| 海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193 基因组新颖PKS 和NRPS 基因簇的发掘 |
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| 引用本文： | 房耀维,刘 姝,王淑军,吕明生,焦豫良,陈国强,潘建梅,牛 军.海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193 基因组新颖PKS 和NRPS 基因簇的发掘[J].海洋科学,2014,38(12):48-57. |
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| 作者姓名： | 房耀维 刘 姝 王淑军 吕明生 焦豫良 陈国强 潘建梅 牛 军 |
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| 作者单位： | 淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院;淮海工学院 海洋学院 |
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| 基金项目： | 中央财政支持地方高校发展专项资金资助项目 (CXTD13);江苏省自然科学基金项目 (BK20141249); 江苏省高校自然科学研究项目 (13KJB550003); 江苏省2014 年度青蓝工程项目第48 批“留学回国人员”科研启动基金 |
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| 摘 要： | 利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用anti SMASH对S.arenicola CNS 205和S.arenicola CNP193次级代谢产物基因簇进行预测,并经过NRPS-PKS knowledgebase验证的基础上,以S.arenicola CNS 205基因簇为对照,初步选择新颖基因簇;进一步用NCBI Blast和Nap Dos分析判断基因簇的新颖性后获得3个新颖基因簇:基因簇7,基因簇10和基因簇20。结合anti SMASH对基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇,NCBI Blast比对的同源序列,以及Nap Dos对个基因簇中KS domain和C domain的进化分析等信息,初步表明基因簇7和基因簇20的对应产物分别为烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇10得到的信息较少,不能预测其代谢产物。
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| 关 键 词： | 基因簇发掘 新颖PKS基因簇 新颖NRPS基因簇 产物预测 |
| 收稿时间： | 2013/10/23 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2013/12/8 0:00:00 |
Mining Salinispora arenicola CNP193 genome for novel PKS and NRPS gene clusters |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Genome mining novel PKS gene cluster novel NRPS gene cluster prediction of metabolic product |
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