| 近海水体环境DNA沉降对沉积物中纤毛虫分子多样性评估的影响 |
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| 引用本文： | 黄平平,赵峰,徐奎栋.近海水体环境DNA沉降对沉积物中纤毛虫分子多样性评估的影响[J].海洋与湖沼,2020,51(3):602-612. |
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| 作者姓名： | 黄平平 赵峰 徐奎栋 |
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| 作者单位： | 中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室 青岛 266071;中国科学院大学 北京 100049;中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室 青岛 266071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目，41876171号，41476144号。 |
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| 摘 要： | 在陆架海区沉积物中, DNA高通量测序技术可检获大量浮游寡毛类和舞毛类等非底栖纤毛虫,这些源于水体的环境DNA(eDNA)如何影响对沉积物中纤毛虫分子多样性的评估,以及影响程度如何尚不明确。本研究选取了黄海冷水团中的两个站位,通过提取水体和沉积物中DNA和RNA,并采用直接提取法和洗脱法提取沉积物DNA,结合DNA和cDNA测序技术,探讨了水体和沉积物中纤毛虫分子多样性的关系。研究表明,基于洗脱DNA法、直接提取DNA法和cDNA法获得的沉积物中纤毛虫OTUs数分别为451、312和324个,其中211个OTUs同时由三种方法检获;而164个OTUs仅通过洗脱DNA法检获,其中89%为相对丰度低于0.1%的稀有类群。直接提取DNA法所获的寡毛类和舞毛类序列数占比达46%,而在洗脱DNA法和cDNA法中占比仅为12%和10%。沉积物中检获的43%—71%的舞毛类和寡毛类OTUs与浅层水(40m)共有,仅19%—29%与深层水(40m)共有,且这些共有的OTUs可同时在浅层水中检获。本研究发现,对沉积物中纤毛虫分子多样性评价造成影响的浮游类群主要来自浅层水,洗脱DNA与cDNA测序均可显著降低浮游类群eDNA的影响。鉴于洗脱DNA法较之cDNA法操作更简便,且避免了反转录过程导致的偏差,因此推荐用于对近海沉积物中纤毛虫等真核微生物的分子多样性研究。
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| 关 键 词： | 纤毛虫 海洋水体 海洋沉积物 分子多样性 DNA高通量测序 cDNA高通量测序 |
| 收稿时间： | 2019/11/29 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/1/14 0:00:00 |
EFFECTS OF SEDIMENTATION OF DNA FROM OVERLYING WATERS ON THE EVALUATION OF CILIATE MOLECULAR DIVERSITY IN OFFSHORE SEDIMENTS |
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| HUANG Ping-Ping,ZHAO Feng and XU Kui-Dong.EFFECTS OF SEDIMENTATION OF DNA FROM OVERLYING WATERS ON THE EVALUATION OF CILIATE MOLECULAR DIVERSITY IN OFFSHORE SEDIMENTS[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2020,51(3):602-612. |
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| Authors: | HUANG Ping-Ping ZHAO Feng and XU Kui-Dong |
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| Institution: | Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao 266071, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China,Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao 266071, China and Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao 266071, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | ciliate sea water marine sediment molecular diversity DNA high-throughput sequencing cDNA high-throughput sequencing |
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