| 马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析 |
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| 引用本文： | 王忠良,丁燏,许尤厚,王蓓,张健东.马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析[J].海洋与湖沼,2018,49(2):403-412. |
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| 作者姓名： | 王忠良 丁燏 许尤厚 王蓓 张健东 |
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| 作者单位： | 广东海洋大学水产学院;南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室;广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院) |
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| 基金项目： | 广东省省级科技计划项目,2015A020209169号;广东海洋大学优秀青年骨干教师特别资助计划项目,GDOU2015050214号;国家自然科学基金项目,31202023号;广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室（钦州学院）开放课题,2017KB03号。 |
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| 摘 要： | 本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多。SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes(44.91%)匹配到GO分类条目;18150条unigenes(26.84%)获得COG注释信息,并以"一般功能预测"类最多;10981条unigenes(16.24%)富集到32条KEGG子集,其中以"信号转导"子集中富集的SNP-unigene最多。进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到"Platelet activation"等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点。基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点。
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| 关 键 词： | 马氏珠母贝 单核苷酸多态性标记 转录组 分子标记 |
| 收稿时间： | 2017/10/16 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2017/11/22 0:00:00 |
SNP DISCOVERY AND FUNCTIONAL ANNOTATION IN TRANSCRIPTOME DATASETS FROM HEMOCYTES OF PINCTADA FUCATA |
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| WANG Zhong-Liang,DING Yu,XU You-Hou,WANG Bei and ZHANG Jian-Dong.SNP DISCOVERY AND FUNCTIONAL ANNOTATION IN TRANSCRIPTOME DATASETS FROM HEMOCYTES OF PINCTADA FUCATA[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2018,49(2):403-412. |
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| Authors: | WANG Zhong-Liang DING Yu XU You-Hou WANG Bei and ZHANG Jian-Dong |
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| Institution: | Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Key Laboratory of Aquaculture in South China Sea for Aquatic Economic Animal of Guangdong Higher Education Institutes, Zhanjiang 524088, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China,Guangxi Key Laboratory of Beibu Gulf Marine Biodiversity Conservation, Qinzhou University, Qinzhou 535000, China,Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China and Fisheries College, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China;Key Laboratory of Aquaculture in South China Sea for Aquatic Economic Animal of Guangdong Higher Education Institutes, Zhanjiang 524088, China |
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