*     

黄景  欧泽奎  刘文广  何毛贤 《热带海洋学报》2020,39(5):1-18

塔形马蹄螺(Tectus pyramis), 海洋软体动物, 广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据, 平均测序深度为337.87倍, 测序质量值(Q₃₀)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签, 获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs), 其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)值分别为0.1441~0.1611和0.2537~0.2695。平均多态性信息含量(PIC)为0.2048~0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析, 将45个个体大致分为3个类群, 每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似, 遗传距离最低(0.2510), 遗传分化系数F_st值最低(0.0818)。但XS与其他两个群体间的遗传分化明显, 尤其是XS和SZ群体(F_st=0.1868)。3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关。  相似文献   

马氏珠母贝家系的生长比较   总被引：12，自引：0，他引：12  

何毛贤  管云雁  林岳光  黄良民 《热带海洋学报》2007,26(1):39-43

采用单对配对方法建立马氏珠母贝Pinctada martensii第一代家系7个,对家系间的生长和家系内大小变异进行了分析比较。7个家系的壳高大小顺序为F15>F20>F18>F19>F12>F17>F21,总重大小顺序为F15>F18>F19>F20>F12>F17>F21。在同批家系中,F15的壳高、总重显著大于其它2个家系(F12、F17)(p<0.05),其壳高比F12大11.64%,比F17大16.01%;其总重比F12重27.40%,比F17重38.98%,而且其个体大小变异较小,表现出明显的生长优势,是一个生长性状优良的家系。F18在壳高和总体重上比F19大2.88%和19.49%。F20显著大于F21(p<0.05),壳高比F21大19.49%,总重大53.72%,该家系生长较快,可通过进一步的选择培育成一个生长快、个体大的家系。  相似文献   

合浦珠母贝二倍体、三倍体和非整倍体群体的基因杂合度与生长比较   总被引：6，自引：0，他引：6  

何毛贤  沈琪  林岳光  姜卫国  潘金培 《热带海洋学报》2002,21(4):55-62

采用淀粉凝胶电泳方法对合浦珠母贝Pinctadamartensi(D.)雌性三倍体与雄性二倍体交配,细胞松弛素B抑制其受精卵第一极体释放产生的二倍体、三倍体及非整倍体3个群体进行了同工酶研究。二倍体、三倍体及非整倍体群体在6个多态位点的平均基因杂合度分别为0.255±0.087,0.286±0.097,0.275±0.089,三倍体的杂合度高出二倍体约12%,表明多倍体诱导能增加诱导群体的杂合度。但在单个位点上,三倍体的杂合度不一定高于二倍体;在各自群体内,平均杂合位点数与生长间无明显的相关性,单个位点上的杂合子也未完全表现出其生长大于纯合子,且差异不明显(p>0.05)。因此,合浦珠母贝三倍体的快速生长难以完全用杂合度增高假说解释,只能说明诱导处理能使三倍体的杂合度增高,而能量再分配和"巨型性"可能对其快速生长起着不可忽视的作用。非整倍体群体的杂合度高于二倍体群体,但其生长却小于二倍体,其原因可能是染色体的增减对机体的生长有一定的影响。  相似文献   

Production of Aneuploid Pinctada martensii Dunker in Tetraploid Induction     

何毛贤  林岳光  沈琪  胡建兴  姜卫国 《海洋通报(英文版)》2001,3(1)

Aneuploidy embryos of Pinctada martensii Dunker are produced during tetraploid induction by inhibiting the first polar body in eggs from triploid fertilized with haploid sperms with cytochalasin B treatment. Chromosome analysis reveals that there are 88.18 ±6.79% aneuploidy embryos, and 28.70% aneuploids in pearl oysters of one-year age These aneuploids have five chromosomal conditions, such as 2n + 1(29), 2n + 2 (30), 3n-2 (40), 3n-1(41) and 3n + 1 (43). Results of growth measurement show that there is no significant difference between aneuploids (as a group) and diploids in body size and weight (p ＞ 0.10), but the aneuploide is obviously different from triploid (p ＜ 0.01). The mean body size and weight of aneuploids in diploid condition (2n ± 1 and 2n ± 2) are significantly smaller than those of diploids (p ＜ 0.01),but aneuploids within triploid condition (3n ± 1 and 3n ± 2) are not smaller than diploids in body size and weight (p ＞ 0.1).This study indicates Pinctada martensii Dunker could tolerate aneuploidy by 7 ～ 14% of the haploid genome, and that aneuploids of this species are viable under certain conditions.  相似文献   

马氏珠母贝生长性状的相关分析   总被引：21，自引：0，他引：21  

何毛贤  史兼华  林岳光  姜卫国  黄良民 《海洋科学》2006,30(11):1-4

对马氏珠母贝(Pinctadamartensi)不同生长时期的壳长、壳高、壳宽和活体质量进行了一年多的跟踪测量。分析表明,在不同生长时期,其4个性状的两两间的相关系数均达到极显著水平(P<0.01),但其相关系数大小排列顺序存在差异,8次测量的平均相关系数大小依次为壳高-壳长>壳宽-体质量>壳高-体质量>壳长-体质量>壳长-壳宽>壳高-壳宽。在不同生长时期,活体质量对壳高、壳宽的偏回归系数均极显著(P<0.01),而对壳长的偏回归系数在第1,3,7,15个月时不显著(P>0.05)。该研究的结果可为珍珠贝的选育种的重要目标性状的确定提供理论指导。  相似文献   

三倍体合浦珠母贝不育性研究     

何毛贤  林岳光  姜卫国 《热带海洋学报》1996,(2)

对三倍体合浦珠母贝Ｐｉｎｃｔａｄａｍａｒｔｅｎｓｉｉ（Ｄ．）春、秋两繁殖盛期的生殖腺进行了组织学观察，并对其配子形成及受精、发育进行了研究。结果表明：合浦珠母贝三倍体的生殖腺发育差，生殖细胞数量少，极少个体能见到成熟卵母细胞和精子；三倍体的配子能完成受精作用，能发育至直线铰合期。配子多为非整倍体，其染色体数目多为１４—２８，胚胎染色体数目主要为２８—４２，故胚胎不能正常发育。因此，三倍体合浦珠母贝是不育的．  相似文献   

生长激素与胰岛素样生长因子-Ⅰ对马氏珠母贝壳生长形成相关基因表达的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

张立娟  何毛贤 《热带海洋学报》2012,(2):96-101

研究了外源生长激素与胰岛素样生长因子-Ⅰ处理对马氏珠母贝Pinctada fucata Gould胰岛素相关多肽受体基因(irr)和5种壳基质蛋白基因(nacrein、efcbp、n19、aspein及accbp)表达水平的影响。结果表明,激素处理显著提高了irr基因的表达水平(P<0.05),这与其在软体动物中作为胰岛素样生长因子受体的作用相一致。nacrein基因的表达水平在激素处理组也有显著升高(P<0.05),表明生长激素与胰岛素样生长因子-Ⅰ两种外源激素都增强了马氏珠母贝的生长代谢水平;与对照组相比,n19、aspein与accbp3个基因的表达水平在激素处理组均下调(P<0.05),说明这3个基因的表达受到激素调节通路的抑制作用。此外,研究发现aspein与accbp两个基因的表达在各个实验样本中具有极高的相关性,说明这两个基因在激素通路中可能受到同一个上游因子调控。efcbp基因表达水平在激素处理组与对照组之间表达稳定,各样本之间无显著性的变化(P>0.05)。  相似文献   

两个大珠母贝群体遗传多样性的ISSR分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

姜因萍  何毛贤  黄良民  袁涛 《热带海洋学报》2008,27(3):61-65

用ISSR标记技术对我国两个大珠母贝Pinctada maxima群体的遗传多样性进行分析.7条ISSR引物在两个群体中共得到91个清晰的扩增位点.总多态位点百分率为100%,H= 0.2832, I = 0.4372,总的遗传变异中有21.54%的变异存在于两个群体之间,而78.46%的遗传变异是发生在群体内.海南群体的遗传多样性水平(PPB＝91.21%,I=0.414 4±0.236 4,H=0.271 5±0.179 0)高于广西群体(PPB＝82.42%,I=0.362 1±0.253 4,H=0.235 6±0.1837),广西群体的单态位点数(15个)明显高于海南群体(8个).NJ聚类分析表明两群体各自聚类成一簇.研究结果表明我国大珠母贝的遗传多样性水平较高,两群体间存在较明显的遗传差异  相似文献   

合浦珠母贝四倍体诱导过程中非整倍体的产生     

何毛贤  林岳光  沈琪  胡建兴  姜卫国 《热带海洋学报》2000,19(4):59-64

合浦珠母贝Pinctadamartensii (Dunker)三倍体的卵与二倍体的精子授精 ,以细胞松弛素B(CB)抑制第一极体释放诱导四倍体 ,得到胚胎期非整倍体占 (88.1 8± 6 .79) % ,1龄贝中非整倍体约占 2 8.70 %。成贝非整倍体染色体数目有 2 9,3 0 ,40 ,41 ,43条 5种类型。非整倍体作为一个群体其壳长和体重与二倍体无明显差异 (p >0 .1 0 ) ,但与三倍体有显著差异 (p<0 .0 1 ) ;二倍性水平的非整倍体的壳长和体重明显小于二倍体 (p <0 .0 1 ) ,而三倍性水平的非整倍体与二倍体无明显差异 (p >0 .1 0 )。研究结果表明 ,合浦珠母贝能耐受约单倍体染色体数目 7%— 1 4%的增加或减少 ,且表明合浦珠母贝非整倍体在一定条件下是可以存活的。  相似文献   

马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析          下载免费PDF全文

李耀国  刘文广  林坚士  何毛贤 《海洋通报》2016,35(1):96-102

利用13个源自转录组序列的SNP标记对3个马氏珠母贝(Pinctada fucata)家系进行遗传多态性分析及聚类分析。结果显示,家系1#、3#、6#的平均期望杂合度(He)分别为0.307 8、0.318 9和0.382 7;平均观测杂合度(Ho)分别为0.342 2、0.341 0和0.394 2;平均多态信息含量(PIC)分别为0.243 5、0.247 9和0.297 7。结果表明,3个马氏珠母贝家系具低度或中度遗传多态性,为马氏珠母贝内SNP应用于遗传多态性分析等提供了基础。利用SNP标记对3个家系进行聚类分析,发现半同胞家系1#和3#在家系及个体聚类中均先聚在一起,然后再与亲缘关系较远的家系6#聚在一起。新开发的SNP标记能较准确地对家系及个体进行聚类,为SNP标记应用于马氏珠母贝遗传关系分析提供了研究基础。  相似文献