排序方式： 共有4条查询结果，搜索用时 15 毫秒
1
1.
长江、黄河和辽河水系中华绒螯蟹野生和养殖群体遗传变异的微卫星分析 总被引：15，自引：1，他引：14
我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域,经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明:(1)6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(Ho=0.702—0.744),香农信息指数(I)显示6群体的遗传多样性水平依次为:长江野生长江养殖黄河野生辽河养殖黄河养殖辽河野生。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体间的遗传分化处于较低水平(FST0.05);(3)瓶颈效应和遗传结构分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低,且6种群内个体的遗传组成混杂。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。 相似文献
2.
漂白粉消毒是凡纳滨对虾养殖源水常见的管控措施, 可有效控制病原菌传播; 然而,消毒会强烈扰动水体微生物群落,但源水细菌群落对漂白粉消毒的响应特征尚未阐明。在室内条件下, 设置高浓度(60 mg/L)和低浓度(20 mg/L)漂白粉消毒源水, 通过高通量测序及荧光定量PCR技术探究消毒后源水细菌群落、病原菌及抗生素抗性基因(ARGs)的动态响应规律。结果显示, 消毒后, 拟杆菌门(Bacteroidota)丰度上升, 高浓度组变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著降低; 至第3天, 两组源水的细菌群落组成趋于一致。此外, 漂白粉消毒显著改变了源水的细菌群落结构及共现网络的复杂性。在控制水体病原菌方面, 消毒后病原菌的总丰度降低, 但种类增加, 高浓度漂白粉消毒对病原菌的抑制作用更加显著。漂白粉消毒对ARGs的去除具有选择性, 仅对sul1、floR、cfr、tetQ有一定的去除作用, 且高、低浓度对ARGs的去除无差异。综上, 60 mg/L可以作为漂白粉消毒养殖源水的更好浓度选择。研究结果从微生物生态视角评价了不同浓度漂白粉的消毒作用, 可为对虾养殖生产中的源水管控提供理论支撑。 相似文献
3.
我国中华绒螯蟹(以下简称河蟹)养殖主要集中在长江、黄河和辽河流域, 经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成一定的影响,因此本研究利用29个微卫星标记对3个水系的野生和养殖群体进行了遗传特征分析。结果表明：(1) 29个SSR标记共检测到943个等位基因,各位点等位基因数在11-52之间, 平均为32.52个; 各位点的平均观测和期望杂合度分别为0.723和0.876,仅5个位点处于Hardy-Weinberg平衡中;各位点平均多态信息含量(PIC)为0.864,其中28个为高多态性位点(PIC>0.5)。(2) 6个群体均表现出较高的遗传杂合度水平(HO=0.702-0.744);香农信息指数(I,介于2.566-2.661)显示6群体的遗传多样性水平依次为：长江野生>长江养殖>黄河野生>辽河养殖>黄河养殖>辽河野生。(3)方差分析(AMOVA)结果显示,来源于种群内个体间和个体内部的变异分别为14.02%和85.88%,群体遗传分化指数FST仅为0.0008-0.0050,群体间的遗传分化处于较低水平(FST<0.05);基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类结果显示,长江野生群体单独聚为一支, 其余5群体共同聚为大一支, 其中长江养殖群体、黄河野生群体与黄河养殖群体聚为一小支,辽河野生群体和养殖群体聚为另一小支。(4) 瓶颈效应分析显示,所有群体近期均经历过有效种群的降低。群体遗传结构分析显示显示,6种群内个体的遗传组成混杂,不能根据其遗传结构划分出最佳理论群体数。综上所述,三水系野生和养殖群体均具有较高的遗传多样性,长江和黄河野生群体的遗传多样性略高于养殖群体;三水系河蟹野生群体的遗传分化与地理距离具有一定的相关性,长江养殖群体、黄河野生及养殖群体间的遗传分化较小可能与其跨流域引种及养殖群体逃逸造成其种质混杂有关。 相似文献
4.
菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌。本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序, 用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释, 并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析。基因组注释结果显示, Z3基因组大小为3525503bp, GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4%, 预测包含3509个编码蛋白基因。通过16S rRNA基因全长序列比对、平均核苷酸一致性(ANI)、DNA-DNA杂交(DDH)和共线性分析发现, 菌株Z3与Aliiroseovarius crassostreae CV919-312T的16S rRNA基因全长序列相似度最高, 为98.20%, 与Aliiroseovarius sediminilitoris DSM 29439T的DDH和ANI值最高, 分别为26.80%和84.95%, 属于Alliroseovarius属的新种, 将其命名为Aliiroseovarius sp. Z3。经比较基因组分析发现, Aliiroseovarius sp. Z3与5个近缘的模式株细菌共享2005个直系同源核心基因簇; Z3拥有的413个独立基因经注释, 主要与碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢、复制、重组及修复等功能相关。功能注释发现Z3具有进行完整的反硝化途径的相关基因, 其利用的可能是环境中的硝酸盐、亚硝酸盐等。本研究对Z3全基因序列的注释、功能和比较基因组的分析, 不仅丰富了Aliiroseovarius属细菌基因组资源, 还为深入研究其反硝化特性等提供了基础。 相似文献
1