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1.
利用线粒体16SrRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cvtocllrome oxidase Ⅰ，COI）基因片段初步研究钦州湾牡蛎（Ostxea）的物种组成。以特异引物进行PCR扩增，对扩增产物进行纯化、测序，分析表明，16SrRNA基因部分长度为413bp，COI基因部分长度为535bp，2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例：16SrRNA基因598％；COI基因605％。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，存在7个变异位点，4种单倍型，其中包括5个转换位点突变，2个颠换位点突变；COI片段有30个碱基存在变异，7种单倍型，其中包括16个转换位点突变，14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）16SrRNA和COI序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0000，有明巨牡蛎（Crassostrea ariakensis）16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎（redmeatostxea）的遗传距离分别为0000和0011，白肉牡蛎16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0035和0146。结果表明，钦州湾牡蛎分为2个不同的种，线粒体16SrRNA和COI基因在种间存在明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 相似文献
2.
对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度分别为531～544bp(16S)、652～675bp(COI)和406～453bp(Cytb)的线粒体片段。片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COI基因56.9%,Cytb基因59.5%)。16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COI片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cytb片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失。数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点。此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、0.3156、0.2361)。认为3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cytb基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析。 相似文献
3.
蛤蜊科3种贝类16SrRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌（Coelomactra antiquata）、中国蛤蜊（Mactra chinensis）和四角蛤蜊（Mactra veneriformis）3种双壳贝的16SrRNA基因片段和ITS2核苷酸序列．测序后用DNAstar软件分析了核苷酸差异。结果显示：三种贝类16SrRNA基因片段长度相同，均为306bp（去除引物）．核苷酸存在多态性。共有45个变异位点，54个核苷酸发生了变异。全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88．9％．与四角蛤蜊的同源性为88．6％．中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90．6％。三种蛤蜊ITS2序列分别为390bp（西施舌）、441bp（四角蛤蜊）和466bp（中国蛤蜊）。存在长度多态性．ITS2核苷酸差异分析结果显示．西施舌与中国蛤蜊的同源性为70．9％-71．1％，西施舌与四角蛤蜊的为70．5％-71．0％。中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88．1％-88．8％。ITS2序列分析结果与16SrRNA基因片段分析结果一致．2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。 相似文献
4.
对裸体方格星虫（Sipunculus nudus）、可口革囊星虫（Phascolosoma esculenta）和澳洲管体星虫（Siphonosoma australe）的线粒体16S rRNA、COⅠ和细胞色素b（Cyt b）基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨.采用PCR方法得到总长度分别为531～544 bp（16S）、652～675 bp（COⅠ）和406～453 bp（Cyt b）的线粒体片段.片段碱基A＋T比例较高（16S rRNA基因58.3%,COⅠ基因56.9%,Cyt b基因59.5%）. 16S rRNA片段存在169个碱基变异位点（其中包括167个简约信息位点）和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COⅠ片段有512个碱基（333个简约信息位点）存在变异,79个碱基插入/缺失;Cyt b片段存在347个碱基（318个简约信息位点）变异位点,16个碱基插入/缺失.数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点.此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近（D=0.3159、03156、0.2361）.认为3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析. 相似文献
5.
测定了邻近湛江的茂名海区和硇洲岛海域文昌鱼各2个样本线粒体Cytb基因全序列,以尾索动物亚门的2种海鞘(Ciona spp.)和脊椎动物亚门的七鳃鳗(Petromyzon marinus)作为外群,利用分子系统学方法与GenBank收录的14个文昌鱼(Branchiostoma)的Cytb基因全序列进行了比较,UPGMA法构建了系统发生树。全序列分析表明:主产于大西洋(批针文昌鱼B.lanceolatum和佛罗里达文昌鱼B.floridae)、厦门文昌鱼(B.belcheri belcheri Gray)和湛江文昌鱼线粒体Cytb基因全序列长度为1143bp,终止密码子同为UAG;主产于青岛文昌鱼(B.belcheri tsingtaunese)和日本文昌鱼为1141bp,以T结尾,转录过程中构成UAA终止密码子。系统分析表明:16个文昌鱼样品体现出太平洋和大西洋、太平洋南北明显分化。确认采自茂名和硇洲岛的文昌鱼为厦门文昌鱼(B.belcheribelcheriGray);支持将白氏文昌鱼青岛亚种(B.belcheri tsingtaunese)提升为种,命名为日本文昌鱼(B.japonicus)。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2016,(4)
通过16SrRNA基因特异扩增测序,对惠州大亚湾大辣甲岛和小辣甲岛附近海域14种造礁石珊瑚16SrRNA基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列的平均A+T含量为63.5%,所有物种的序列碱基AT含量大于GC含量,序列都处于高度饱和的状态。14种造礁石珊瑚的平均遗传距离为0.179。采用NJ、ML和ME法构建系统发育树,结果显示蜂巢珊瑚科单独作为分支处于发育树的基部,而第二支分支包括菌珊瑚科、鹿角珊瑚科、滨珊瑚科和枇杷珊瑚科。裸肋珊瑚科的腐蚀刺柄珊瑚聚到了蜂巢珊瑚科中,与传统形态学分类存在差异,提示造礁石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。 相似文献
7.
《广东海洋大学学报》2017,(4)
通过ITS基因特异扩增测序,对大鹏半岛海域46种石珊瑚ITS基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列长度在674~806碱基对(bp)之间,A、T含量在40%~55.5%之间,大部分物种的序列碱基A、T含量小于G、C含量。46种造礁珊瑚的平均遗传距离为0.261。采用邻位连接(NJ)和最小进化(ME)法分别构建15种复合型珊瑚的5.8S r DNA系统发育树和28种坚实型珊瑚的ITS2系统发育树,结果显示15种复合型珊瑚的5.8S r RNA序列系统进化聚类结果较符合传统形态学分类结果,而28种坚实型珊瑚的ITS2序列系统进化聚类结果与传统形态学存在较大的差异,提示石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。 相似文献
8.
冲绳日本绒螯蟹线粒体DNA 12S rRNA序列的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
采集日本冲绳源河川和边野古川的日本绒螯蟹样品 ,参考果蝇与蚤状氵蚤线粒体 DNA12 Sr RNA基因片段序列进行了其相同片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。结果表明冲绳两河川 4只日本绒螯蟹的碱基序列完全相同 ,为 4 58bp,其 A、T、G、C含量分别为 16 0 bp(34.94 % )、 179bp(39.0 8% )、4 9bp(10 .70 % )、70 bp(15.2 8% ) ,同果蝇与蚤状氵蚤相同基因片段的序列含量相似。 相似文献
9.
利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 相似文献
10.
利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactrachinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16S rRNA基因片段和ITS2核苷酸序列,测序后用DNA star软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16S rRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物),核苷酸存在多态性,共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异,全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%,与四角蛤蜊的同源性为88.6%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390 bp(西施舌)4、41 bp(四角蛤蜊)和466 bp(中国蛤蜊),存在长度多态性,ITS2核苷酸差异分析结果显示,西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16S rRNA基因片段分析结果一致,2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。 相似文献
11.
应用PCR技术扩增16S rRNA基因和amoA(ammonia monooxygenase subunit A)的基因片段,并测定其序列,对一株源于海水养殖水体的高效氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)进行了系统发育分析。结果表明,经PCR扩增得到了1 098 bp的16S rRNA基因片段和491 bp的amoA基因片段,将其序列用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中进行同源性检索后发现,该菌株的16S rRNA基因序列和amoA基因序列分别与亚硝化单胞菌Nitrosomonas sp.NS20的相对应基因片段相似性分别为98.4%和96.7%。在此基础上构建了系统发育树,表明用该菌株的16S rRNA基因片段和amoA基因片段构建的系统发育树均与亚硝化单胞菌属类聚在一起,结合该菌株形态和生理生化特性,鉴定该株氨氧化细菌属亚硝化单胞菌。 相似文献
12.
基于频度统计和神经网络的北太平洋柔鱼渔场预报模型比较 总被引：1，自引：0，他引：1
利用2004~2010年北太平洋鱿钓船队生产数据和海洋环境数据,以海表温度(SST)1℃、海面高度(SSH)为1 cm、叶绿素a浓度(CHL-a)为0.1 mg/m3的间距,分析作业产量、CPUE与SST、SSH、CHL-a的关系,得到柔鱼渔场适宜环境因子范围,并将生产数据和环境数据匹配组成样本集,建立北太平洋柔鱼空间分布BP神经网络模型;利用2011年环境数据预报柔鱼渔场,并与2011年实际生产数据进行对比。结果表明,6~10月各月实际作业位置落入基于频度统计方法预报渔场的概率达90%以上;而BP模型预报的平均精度为79.2%,最低精度为52.5%。基于多环境因子的频度统计柔鱼渔场预报模型优于神经网络模型。 相似文献
13.
【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。 相似文献
14.
黄喉拟水龟体表溃疡病原菌SG_(24)的分类鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从患溃疡的黄喉拟水龟病灶中分离到一株病原菌SG24。对菌株SG24进行了常规生理生化测定和ATBExpression半自动细菌鉴定仪鉴定,并测定16S rRNA序列,分析其与相关细菌相应序列的同源性,构建了系统进化树。普通细菌学方法结果显示菌株SG24为黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)。以沙雷氏菌属的16S rRNA基因序列设计一对引物进行PCR扩增,获得了菌株SG24大小约950 bp的16S rRNA部分基因片段,测序结果显示菌株SG24与黏质沙雷氏菌同类,与已登录的黏质沙雷氏菌(S.marcescensDQ207558)的16S rRNA同源性大于99%。综合以上分类鉴定结果,确定菌株SG24属于沙雷氏菌属的黏质沙雷氏菌。药物敏感试验结果表明:菌株SG24对链霉素、庆大霉素、壮观霉素、强力霉素、卡那霉素、阿米卡星、诺氟沙星、氧氟沙星和复方新诺明敏感。 相似文献
15.
粤西镇海湾近江牡蛎线粒体16S rRNA基因序列变异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用聚合酶链式反应 (PCR)技术对粤西镇海湾水域的近江牡蛎Crassostrearivularis(Gould)群体 2 7个个体的线粒体DNA16SrRNA基因序列片段进行扩增 ,获得大约 5 0 0bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定 ,经ClustalX同源排序 ,除去引物及部分端部序列 ,得到4 14bp的核苷酸片段。 2 7个个体共检测到 2个变异位点 ,均为颠换位点 ,没发现碱基位点插入、缺失及转换位点 ,共 3种单倍型 ,每个单倍型只有一个碱基的差异。运用DNASP软件计算得该群体的核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为 0 .0 0 0 36和 0 .14 815。此结果提示镇海湾近江牡蛎群体遗传多样性已很低 ,很有必要从其他分布区引进近江牡蛎亲贝来扩大该种群的遗传多样性 相似文献
16.
《中国海洋大学学报(英文版)》2021,(4)
The dried shellfish products with rich nutrients and low-calorie content are favorite food in China, especially in coastal areas. However, the species of dried shellfish products in the market are usually unknown, as the taxonomic features were removed during the production process. This study described the application of DNA barcoding technique to the identification of 100 dried shellfish(scallop, squid, octopus and cuttlefish) products in markets. Samples were authenticated by comparing mitochondrial cytochrome oxidase subunit I(COI) gene and 16 S ribosomal RNA(16 S rRNA) gene sequences with public reference taxonomic databases. The results showed that all the 100 products can be identified at species level. Sixty four scallop adductor products were processed using the bay scallop, Argopecten irradians, and one was from Portuguese oyster, Crassostrea angulata. All the 27 squid, 2 cuttlefish and 6 octopus products were produced by the Jumbo flying squid, Dosidicus gigas. The neighbour-joining tree is in agreement with the results of DNA barcoding analysis. The 64 scallop samples formed one A. irradians cluster, leaving Sca65 clustered with the reference oyster sequence C. angulata(MH997922). All the 35 cephalopod(squid, octopus and cuttlefish) samples formed a D. gigas cluster. This investigation revealed a low variety of dried shellfish products sold on the market, and highlighted the high rate of mislabeling and species substitution. Our present work provides a practical method for tracing and authenticating shellfish products. 相似文献