| 大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析 |
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| 引用本文： | 朱婷芳,管峰,苗亮,史雨红,陈炯.大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析[J].海洋与湖沼,2020,51(2):335-344. |
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| 作者姓名： | 朱婷芳 管峰 苗亮 史雨红 陈炯 |
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| 作者单位： | 宁波大学农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院生物化学与分子生物学实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院生物化学与分子生物学实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院生物化学与分子生物学实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院应用海洋生物技术教育部重点实验室 宁波315832;宁波大学农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院生物化学与分子生物学实验室 宁波315832;宁波大学海洋学院应用海洋生物技术教育部重点实验室 宁波315832 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，31772876号，31402323号；宁波市科技创新团队项目，2015C110018号；宁波市自然科学基金项目，2018A610225号；宁波市科技富民项目，2017C10037号。 |
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| 摘 要： | 低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491 (Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。
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| 关 键 词： | 低氧胁迫 基因表达 信号通路 比较转录组学分析 大弹涂鱼 |
| 收稿时间： | 2019/11/22 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2019/12/27 0:00:00 |
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