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凡纳对虾引进亲本及其子代RFLP分析 总被引：8，自引：0，他引：8
运用 PCR-RFLP 技术分析凡纳对虾两个引进亲本群体及其各自子一代的遗传变异情况。用一对引物对这四个群体进行 mt DNA-细胞色素氧化酶I部分片段的 PCR 扩增,扩增结果为一条约 1.25 kb的条带。用 19种限制性内切酶对该扩增条带进行酶切分析,其中 Hinf I, Sty I, Taq I 这 种酶有酶切位点。用这3种 3酶进行限制性片段长度多态性 ( RFLP )分析,共获得 种限制性类型 基因型 。而且内切酶 2 ( ) Sty I在两个不同的引进亲本群体及其各自的子一代的扩增产物的酶切中,表现出明显的差异。 相似文献
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运用PCR-RFIJ技术分析凡纳对虾两个引进亲本群体及其各自子一代的遗传变异情况。用一对引物对这四个群体进行mtDNA-细胞色素氧化酶Ⅰ部分片段的PCR扩增，扩增结果为一条约1．25kb的条带。用19种限制性内切酶对该扩增条带进行酶切分析，其中HinfⅠ，StyⅠ，TaqⅠ这3种酶有酶切位点。用这3种酶进行限制性片段长度多态性(RFlP)分析，共获得2种限制性类型(基因型)。而且内切酶StyⅠ在两个不同的引进亲本群体及其各自的子一代的扩增产物的酶切中，表现出明显的差异。 相似文献
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6个虾种基因组DNA多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用RAPD方法检测了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾（Aristeus virilis)、长毛对虾（Penaeus penicillatus)、日本对虾（P.japonicus)、斑节对虾（P.monodon)和周氏新对虾（Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段，根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近，并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。 相似文献
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利用台湾报道的ＷＳＢＶ的ＰＣＲ引物,成功地扩增出了１４００ｂｐ左右的中国对虾的杆状病毒的ＤＮＡ片段,与预计的产物长度吻合。该引物对经初步离心处理的病虾组织也能扩增出特异性ＤＮＡ条带,而对正常虾组织ＤＮＡ、昆虫杆状病毒（ＡｃＭＮＰＶ）ＤＮＡ进行扩增,均获得阴性结果。说明该引物的特异性较高,对中国对虾的杆状病毒的检测具有一定的实际应用价值。实验结果同时说明ＷＳＢＶ与中国对虾的杆状病毒有同源序列存在,具有一定的保守性;用该引物进行的ＰＣＲ扩增为中国对虾的杆状病毒与其他相关病毒的比较研究提供了一种技术手段。 相似文献
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将cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)分析方法在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中进行了应用,旨在建立1套适于中国对虾研究的cDNA-AFLP反应体系.对总RNA提取、cDNA双链合成、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等步骤进行了优化和改进.结果表明,用EcoR Ⅰ/Mse Ⅰ双酶切、核心序列加3个选择性碱基的选择性扩增引物、1∶1摩尔比的EcoR Ⅰ端与Mse Ⅰ端选择性扩增引物比和12 μL选择性扩增体积,可得到十分稳定的结果,所得产物经电泳和银染后可获得条带清晰的图像.该方法的建立为cDNA-AFLP技术在中国对虾功能基因组研究中的应用奠定了基础. 相似文献
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中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)与生长性状相关SCAR标记的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RAPD技术对“黄海1号”中国对虾快速生长选育群体第6代大个体群体(CP-a)和小个体群体(CP-b)以及野生群体(WP)为对照组的各50尾个体进行扩增,获得可能与生长性状相关的9个RAPD遗传标记。对获得的标记进行克隆、测序并根据序列设计特异性引物对3个群体进行SCAR标记分析。其中6对引物(SCAR1、SCAR2、SCAR3、SCAR4、SCAR5和SCAR6)在3个群体中有扩增产物,前4对引物在3个群体共150尾个体中的扩增产物无多态性。SCAR5和SCAR6在3个群体中的扩增产物具有多态性。依据扩增产物在群体中出现的频率和变化规律进行分析表明,SCAR5扩增的多态片段在3个群体中的组成比例分别为78%、52%和54%,差异显著(P<0.05);SCAR6扩增的多态片段经电泳后产生3个等位基因,6种基因型,只有CP-b含有等位基因A。这2个标记可以作为与中国对虾生长性状相关的候选标记,为在生产实践中实行分子标记辅助育种奠定理论基础。 相似文献
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凡纳滨对虾是当今世界公认的重要对虾养殖品种之一,然而良种选育研究仍相对落后,亟需采用分子遗传学手段加以解决.本文以凡纳滨对虾为材料,对预扩增体系、选择性扩增体系中的稀释倍数、dNTP浓度、Taq浓度、Mg2+浓度、引物浓度进行比较,结果表明,300 ng基因组DNA采用5U PstI和5UMseI双酶切4 h,16℃连接过夜,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释50倍进行选择性扩增,能够得到稳定丰富的条带,最终建立了适用于凡纳滨对虾的AFLP反应体系.本研究又进一步应用优化后的AFLP反应体系,从64对选择性扩增引物组合中筛选出12对多态性高的引物组合,便于对凡纳滨对虾基因多态性位点进行分析,从而为凡纳滨对虾的遗传多样性研究奠定基础. 相似文献
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本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。 相似文献
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对采自浙江温岭的彩虹明樱(Moerella iridescens)养殖群体的DNA提取和RAPD扩增条件进行了研究.从38种随机引物中筛选到重复性好的6种引物分别对11个个体的DNA进行扩增,共产生247个DNA条带(300～1 600 bp),总共检测到43个位点,其中多态位点32个,多态位点比例为74.42%.11个个体间的遗传相似系数在0.553～0.884之间,平均为0.691,个体间的平均遗传距离为0.309.表明该群体的遗传多样性比较丰富,种质资源处于良好状态. 相似文献
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基于RAPD的SCAR分子标记技术鉴定虎纹蛙及引进种 总被引：2，自引：0，他引：2
为了对引进种泰国虎纹蛙加强种质监测,本文对泰国虎纹蛙和中国虎纹蛙进行了SCAR标记研究。在对2种蛙随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究的基础上,选用随机引物OPP5和OPZ19对2种蛙进行扩增,将2个特异性扩增片段OPP5-471bp和OPZ19-512bp回收、克隆和测序,并根据序列信息设计两对SCAR引物SP5和SZ19。利用两对SCAR引物对2种蛙基因组DNA扩增的结果显示:SP5显示了其特异性,在对中国虎纹蛙的扩增中出现了单一SP5-388bp特异片段,而在泰国虎纹蛙中没有扩增产物;SZ19在对2种虎纹蛙的扩增中出均出现了单一条带,但片段大小不同,在中国虎纹蛙中为SZ19-456bp,在泰国虎纹蛙中为SZ19-497bp。3个分子标记都可作为基于RAPD成功转化后的SCAR分子标记对2种虎纹蛙进行鉴定。 相似文献
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Wang Bin Jia Jianhang Shi Jinfeng Chen Yihu Jin Demin Xu Pu Mei Junxue Weng Manli 《海洋学报(英文版)》2001,20(3):401-407
ImpIONPorghyra is one of the most important rnarine a1gae with glObal distribution and importanterenomic value. AIthOtJgh the yield of POrPhpo is lower than that of kelp, the output valueof Porghpp occupies the first place in rnarine algae in China. The traditional taxonomy ishanly had on the morpbolOgical characteristics, such as the morpbobeical traits size, rnar-gin celIs and the number of repnductive cells. However, most of morPhobeical traits are af:fected by environrnntal factOrs … 相似文献
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采用55个随机引物对西施舌(Coelomactra antiquata)5个群体, 即长乐(CL)、启东(QD)、连云港(LYG)、胶南(JN)和北海(BH)群体进行RAPD 扩增。用PopGen(Version1.32)软件进行遗传多样性分析。结果共筛选出12个重复性好的引物, 得到88条清晰稳定的条带, 扩增片段在100 bp～3 000 bp之间, 其中引物S299扩增的600 bp片段为长乐群体特有。多态位点比例为62.07%～78.26%(JN、LYG、BH、QD、CL群体分别为78.26%、77.05%、72.58%、70.05%、62.07%), Shannon指数为0.210 5～0.312 3。群体间遗传距离为0.068 3～0.223 9,其中长乐群体与其余4个群体间的遗传距离为0.182 7～0.223 9, 4个非长乐群体的遗传距离为0.068 3～0.136 7。群体间遗传分化系数(Fst)为 0.313 01(P<0.05), 表明在整个遗传变异中群体间占31.30%。CL群体与QD, BH, JN, LYG群体间的遗传分化系数(Gst)分别为0.364 9,0.344 8, 0.325 0, 0.309 0;而非长乐群体之间的遗传分化系数为0.148 2～0.240 3;以上数据显示长乐群体遗传分化最大。聚类结果显示, 启东和胶南群体首先聚为一支, 然后与北海群体聚在一起, 再和连云港群体相聚; 而长乐群体则单独形成一支。 相似文献
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Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA（RAPD） 总被引：1，自引：1，他引：0
Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPD-primers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similari-ties were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0. 504 2-0. 763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, cor-responding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morpho-logical data did not correspond with each other well. 相似文献
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GAO Shan HU Xiaozhong CHEN Zigui XU Henglong YI Zhenzhen LIN Xiaofeng LI Jiqiu 《海洋学报(英文版)》2009,28(1):55-61
Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPDprimers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0.504 2—0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5—0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, corresponding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well. 相似文献
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坛紫菜品系间遗传差异的RAPD分析 总被引：10，自引：1，他引：9
Liu Biqian 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(Z1):225-229
利用RAPD技术对六个坛紫菜品系进行了研究,从107条随机引 物中筛选10条随机引物,一共扩增出93条可重现的片段。经统计分析,六个品系间的遗传相 似系数在0.246～0.636之间。其中浙江北部沿海栽培品系间的相似系数最高为0.636.地 域间品系的遗传相似系数最低为0.246。六个品系用UPGMA方法得到的聚类关系符合传统的地 域和表型关系。通过对照品系间有稳定差异的DNA条带,表明RAPD标记是坛紫菜品系鉴定和 遗传多样性分析的有效手段。 相似文献