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| 翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 | |
| 引用本文： | 袁文成,黄鹤忠,李文龙,路瑶,张茂友,王荣泉.翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测[J].海洋与湖沼,2015,46(2):403-409. |
| 作者姓名： | 袁文成 黄鹤忠 李文龙 路瑶 张茂友 王荣泉 |
| 作者单位： | 1. 苏州大学基础医学与生物科学学院 苏州大学水产研究所 苏州 215123 2. 苏州大学基础医学与生物科学学院 苏州大学水产研究所 苏州 215123;江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心 淮安223300 3. 苏州市水产技术推广站 苏州 215000 4. 苏州市长漾生态科技发展有限公司 苏州 215200 |
| 基金项目： | 江苏省水产三新工程项目,Y2014-37号;江苏省区域现代农业与环境保护协同创新项目,48SKY00号。 |
| 摘 要： | 本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记。结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51%。翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10—25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62%和14.23%,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12%和6.36%。随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7%表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发。 |
| 关 键 词： | 翘嘴鳜 转录组 EST-SSR信息 多态性 |
| 收稿时间： | 2014/9/16 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2014/10/17 0:00:00 |
ANALYSIS OF EST-SSRs INFORMATION IN SINIPERCA CHUATSI TRANSCRIPTOME AND DETECTION OF POLYMORPHISM |
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| YUAN Wen-Cheng,HUANG He-Zhong,LI Wen-Long,LU Yao,ZHANG Mao-You and WANG Rong-Quan.ANALYSIS OF EST-SSRs INFORMATION IN SINIPERCA CHUATSI TRANSCRIPTOME AND DETECTION OF POLYMORPHISM[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2015,46(2):403-409. | |
| Authors: | YUAN Wen-Cheng HUANG He-Zhong LI Wen-Long LU Yao ZHANG Mao-You and WANG Rong-Quan |
| Institution: | School of Medicine and Life Sciences, Medical College of Soochow University, Fisheries Research Institute of Soochow University, Suzhou 215123, China,School of Medicine and Life Sciences, Medical College of Soochow University, Fisheries Research Institute of Soochow University, Suzhou 215123, China;Jiangsu Collaborative Innovation Center of Regional Modern Agriculture & Environmental Protection, Huaian 223300, China,School of Medicine and Life Sciences, Medical College of Soochow University, Fisheries Research Institute of Soochow University, Suzhou 215123, China,School of Medicine and Life Sciences, Medical College of Soochow University, Fisheries Research Institute of Soochow University, Suzhou 215123, China,Aquaculture Technology Guide Station of Suzhou City, Jiangsu Province, Suzhou 215000, China and Chang-Yang Ecological Technology Development Limited Company of Suzhou City, Jiangsu Province, Suzhou 215200, China |
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