| 基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析 |
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| 引用本文： | 王婷,黄智慧,马爱军,马得友,王新安,夏丹丹,马本贺.基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析[J].海洋与湖沼,2014(6). |
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| 作者姓名： | 王婷 黄智慧 马爱军 马得友 王新安 夏丹丹 马本贺 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863)项目资助,2012AA10A408-8号;现代农业产业技术体系建设专项资金资助,CARS-50-01号 |
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| 摘 要： | 大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。
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| 关 键 词： | 大菱鲆 单核苷酸多态性(SNP) 转录组 高分辨率溶解曲线(HRM) |
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