| 基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析 |
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| 引用本文： | 吕振明,侯龙,龚理,刘立芹,陈永久,郭宝英,董迎辉,吴常文.基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析[J].海洋与湖沼,2017,48(4):877-883. |
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| 作者姓名： | 吕振明 侯龙 龚理 刘立芹 陈永久 郭宝英 董迎辉 吴常文 |
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| 作者单位： | 浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022,浙江万里学院 浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室 宁波 315100,浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，41406138号；浙江省自然科学基金项目，LY130190001号；浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室开放课题，KF201-6008号。 |
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| 摘 要： | 对均一化转录组测序获得的47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析,结果表明,乌贼转录组中微卫星位点丰富,每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(38.69%),其次依次为三碱基(31.14%)、二碱基(26.35%)、四碱基(3.29%)、五碱基(0.38%)、六碱基(0.14%)重复,短序列类型占微卫星总量的96.18%。同碱基类型的微卫星序列组成又存在差异,AC(54.51%)和AG(31.22%)是最常见的二碱基重复序列;而AGC(16.37%)和AAC(14.06%)是最常见的三碱基重复序列。通过引物设计和体系优化,共筛选到了24对多态性微卫星位点,对来自福建漳州海域的35只野生曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)个体进行群体遗传学检测,结果表明,每个位点检测到的等位基因数3—10个不等(均值5.9个);平均杂合度观测值(Ho)和期望值(H_e)分别为0.518和0.681。除2个位点外所有位点的多态信息含量(PIC)都大于0.5。Hardy-Weinberg平衡检测表明,仅4个位点有显著偏离(P0.05),未检测到连锁不平衡现象。这表明转录组高通量测序技术适于乌贼微卫星位点的开发,获得的SSR标记可用于今后乌贼资源遗传评估和科学有效管理过程。
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| 关 键 词： | 曼氏无针乌贼 转录组 EST序列 微卫星 |
| 收稿时间： | 2017/3/29 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2017/4/23 0:00:00 |
ISOLATION AND ANALYSIS ON EST MICROSATELLITES OF SEPIELLA JAPONICA BY DE NOVO HIGH-THROUGHPUT TRANSCRIPTOME SEQUENCING |
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| L&#; Zhen-Ming,HOU Long,GONG Li,LIU Li-Qin,CHEN Yong-Jiu,GUO Bao-Ying,DONG Ying-Hui and WU Chang-Wen.ISOLATION AND ANALYSIS ON EST MICROSATELLITES OF SEPIELLA JAPONICA BY DE NOVO HIGH-THROUGHPUT TRANSCRIPTOME SEQUENCING[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2017,48(4):877-883. |
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| Authors: | L&#; Zhen-Ming HOU Long GONG Li LIU Li-Qin CHEN Yong-Jiu GUO Bao-Ying DONG Ying-Hui and WU Chang-Wen |
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| Institution: | National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China,Zhejiang Key Laboratory of Aquatic Germplasm Resources, Zhejiang Wanli University, Ningbo 315100, China and National and Provincial Joint Laboratory of Exploration and Utilization of Marine Aquatic Genetic Resources, Zhejiang Ocean University, Zhoushan 316022, China |
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