| 基于WGP物理作图法的虾夷扇贝Fosmid克隆混池策略及解码率研究 |
| |
| 引用本文： | 窦怀乾,李仰平,吕佳,窦锦壮,李语丽,王师.基于WGP物理作图法的虾夷扇贝Fosmid克隆混池策略及解码率研究[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2019(2):44-51. |
| |
| 作者姓名： | 窦怀乾 李仰平 吕佳 窦锦壮 李语丽 王师 |
| |
| 作者单位： | 中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室;海洋生物学与技术功能实验室青岛海洋科学与技术国家实验室 |
| |
| 基金项目： | 中央高校基本科研业务费专项(201564009;201762001);青岛海洋科学与技术国家实验室"鳌山人才"计划项目(2015ASTP-ES02)资助~~ |
| |
| 摘 要： | 利用全基因组解析(Whole genome profiling,WGP)法进行物理图谱构建时,克隆混池策略及克隆解码率的高低是影响物理图谱构建效果的关键性因素。如何通过调控混合克隆数目,来平衡克隆解码率和测序的成本,是利用WGP法构建物理图谱的亟需解决的问题。本研究利用虾夷扇贝Fosmid文库的部分克隆,使用序列特异性标签的WGP方法,对虾夷扇贝物理图谱构建方法的混池策略及克隆解码率进行了初步研究。通过计算机分别模拟了384 N(N=1,2…24)孔培养板内的克隆混合,计算出了对应混合尺度下BsaXI和FspEI两种酶的克隆解码率。以该模拟数据作为参照,最终分别以4、8、12、16张384孔培养板内的克隆混合构建了克隆超级池;并利用2b-RAD技术构建了基于BsaXI和FspEI两种限制性内切酶的测序文库。通过对酶切标签数据的分析,成功实现了混合池内的克隆解码,且在利用两种酶对应的酶切标签联合解码后,联合解码率达到84%以上。本研究最终确定了由8张384孔培养板混合的混池策略及利用BsaXI和FspEI两种酶切标签进行联合克隆解码,为后期利用WGP方法构建虾夷扇贝物理图谱提供了参考方案。
|
| 关 键 词： | 虾夷扇贝 FOSMID文库 物理图谱 WGP |
Investigation of Fosmid Clone Pooling Strategy and Decoding Rate for WGP-Based Physical Mapping in Yesso Scallop |
| |
| DOU Huai-Qian,LI Yang-Ping,LV Jia,DOU Jin-Zhuang,LI Yu-Li,WANG Shi.Investigation of Fosmid Clone Pooling Strategy and Decoding Rate for WGP-Based Physical Mapping in Yesso Scallop[J].Periodical of Ocean University of China,2019(2):44-51. |
| |
| Authors: | DOU Huai-Qian LI Yang-Ping LV Jia DOU Jin-Zhuang LI Yu-Li WANG Shi |
| |
| Institution: | (Laboratory of Marine Genetics and Breeding,Ministry of Education Key,College of Marine Life Sciences,Ocean University of China,Qingdao 266003,China;Laboratory for Marine Biology and Biotechnology,Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology,Qingdao 266237,China) |
| |
| Abstract: | DOU Huai-Qian;LI Yang-Ping;LV Jia;DOU Jin-Zhuang;LI Yu-Li;WANG Shi(Laboratory of Marine Genetics and Breeding,Ministry of Education Key,College of Marine Life Sciences,Ocean University of China,Qingdao 266003,China;Laboratory for Marine Biology and Biotechnology,Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology,Qingdao 266237,China) |
| |
| Keywords: | Patinopecten yessoensis fosmid library physical map whole genome profiling |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
|
