| 海洋弧菌(Vibriosp.QD-5)褐藻胶裂解酶基因的克隆和生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 晁雅熙,王淑艳,吴谡琦,陈 颢.海洋弧菌(Vibriosp.QD-5)褐藻胶裂解酶基因的克隆和生物信息学分析[J].海洋科学进展,2018,36(2). |
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| 作者姓名： | 晁雅熙 王淑艳 吴谡琦 陈 颢 |
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| 作者单位： | 国家海洋局第一海洋研究所 |
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| 摘 要： | 以海洋弧菌(Vibrio sp.QD-5)的基因组为模板,使用设计的褐藻胶裂解酶引物进行PCR扩增。将目的基因克隆至pet-22b(+)载体后进行测序。测序结果显示,基因aly-Ⅱ的大小为2 170bp,预测编码含有723个氨基酸的蛋白质。对该蛋白质进一步进行了生物信息学分析。利用ProtParam和ProtScale对蛋白质的理化性质进行分析,结果表明,蛋白质Aly-Ⅱ的理论分子质量为85.6kDa,理论等电点为5.1,并且是一种亲水性蛋白。利用软件MEG 6.0对蛋白质Aly-Ⅱ进行系统发育分析,结果显示,蛋白质Aly-Ⅱ很可能是PL-17家族的褐藻胶裂解酶。利用同源建模法构建蛋白质Aly-Ⅱ的三维结构,Aly-Ⅱ含有2个结构域,分别为(α/α)6toroid结构域和β-sheet结构域。
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