| 基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析 |
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| 引用本文： | 李喜莲,顾志敏,慎佩晶,徐洋,张宇飞,高强,程海华,陈雪峰.基于RNA-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析[J].海洋与湖沼,2021,52(1):231-241. |
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| 作者姓名： | 李喜莲 顾志敏 慎佩晶 徐洋 张宇飞 高强 程海华 陈雪峰 |
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| 作者单位： | 农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室 浙江省淡水水产遗传育种重点实验室 浙江省淡水水产研究所 湖州 313001 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划蓝色粮仓科技创新专项，2018YFD0901303号；浙江省农业（水产）新品种选育重大科技专项，2016C02055-2号；现代农业产业技术体系专项资金资助，CARS-48号。 |
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| 摘 要： | 罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR, GO, COG, KEGG, SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。
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| 关 键 词： | 罗氏沼虾 转录组 RNA-seq技术 不同组织 功能基因 比较分析 |
| 收稿时间： | 2020/6/28 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/7/27 0:00:00 |
COMPARATIVE TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF DIFFERENT TISSUES IN GIANT FRESHWATER PRAWNS (MACROBRACHIUM ROSENBERGII) BASED ON RNA-SEQ |
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| LI Xi-Lian,GU Zhi-Min,SHEN Pei-Jing,XU Yang,ZHANG Yu-Fei,GAO Qiang,CHENG Hai-Hu,CHEN Xue-Feng.COMPARATIVE TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF DIFFERENT TISSUES IN GIANT FRESHWATER PRAWNS (MACROBRACHIUM ROSENBERGII) BASED ON RNA-SEQ[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2021,52(1):231-241. |
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| Authors: | LI Xi-Lian GU Zhi-Min SHEN Pei-Jing XU Yang ZHANG Yu-Fei GAO Qiang CHENG Hai-Hu CHEN Xue-Feng |
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| Institution: | Key Laboratory of Healthy Freshwater Aquaculture of Ministry of Agriculture and Rural Development, Key Laboratory of Freshwater Aquatic Animal Genetic and Breeding of Zhejiang Province, Zhejiang Institute of Freshwater Fisheries, Huzhou 313001, China |
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