| 淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)微小RNA(miRNA)的生物信息学发掘与分析 |
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| 引用本文： | 柳承璋,李富花,相建海.淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)微小RNA(miRNA)的生物信息学发掘与分析[J].海洋与湖沼,2013,44(4):837-845. |
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| 作者姓名： | 柳承璋 李富花 相建海 |
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| 作者单位： | 中国科学院海洋研究所 中国科学院大学;中国科学院海洋研究所;中国科学院海洋研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重大项目, 30730071号; 国家863项目, 2012AA10A404号, 2012AA092205号 |
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| 摘 要： | 微小RNA(microRNA或miRNA), 是广泛存在于多细胞生物及其病毒的一类由22个左右核苷酸组成的内源性非编码RNA, 具有转录后水平上的基因表达调控功能。本文在淡水枝角水蚤的全基因组序列的基础上, 通过生物信息学方法对淡水枝角水蚤(Daphnia pulex) miRNA进行了发掘, 得到miRNA前体(pre-miRNA) 252个、可编码262个功能miRNA; 发现了6个miRNA簇。8号染色体miRNA的出现频率显著高于其他染色体, 而4号染色体miRNA频率明显显著较低。通过与几种两侧对称动物的聚类分析将pre-miRNA归为191个miRNA家族, 其中105个家族为淡水枝角水蚤所特有, 15个家族为节肢动物门特有。在几种两侧对称动物中, 淡水枝角水蚤的miRNA与果蝇最为相似。
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| 关 键 词： | 淡水枝角水蚤 甲壳动物 microRNA miRNA 微小RNA 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2011/6/27 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2011/11/15 0:00:00 |
Bioinformatic Analysis of Microrna Genes in Daphnia pulex |
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| LIU Cheng-Zhang,LI Fu-Hua and XIANG Ji-Hai.Bioinformatic Analysis of Microrna Genes in Daphnia pulex[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2013,44(4):837-845. |
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| Authors: | LIU Cheng-Zhang LI Fu-Hua and XIANG Ji-Hai |
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| Institution: | Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, University of Chinese Academy of Sciences;Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences;Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Daphnia pulex crustacean microRNA miRNA bioinformatics |
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