| iPath在生物海洋学中的应用 |
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| 引用本文： | 舒王欣泽,孙军.iPath在生物海洋学中的应用[J].海洋通报,2020,39(5):581-593. |
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| 作者姓名： | 舒王欣泽 孙军 |
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| 作者单位： | 山东大学海洋研究院,山东青岛266000;天津科技大学印度洋生态系统研究中心,天津300457 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 （41876134；41676112）；天津市自然科学重点基金 （17JCZDJC40000）；天津市“131”创新群体项目（20180314）；天津市高等学校创新团队培养计划 （TD12-5003）；长江学者奖励计划 （T2014253） |
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| 摘 要： | iPath 是一个用于细胞路径可视化和代谢途径分析的免费网页应用程序。iPath 中的路径是通过交互式浏览器查看的，它提供各种代谢途径的直接导航，使人们能够方便地访问相关的化合物和酶。本文简要介绍了最新的 iPath3.0 版本 （http://pathways.embl.de） （基于 4 个 KEGG 的全局地图，158 个传统的 KEGG 路径图，192 个 KEGG 模板，以及其他代谢元素，组成了一个相互连接、手工绘制的代谢网络），并举例说明其在生物海洋学研究中的应用，以期引起国内学者对此工具的重视，促进其在生物海洋学研究中的应用。
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| 关 键 词： | iPath 代谢途径 可视化 KEGG路径 组学 |
| 收稿时间： | 2020/2/28 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/5/14 0:00:00 |
Application of iPath on biological oceanography |
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| SHU Wangxinze,SUN Jun.Application of iPath on biological oceanography[J].Marine Science Bulletin,2020,39(5):581-593. |
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| Authors: | SHU Wangxinze SUN Jun |
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| Institution: | Institute of Marine Science and Technology, Shandong University, Qingdao 266000, China; Research Centre for Indian Ocean Ecosystem, Tianjin University of Science and Technology, Tianjin 300457, China |
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| Abstract: | iPath is a free web application for cell pathway visualization and metabolic pathway analysis. The pathways in iPath are viewed through an interactive browser, providing direct navigation of various metabolic pathways and easy access to related compounds and enzymes. This paper briefly introduces the latest version of iPath3.0 (http://pathways.embl.de), which is based on four KEGG global maps, 158 traditional KEGG path maps, 192 KEGG templates, and other metabolic elements, which constitute an interconnected, hand-drawn metabolic network. We write this review to draw the attention of iPath for the future biological oceanography applications. |
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| Keywords: | iPath metabolic pathways visualization KEGG pathway omics |
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