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基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发
引用本文:杨 铭,于 洋,张晓军,王全超,刘敬文,李富花,相建海.基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发[J].海洋科学,2017,41(2):96-102.
作者姓名:杨 铭  于 洋  张晓军  王全超  刘敬文  李富花  相建海
作者单位:中国科学院海洋研究所;福州市海洋与渔业技术中心,中国科学院海洋研究所,中国科学院海洋研究所,中国科学院海洋研究所, 实验海洋生物学重点实验室;中国科学院大学,中国科学院海洋研究所, 实验海洋生物学重点实验室;中国科学院大学,中国科学院海洋研究所,中国科学院海洋研究所
基金项目:国家自然科学基金资助项目(31502161, 31672632); 国家“863”高技术研究发展计划资助项目(2012AA10A404)
摘    要:对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序数据,采用MISA软件进行微卫星序列挖掘,共获得14 767条微卫星序列。统计发现在凡纳滨对虾中微卫星出现的频率为16.76%;在所有的微卫星序列中,2碱基微卫星最多,占59.53%;其次是3碱基微卫星,占35.78%。随机选取其中74条序列设计引物,通过DNA混池扩增和分型的方法进行微卫星标记的开发,PCR扩增的显示有54对(72.97%)能扩增出清晰的目的条带,进一步分型的结果显示27条(36.49%)微卫星显示出多态性,从这些多态性的微卫星位点中选择11个位点在"科海1号"种质库材料中进行个体分型,结果显示在该群体中微卫星标记的等位基因数目为2~11个不等,期望杂合度值为0.256~0.858,观察杂合度为0.213~0.875,多态性信息含量为0.221~0.830,在11个位点中有4个位点显著偏离HWE(P0.05)。本研究结果为后续使用微卫星标记进行对虾遗传学研究,促进对虾的遗传选育和种质资源保护提供了重要基础。

关 键 词:凡纳滨对虾(Litopenaeus  vannamei)    微卫星    转录组    遗传多样性
收稿时间:2016/3/22 0:00:00
修稿时间:2016/6/28 0:00:00
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