| 大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选 |
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| 引用本文： | 乔洪金,刘相全,孙国华,房景辉,韦秀梅,张 滔.大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选[J].海洋与湖沼,2012,43(6):1108-1133. |
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| 作者姓名： | 乔洪金 刘相全 孙国华 房景辉 韦秀梅 张 滔 |
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| 作者单位： | 1. 山东省海洋水产研究所山东省海洋生态修复重点实验室,烟台,264006
2. 鲁东大学生命科学学院,烟台,264025 |
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| 基金项目： | 山东省农业良种工程项目“优质高产抗逆贝类良种选育”资助, 2009—2013; 水生动物营养与饲料“泰山学者”岗位经费资助, 2007—2012; 山东省自然科学基金(ZR2012CM037)资助, 2012—2015 |
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| 摘 要： | 利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。
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| 关 键 词： | 大竹蛏 微卫星 表达序列标签 等位基因 |
| 收稿时间： | 2012/1/12 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2012/3/26 0:00:00 |
ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF MICROSATELLITE MARKERS FROM cDNA LIBRARY OF SOLEN GRANDIS |
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| QIAO Hong-Jin,LIU Xiang-Quan,SUN Guo-Hu,FANG Jing-Hui,WEI Xiu-Mei and ZHANG Tao.ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF MICROSATELLITE MARKERS FROM cDNA LIBRARY OF SOLEN GRANDIS[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2012,43(6):1108-1133. |
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| Authors: | QIAO Hong-Jin LIU Xiang-Quan SUN Guo-Hu FANG Jing-Hui WEI Xiu-Mei and ZHANG Tao |
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| Institution: | Shandong Marine Fisheries Research Institute, Shandong Provincial Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology;Shandong Marine Fisheries Research Institute, Shandong Provincial Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology;Shandong Marine Fisheries Research Institute, Shandong Provincial Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology;Shandong Marine Fisheries Research Institute, Shandong Provincial Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology;Shandong Marine Fisheries Research Institute, Shandong Provincial Key Laboratory of Restoration for Marine Ecology;School of Life Science, Ludong University |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Solen grandis Microsatellite EST Allele |
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