| 基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释 |
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| 引用本文： | 王菁,刘付柏,许尤厚,黄宝松,王忠良.基于转录组测序的方斑东风螺单核苷酸多态性位点挖掘及功能注释[J].广东海洋大学学报,2021(1). |
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| 作者姓名： | 王菁 刘付柏 许尤厚 黄宝松 王忠良 |
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| 作者单位： | 广东海洋大学水产学院;广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室 |
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| 基金项目： | 2019年“冲一流”省财政专项资金建设项目(校〔2019〕21号);广东省自然科学基金(2019A1515011875);广东省省级科技计划项目(国际科技合作领域)(2019A050510044);2020年度校级大学生创新创业训练计划项目(CXXL2020002);广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院)开放基金(2017KB03)。 |
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| 摘 要： | 【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。
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| 关 键 词： | 方斑东风螺 单核苷酸多态性 转录组测序 |
SNP Site Biological Analysis of Babylonia areolata Based on RNA-seq Technology |
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| WANG Jing,LIUFU Bai,XU You-hou,HUANG Bao-song,WANG Zhong-liang.SNP Site Biological Analysis of Babylonia areolata Based on RNA-seq Technology[J].Journal of Zhanjiang Ocean University,2021(1). |
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| Authors: | WANG Jing LIUFU Bai XU You-hou HUANG Bao-song WANG Zhong-liang |
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| Institution: | (Fisheries College,Guangdong Ocean University,Zhanjiang 524088,China;Guangxi Beibu Gulf Marine Biodiversity Conservation Laboratory,Qinzhou 535011,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Babylonia areolata SNP RNA-seq |
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