| 转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus) SNP标记开发及多态性分析 |
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| 引用本文： | 王 婷,黄智慧,马爱军,马得友,王新安,夏丹丹,马本贺.转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus) SNP标记开发及多态性分析[J].海洋与湖沼,2014,45(6):1300-1307. |
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| 作者姓名： | 王 婷 黄智慧 马爱军 马得友 王新安 夏丹丹 马本贺 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;大连海洋大学 大连 116023;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 青岛 266071 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863)项目资助, 2012AA10A408-8 号; 现代农业产业技术体系建设专项资金资助, CARS-50-01 号 |
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| 摘 要： | 大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一, 雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据, 选择其中45个SNP位点, 设计引物63组, 其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测, 21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000, 期望杂合度He的范围为0.276—0.518, 19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区, 其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明, 高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发, 为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。
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| 关 键 词： | 大菱鲆 单核苷酸多态性(SNP) 转录组 高分辨率溶解曲线(HRM) |
| 收稿时间： | 4/3/2014 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2014/6/26 0:00:00 |
DEVELOPMENT AND POLYMORPHIC ANALYSIS OF SNP MARKERS IN SCOPHTHALMUS MAXIMUS BASED ON TRANSCRIPTOME DATABASE |
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| WANG Ting,HUANG Zhi-Hui,MA Ai-Jun,MA De-You,WANG Xin-An,XIA Dan-Dan and MA Ben-He.DEVELOPMENT AND POLYMORPHIC ANALYSIS OF SNP MARKERS IN SCOPHTHALMUS MAXIMUS BASED ON TRANSCRIPTOME DATABASE[J].Oceanologia Et Limnologia Sinica,2014,45(6):1300-1307. |
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| Authors: | WANG Ting HUANG Zhi-Hui MA Ai-Jun MA De-You WANG Xin-An XIA Dan-Dan and MA Ben-He |
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| Institution: | Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Dalian Ocean University, Dalian 116023, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China;Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences; Qingdao Key Laboratory for Marine Fish Breeding and Biotechnology; Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Qingdao 266071, China |
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