海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析 |
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引用本文: | 李秋莹,张 杰,姚建亭,王秀良,段德麟.海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析[J].海洋科学,2016,40(11):1-6. |
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作者姓名: | 李秋莹 张 杰 姚建亭 王秀良 段德麟 |
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作者单位: | 中国科学院海洋研究所;青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室;中国科学院大学,中国科学院海洋研究所;青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室;中国科学院大学,中国科学院海洋研究所;青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室,中国科学院海洋研究所;青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室,中国科学院海洋研究所;青岛海洋科学与技术国家实验室实验海洋生物学与生物技术实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31272660); 国家科技支撑计划项目(2013BAB01B01); 国家海洋公益性行业科研专项(201405040) |
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摘 要: | 对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70 497条Unigenes中共检测到9 237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR的数量最多,分别占SSR总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO功能分类结果均表明,大量含有SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。
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关 键 词: | 微卫星 转录组 简单序列重复(SSR) 海带(Saccharina japonica) |
收稿时间: | 2015/2/6 0:00:00 |
修稿时间: | 2015/3/17 0:00:00 |
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