| 军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析 |
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| 引用本文： | 杨二军,杨林桐,王维政,黄建盛,张健东,王忠良,陈刚.军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析[J].海洋学报,2022,44(1):113-124. |
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| 作者姓名： | 杨二军 杨林桐 王维政 黄建盛 张健东 王忠良 陈刚 |
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| 作者单位： | 1.广东海洋大学 水产学院，广东 湛江 524088 |
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| 基金项目： | 南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)资助项目(ZJW-2019-06);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系资助项目(CARS-47);广东海洋大学本科生创新创业团队项目(CCTD201804)。 |
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| 摘 要： | 为了研究低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组中单核苷酸多态性(SNP)标记位点及SNP所在基因SNP-Unigene的作用，通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧胁迫转录组测序结果进行SNP检测，并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释。结果显示，军曹鱼转录组SNP位点分布在26 120条SNP-Unigene上，共检测到431 845个SNP位点，SNP平均发生频率约为1/171 bp；SNP-Unigene功能注释发现，在低氧胁迫条件下，军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等信号通路。进一步筛选到3 417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中。基于转录组差异基因分析，检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况。同时，也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况。研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础，为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考。
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| 关 键 词： | 军曹鱼 低氧胁迫 转录组测序 免疫基因 单核苷酸多态性 |
| 收稿时间： | 2021-05-12 |
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