| DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响 |
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| 引用本文： | 李龙召,黄平平,徐奎栋,赵峰.DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响[J].海洋科学,2022,46(7):52-60. |
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| 作者姓名： | 李龙召 黄平平 徐奎栋 赵峰 |
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| 作者单位： | 中国科学院海洋研究所,山东省生物物理重点实验室,中国科学院海洋研究所,中国科学院海洋研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目，41876171 |
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| 摘 要： | 环境DNA（eDNA）技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA，RNA在环境中易降解，环境RNA（eRNA）可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上，基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量，推测可能原因包括：1）样本量不同；2）RNA中存在DNA污染。为验证假设，本研究以陆架区两个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象，系统性比较四种DNA/RNA提取方法：DNA直接提取（0.9g沉积物），大样本量DNA直接提取（2g），DNA洗脱法（2g），RNA直接提取法（2g）；以及三种RNA提取后的处理方法：无DNA酶反转录，含DNA酶反转录，先纯化RNA再反转录。研究结果表明，大样本量（2g）DNA直接提取法所检获的可操作分类单元（OTUs）约为小样本量（0.9g）的两倍。相同样本量下，DNA洗脱法检获的OTUs最多，而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量，先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言，DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例，可更真实展现底栖群落的构成。综上，建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性；采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时，反转录之前可纯化RNA，以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。
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| 关 键 词： | eDNA eRNA DNA/RNA提取 纤毛虫 分子多样性 |
| 收稿时间： | 2021/9/22 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/10/28 0:00:00 |
Effects of DNA and RNA extraction methods for the evaluation of ciliate diversity in marine sediments |
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| LI Long-zhao,HUANG Ping-ping,XU Kui-dong,ZHAO Feng.Effects of DNA and RNA extraction methods for the evaluation of ciliate diversity in marine sediments[J].Marine Sciences,2022,46(7):52-60. |
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| Authors: | LI Long-zhao HUANG Ping-ping XU Kui-dong ZHAO Feng |
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| Institution: | INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES,Shandong Key Laboratory of Biophysics,INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES,INSTITUTE OF OCEANOLOGY,CHINESE ACADEMY OF SCIENCES |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | eDNA: eRNA DNA / RNA extraction ciliate molecular diversity |
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