| 栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析 |
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| 引用本文： | 李纪勤,包振民,李玲,胡晓丽.栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析[J].中国海洋大学学报(自然科学版),2013(1):56-63. |
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| 作者姓名： | 李纪勤 包振民 李玲 胡晓丽 |
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| 作者单位： | 中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家重点基础发展计划项目(2010CB126406;010CB126402);国家高技术研究发展计划项目(2012AA10A402,2012AA10A405);中国海洋大学水生生物种质资源标准化及资源共享项目资助 |
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| 摘 要： | EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。
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| 关 键 词： | 栉孔扇贝 单核苷酸多态性 表达序列标签 高分辨率熔解曲线 |
Development and Characterization of EST-SNP in Chlamys farreri |
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| LI Ji-Qin,BAO Zhen-min,LI Ling,HU Xiao-Li.Development and Characterization of EST-SNP in Chlamys farreri[J].Periodical of Ocean University of China,2013(1):56-63. |
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| Authors: | LI Ji-Qin BAO Zhen-min LI Ling HU Xiao-Li |
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| Institution: | (The Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding,Ministry of Education,Ocean University of China,Qingdao 266003,China) |
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