山东半岛南北两侧海域真核浮游生物群落特征及与环境因子的相关性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘朋超  王卫军  骆启豪  李彬  孙国华  赵强  张金浩  杨建敏 《海洋与湖沼》2019,50(4):876-885

为了解山东半岛南北两侧的烟台崆峒岛(KTD)海域和日照东港(DG)海域真核浮游生物群落特征,采用高通量测序技术,以18S rDNA V4区为目标基因,对2017年10月至2018年7月两海域的真核浮游生物多样性进行了检测;同期测定两海域的环境因子(溶解氧、氨氮含量等10个理化指标),并与真核浮游生物丰富度做相关性分析。实验结果表明:通过高通量测序技术共鉴定出浮游生物455种,其中,KTD海域共检测出真核浮游生物36个门类424种;DG海域共检测出真核浮游生物34个门类365种。绿藻门(Chlorophyta)、硅藻门(Diatomea)是两海域浮游植物中整体丰度最高的门类。KTD海域,绿藻门各月丰度在3.0%—21.3%之间,其中2018年7月(K1807)最高,达到了21.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—16.59%之间,其中2018年2月(K1802)最高,达到了16.59%。DG海域,绿藻门各月丰度在2.0%—12.3%之间,其中2017年11月份(D1711)最高,达到了12.3%;硅藻门各月丰度在2.0%—47.0%之间,其中1月(D1801)最高,达到了47.0%。占优势地位的浮游动物主要是节肢动物门类的物种,其每月丰度分别在6.0%—38.9%和7.6%—48.6%之间。环境因子相关性分析表明水温、DO、pH、硅酸盐、硝酸盐氮等环境因子为影响该海域浮游生物群落结构的主要因子。研究结果对了解双壳经济贝类养殖区饵料组成及其在时空的变化,对海岸带食物网、生态基础管理和海洋经济贝类养殖生产等方面提供数据支撑。  相似文献   

中国东海和韩国马山湾海域2株原甲藻的形态结构和分子序列比较   总被引：2，自引：0，他引：2  

王红霞  陆斗定  黄海燕  夏平  戴鑫烽  Jeanette G 《海洋学研究》2011,29(1):42-48

对采自我国东海温岭海域和韩国南部马山湾海域的2株原甲藻进行了藻种分离、纯化培养及rDNA ITS分子序列的PCR扩增与测序,并运用显微镜、扫描电镜、Jukes-Cantor距离矩阵及构建的系统发育树,比较研究了2株原甲藻的形态结构和分子序列.结果表明:温岭藻株(LAMB090508)和马山湾藻株(PDKS0206)具有...  相似文献   

丛粒藻形态多样性与遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

王朋云  茅云翔  孔凡娜  马梅  马飞 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(5):63-70

观察了采集自不同地点的3株丛粒藻(Botryococcus braunii)(AGB-Bb01、AGB-Bb02和AGB-Bb03)的显微结构和亚显微结构,以18S rDNA和ITS区序列为目标位点比较分析了16株丛粒藻藻株的遗传距离和序列相似性,重建了系统发生树。结果表明:丛粒藻不同地理株在细胞大小、聚落大小和聚落细胞数目方面存在较明显的差异,亚显微结构显示不同藻株的杯状鞘厚度及细胞包埋程度也存在差异;不同地理株间具有较高的遗传多样性,系统发生树显示所有藻株可分成2个簇群和4个亚群,存在一定程度的地理隔离。研究证明了18S rDNA和ITS区序列是进行丛粒藻基因分型和遗传多样性研究的良好位点。本研究为系统了解丛粒藻的遗传多样性和开展优良藻株选育工作奠定了基础。  相似文献   

Molecular identification of a species in genus Nannochloropsis     

Si Li  Kehou Pan  Baohua Zhu  Xiaolei Ma  Xin Liang  Guanpin Yang 《中国海洋大学学报(英文版)》2011,10(4):391-396

  相似文献   

中国南海一株固氮类芽孢杆菌的筛选和分离鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

张丽红  刘艳芳  胡青平 《海洋科学》2015,39(3):100-105

为了解中国南海海洋自生固氮菌的种类,作者对采集的南海海底淤泥样品进行了固氮微生物的分离、筛选及鉴定。经过土样沸水加热处理,无氮培养基平板初筛后,对分离获得的细菌固氮酶结构基因nif H进行扩增,并对其固氮酶活性进行检测,最终获得一株能够产芽孢的固氮细菌。对该菌株进行生理生化性状测定、16S r DNA序列分析(Gen Bank登录号KJ627376),并基于nif H、16S r DNA系统进化树分析,确定该菌为一株固氮类芽孢菌(Paenibacillus sp.)NH-1。本研究表明固氮类芽孢杆菌在海洋中确有分布,海洋自生固氮菌的多样性远远超出人们之前的认识。  相似文献   

青岛潮间带沉积物可培养厌氧细菌多样性的研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

王雅苹  史晓翀  于少兰  张晓华 《海洋科学》2015,39(3):92-99

为了验证设计的简易厌氧培养方法,作者以青岛潮间带沉积物为研究对象,采用5种培养基,从青岛潮间带沉积物共分离获得138株厌氧细菌。16S r DNA序列分析表明,这些细菌分属3个门15个属32个种,其中γ-变形菌纲64株18个种,在种类上处于优势地位;此外还包括δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)16株2个种,ε-变形菌纲4株1个种,拟杆菌门(Bacteroidetes)29株8个种,梭杆菌门(Fusobacteria)25株3个种。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、Marinifilum属、泥杆菌属(Ilyobacter)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)在数量上占优势。此外,有26株8种细菌(占总菌株数的18.84%)与已知菌的同源性介于89.38%~94.22%,为潜在的海洋细菌新科或新属,表明此简易厌氧菌培养方法在获得新菌方面具有较大优势。另外,研究结果还表明,不同培养基对特定的类群具有选择性:2216E培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高;SPG培养基在获得新菌方面具有优势(占新菌数62.5%),且这些新菌大多属于拟杆菌门和梭杆菌门,其中SPG-1培养基对于分离硫酸盐还原菌和难培养的ε-变形菌纲细菌具有优势,SPG-4培养基对分离硝酸盐还原菌具有优势。  相似文献   

三种裸腹溞的16S rDNA序列分析与系统分类探讨     

徐敏  邓道贵  张海军  王文平  晁秋杰 《湖泊科学》2015,27(2):305-310

为了检验已记录的3种裸腹溞(发头裸腹溞(Moina irrasa)、短型裸腹溞(Moina brachiata)、微型裸腹溞(Moina micrura))的系统分类,用试剂盒法分别提取3种裸腹溞的基因组DNA.利用特异性引物,通过PCR扩增了3种裸腹溞的16S r DNA部分序列,并与来自Gen Bank中每个种类相似度较高的裸腹溞属序列进行分析.结果表明,3种裸腹溞的平均种间相似度为88.7%,碱基中A+T含量均明显高于G+C含量.本研究的发头裸腹溞的16S r DNA序列与Gen Bank所下载的多刺裸腹溞(Moina macrocopa)的16S r DNA序列相似度为99%,遗传距离(K2P双参考模型)为0.5%,属种内范围;两个地区的短型裸腹溞测得的16S r DNA序列与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞的16S r DNA序列序列相似度相对较低(88%~90%),遗传距离较大(13.2%~13.5%左右),已达到属内种间分化水平.基于16S r DNA构建的NJ树和贝叶斯树也支持以上结论.结果表明,本研究的发头裸腹溞可能为多刺裸腹溞,本研究用的短型裸腹溞与Gen Bank下载的欧洲短型裸腹溞已经达到种间分化的标准.由于缺乏物种形态资料和其他分子标记的对比,3种裸腹溞的分类地位还需进行更深入的探讨.  相似文献   

象山港养殖大黄鱼寄生新贝尼登虫成虫形态学和28S rDNA,ITS1分子鉴定     

苗亮  李明云  蒋进  丁文超  陈炯  史雨红 《海洋学报》2012,34(2):122-128

贝尼登类单殖吸虫是象山港海水养殖鱼类中一类危害严重的寄生虫。应用PCR扩增及DNA序列分析的分子生物学手段,并结合对成虫的形态学分析,对象山港养殖大黄鱼体表寄生的贝尼登类单殖吸虫(记作XSp)进行了种类鉴定,结果表明XSp从形态特征上属于新贝尼登虫属,与梅氏新贝尼登虫高度相似。扩增得到XSp的28S rDNA和ITS1序列长度分别为393和427 bp,与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫的5个28S rDNA 序列、2个ITS1序列的比对分析显示相似性除1个为97.4%外其余均大于99%,提示XSp与这几个鱾新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫为种内关系,而XSp与贝尼登虫的3个28S rDNA 和1个ITS1序列相似性分别为84.3%~89.5%和60.2%。系统进化树显示该吸虫与梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫形成一个紧密的簇,而与贝尼登虫亲缘关系较远。根据普通生物学和序列特征分析,将XSp定种为梅氏新贝尼登虫,并且支持Whittington和Horton (1996)提出的梅氏新贝尼登虫和鱾新贝尼登虫为同种异名的分类观点。  相似文献   

Screening of marine fungus from Nanji Island and activity of their metabolites against pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea     

赵淑江  李书平  刘辉辉  赵倩  王杰优  闫茂仓 《中国海洋湖沼学报》2012,30(5):746-756

Seventy-eight marine fungal strains were isolated from sediment samples collected off the coast of Nanji Island,Wenzhou,Zhejiang Province,China.Antibacterial screening using the agar disc method showed that 19 of the isolated strains could inhibit at least one pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea.Subsequent screening confirmed that nine strains produced antibacterial metabolites that had activity against one or several types of pathogenic Vibrio.Strain NJ0104 had the widest antimicrobial spectrum and strong activity,particularly against Vibrio parahaemolyticus-MM0810072.A preliminary study of NJ0104 antibacterial metabolites demonstrated that they had thermal stability up to 80°C,ultraviolet stability up to 40 min and pH stability between 4.0-7.0.In addition,the antibacterial metabolites were readily soluble in butanol.To identify the specific strain,the ITS-5.8S rDNA regions of NJ0104 were PCR amplified and sequenced.Based on the combination of phenotypic and genotypic data,the strain was identified as Arthrinium sp.  相似文献   

Molecular analysis of complete ssu to lsu rdna sequence in the harmful dinoflagellatealexandrium tamarense (korean isolate, HY970328M)     

Jang-Seu Ki  Myung-Soo Han 《Ocean Science Journal》2005,40(3):43-54

New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellateAlexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA, were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report inAlexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp (44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance, 91% sequence similarity) in comparison withProrocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains. In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton,A tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic ambiguities ofAlexandrium genus, particularly of the tamarensis complex.  相似文献