| 坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 |
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| 引用本文： | 杨惠,茅云翔,孔凡娜,王莉,严兴洪.坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2009,39(2). |
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| 作者姓名： | 杨惠 茅云翔 孔凡娜 王莉 严兴洪 |
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| 作者单位： | 1. 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室,山东,青岛,266003
2. 上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室,上海,200090 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，国家高技术研究发展计划(863计划)，教育部新世纪人才计划，教育部科学研究重点项目，国家自然科技资源共享平台资助项目 |
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| 摘 要： | 微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用.EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一, 本研究对坛紫菜EST数据库中6*!035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%.在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大.进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异.根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析.
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| 关 键 词： | 坛紫菜 微卫星序列 多样性分析 |
Development and Practicability of EST-SSR Markers in Porphyra haitanensis |
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| YANG Hui,MAO Yun-Xiang,KONG Fan-Na,WANG Li,YAN Xing-Hong.Development and Practicability of EST-SSR Markers in Porphyra haitanensis[J].Periodical of Ocean University of China,2009,39(2). |
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| Authors: | YANG Hui MAO Yun-Xiang KONG Fan-Na WANG Li YAN Xing-Hong |
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| Institution: | 1. Laboratory of Marine Genetics and Breeding;College of Marine Life Science;Ocean University of China;Qingdao 266003;China;2. Ministry of Agriculture Key Laboratory of Aquatic Genetic Resources and Aquacultural Ecosystem;Shanghai Ocean University;Shanghai 200090;China |
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| Abstract: | Simple sequence repeats(SSRs) or microsatellites are important molecular markers, which have been applied to marker-assisted selection and construction of genetic mapping. Microsatellite markers can be developed from expressed sequence tag(EST) in public databases directly. In this paper we analyzed 6 035 EST sequences of the Porphyra haitanensis dbEST from NCBI database, in which 340 EST were found to contain SSRs. The length of repeat motifs ranged from 2 bp to 6 bp, among which trinucleotide and dinucleo... |
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| Keywords: | EST-SSR |
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