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花鲈类胰岛素生长因子-1基因的全长cDNA分离与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增法(RACE)获得花鲈(Lateolabrax japonicus)类胰岛素生长因子-1(IGF-1)的cDNA全长序列,利用荧光实时定量PCR技术研究了花鲈IGF-1mRNA在成鱼各组织中的表达特征。结果显示,花鲈IGF-1cDNA全长序列为873bp,编码区序列为555bp,编码186个氨基酸,推测成熟氨基酸分为6个结构域,分别是信号肽区域,A、B、C、A、D区域和E肽。花鲈IGF-1氨基酸序列与其他海水鱼类的IGF-1相似度较高,与淡水鱼类相似度较低,与高等脊椎动物相似度更低,说明海水鱼类的IGF-1在进化过程中发生了较大的变化。组织表达分析显示,花鲈IGF-1mRNA在肝脏中表达量最高,在肠、盲肠、肌肉、脾脏中次之;在鳃、垂体、性腺、胃、肾脏、脑、头肾、心脏中表达量较低。本文为鱼类IGF基因功能研究奠定基础,为花鲈生长调控提供科学依据。 相似文献
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Tristetraprolin (TTP)是广泛存在于真核生物的RNA结合蛋白。TTP通过促进mRNA降解或抑制翻译在转录后水平抑制炎症因子表达,是炎症性疾病的潜在治疗靶点。采用RACE技术获取了大黄鱼(Larimichthys crocea) TTP (命名为LcTTP) cDNA的全长序列。LcTTP全长cDNA 1 508 bp,包括77 bp的5′-非编码区(5’-UTR)、183 bp的3’-UTR和1 248 bp的开放阅读框(ORF),编码418个氨基酸残基。推导的LcTTP理论分子量44 897.78 Da,预测等电点pI 8.37;哺乳动物TTP的重要功能结构域:N-端核输出序列(NES)、中央串联锌指结构域(TZF)、C-端NOT1-结合结构域(NOT1-BD)也在LcTTP中保守存在;系统发育分析显示LcTTP和其他脊椎动物TTP聚为一支,并与哺乳动物ZFP36家族其他成员ZFP36L1、ZFP36L2和ZFP36L3的进化支分离。组织表达特异性分析显示检测的9个组织均表达LcTTP mRNA,但不同组织间表达水平差异大,其中肌肉组织表达水平最高。大黄鱼头肾细胞系... 相似文献
3.
采用RT-PCR和RACE-PCR技术克隆了大黄鱼(Larimichthys crocea)Ⅰ型干扰素基因全长cDNA序列及其基因组序列,并利用荧光定量PCR技术研究了该基因在大黄鱼不同组织中的表达谱,以及副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、LPS、polyI:C刺激后大黄鱼脾脏、肝脏和头肾组织中该基因在转录水平的表达变化。结果表明,大黄鱼Ⅰ型IFN基因全长cDNA为878bp,开放阅读框558bp,编码185个氨基酸。推测的大黄鱼Ⅰ型IFN氨基酸序列N端含有20个氨基酸的信号肽,其后包含一个保守的IFabd结构域。大黄鱼Ⅰ型IFN基因包含5个外显子,4个内含子,在大多数组织和细胞中都有表达,其中在血细胞中表达量最高,肌肉中表达量最低。PolyI:C刺激可诱导大黄鱼Ⅰ型干扰素基因在脾脏、头肾和肝脏中的表达量显著上调;LPS刺激可诱导大黄鱼Ⅰ型干扰素基因在脾脏和肝脏中的表达量显著上调;灭活的副溶血弧菌可诱导大黄鱼Ⅰ型干扰素基因在头肾和肝脏中的表达量显著上调。 相似文献
4.
类胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP)在调节IGF的生物学功能上起着重要的作用,利用简并引物扩增及RACE克隆技术,首次克隆得到大菱鲆IGFBP-1,-2基因cDNA全长序列。两个基因氨基酸序列都分为保守的N端和C端以及高度特异的L区域3个部分,其中N端和C端共包含18个半胱氨酸残基,N端存在一段保守的(GCGCCXXC)结构,C端存在一段保守的(CWCV)结构,这些结构在与IGF相互作用以及调节与IGF结合的亲和性和稳定性起重要作用。组织表达分析表明,igfbp-1主要在肝脏及脾中大量表达,在其他组织中表达量较少,igfbp-2除在肌肉中没有检测到表达外,在其他组织中均有表达,其中肝脏脑、心、肾、肠中表达量较高。广泛的组织表达模式表明IGFBP是通过自分泌和旁分泌来调节IGF的功能。对于胚胎发育期表达分析表明,igfbp-1在整个发育期均检测到表达,igfbp-2在胚体期开始有表达,结果表明igfbp-1和igfbp-2在胚胎发育过程中的细胞生长以及组织器官分化都起着重要的生理学作用。 相似文献
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泥蚶(Tegillarca granosa)生长因子受体结合蛋白2(GRB2)基因的克隆与表达分析 总被引：3，自引：0，他引：3
通过已构建的泥蚶(Tegillarca granosa)转录组文库, 利用SMART RACE技术扩增得到泥蚶Tg-GRB2基因的全长cDNA序列, 并对其生物信息学、组织表达及发育阶段表达特征进行了分析。结果表明, 泥蚶Tg-GRB2 cDNA全长1283bp, 开放阅读框为708bp, 编码236个氨基酸; 蛋白结构预测显示, Tg-GRB2蛋白包含SH3-SH2-SH3三个功能域, SH2结构域由两端的α-螺旋和中间反向平行的β-折叠片构成, SH3结构域主要由β-折叠片组成, 具备典型的结构特征; 氨基酸序列比对发现, Tg-GRB2与脊椎动物的同源性为62.1%—63.8%, 而与玻璃海鞘和日本血吸虫同源性较低。qRT-PCR检测结果显示: Tg-GRB2 mRNA在泥蚶血液、斧足、鳃、外套膜、闭壳肌、内脏团6个组织中都有表达, 而在血液中的表达量极显著地高于其它组织; 在泥蚶的不同发育阶段中, Tg-GRB2 mRNA在 2—4细胞胚胎、原肠胚、担轮幼虫、D形幼虫中均有较高的表达量, 而在D形幼虫中表达量最高, 表明Tg-GRB2基因在泥蚶早期发育中发挥重要调节作用。 相似文献
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生长激素受体(GHR)作为GH/IGF轴的中心环节,在内分泌调控中发挥重要作用。本实验采用c DNA末端快速扩增法(RACE)技术克隆出花鲈GHR1和GHR2的c DNA全长序列。急性低盐度调控实验设为海水组、半海水组和淡水组。测定了急性低盐度调控24、48、96、144、192h后,花鲈肝脏中GHRs、IGF-1及垂体GH表达情况。结果表明,GHR1 c DNA全长序列2436bp,编码637个氨基酸;GHR2 c DNA全长序列2940bp,编码582个氨基酸。GHR1与GHR2由信号肽、胞外区、跨膜区、胞内区组成,且结构存在差异。脑、肾、鳃中GHR1表达明显高于GHR2;而在肌肉、垂体、肝脏、盲肠、胸腺、心脏中,GHR2表达明显高于GHR1。24h时,各组GHR1表达不变,GHR2、GH、IGF-1显著下降。之后,相对于海水组,淡水组和半海水组GHRs和IGF-1表达升高,而GH下降,GH与GHR负相关。据结果推测,花鲈GHR2可能为SL受体,GH/IGF轴参与低渗调控可能是通过增加GHRs,进而激活下游IGF-1表达而实现。 相似文献
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胰岛素样生长因子-I(Insulin-like growth factor-I,IGF-I)是影响脊椎动物生长、发育及代谢的重要调控因子。本研究采用RT-PCR和RACE技术,克隆了银鲳(Pampus argenteus)肝脏IGF-IcDNA序列,应用半定量RT-PCR、Real-time q PCR和原位杂交的方法检测了IGF-I的组织表达特性、在肝脏中的生长表达特性和IGF-I基因在肝脏中的定位。序列分析表明,IGF-I cDNA序列全长836bp,其5′非编码区128bp、3′非编码区92bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)605bp,由此推导IGF-I前体蛋白由201个氨基酸组成;前体肽由信号肽、成熟肽、E肽三部分组成,其中信号肽59个氨基酸,成熟肽68个氨基酸,E肽74个氨基酸;成熟肽由B、C、A、D四个区域组成,E肽分析表明,银鲳IGF-I属Ea-4型。同源性比较结果表明,银鲳与同目鲈形目鱼类的IGF-I编码序列同源性较高,为83.52%—91.40%;与哺乳类、鸟类和爬行类的同源性较低。半定量RT-PCR和Real-time q PCR组织特异性表达结果显示,IGF-I m RNA在肝脏组织中的表达量最高,显著高于其它组织,肾脏、心脏、肌肉、脑、鳃、小肠、卵巢次之,嗅球、脾脏和胃中表达较低;半定量RT-PCR和Real-time q PCR不同生长阶段表达结果显示,IGF-I m RNA在30—50g肝脏组织中表达量最高(P0.05);IGF-I m RNA在肝脏中的原位杂交定位结果显示,在肝脏细胞中均有表达,阳性信号主要位于细胞质中,靠近细胞边缘处信号较强。 相似文献
8.
采用同源性克隆和cDNA末端快速扩增(RACE)方法,从条石鲷(Oplegnathidae fasciatus)垂体中获得了全长为897bp的GtHαcDNA序列,其中包含249bp的5′非编码区、399bp的开放阅读框和249bp的3′非编码区。该基因编码由132个氨基酸组成的前体蛋白,其中前38个氨基酸为信号肽,在第122和124Cys中间间隔了一个组氨酸(His),形成CXC型趋化因子的特征结构,肽链中包括10个保守Cys残基和2个N-糖基化位点。氨基酸同源性和进化分析表明,条石鲷GtHα与鲈形目鱼类的进化关系较近,与鲈形目鱼类GtHα的同源性为87%~98%,与其他脊椎动物GtHα的同源性为53%~87%。实时荧光定量PCR检测发现,GtHαmRNA在垂体、脑、性腺中的表达量较高,在心、肝脏、胃、肠、肌肉、幽门盲囊中微量表达,在脾脏、头肾、鳃、肾脏中不表达,其中在垂体中的表达量最高;周期表达发现:垂体中GtHαmRNA在卵巢发育的Ⅴ期达到最大值,卵巢中GtHαmRNA在卵巢发育的Ⅳ期达到最大值,而脑组织中GtHαmRNA在卵巢发育的Ⅴ期达到最低值,表明GtHα对卵母细胞发育的调控可能同时通过自分泌和旁分泌两种途径进行。本研究为条石鲷生殖调控机制及人工繁育技术研究提供了基础资料。 相似文献
9.
CYP4F7是细胞色素P450超基因家族中CYP4F亚家族中的同工酶之一,而细胞色素P450在通过电子传递参与生物体代谢和转化内源和外源化合物方面起着重要的作用。以本实验室构建的大黄鱼消减杂交cDNA文库中623bp的CYP4F7片段设计引物,以大黄鱼的总RNA为模板,利用RACE-PCR的方法,克隆鉴定出了大黄鱼细胞色素P450 CYP4F7基因。结果表明:基因全长1934bp,5'端非编码区59bp,3'端非编码区264bp,开放阅读框1611bp,编码536个氨基酸。序列分析表明大黄鱼的CYP4F7氨基酸序列与舌齿鲈的相似性为91%。利用RT-PCR方法研究CYP4F7在大黄鱼各组织中的表达特征,结果表明CYP4F7在肝脏、脾脏中表达量最高,在心脏、肾脏、头肾、鳃丝中表达量次之。另外,CYP4F7在注射了细菌脂多糖的大黄鱼各组织中的表达量均低于正常的大黄鱼,认为细菌脂多糖可能是CYP4F7表达的抑制剂,说明CYP4F7可能与鱼类免疫反应有一定相关性。 相似文献
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海水养殖花鲈鳃组织hepcidin-like抗菌肽基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用反转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）和cDNA末端快速扩增技术（3’RACE）克隆出海水养殖花鲈（Lateolabrax japonicus）鳃组织hepcidin-like抗菌肽基因cDNA（523bp），包含完整的编码区、3’端非翻译区（3’UTR）和典型的多腺苷酸化信号（AATAAA）．该基因编码86个氨基酸，由信号肽、优势域和成熟肽组成．与花鲈肝脏分离到hepcl及国外发表白鲈（Morone chrysops）hepcidin氨基酸序列进行比较，结果显示花鲈鳃hepcidin-like基因编码的氨基酸与它们在27个位点上存在着差异；该hepcidin-like基因可能为hepcidin的不同变体，属于hepcidin抗菌肽家族的新成员． 相似文献
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《海洋湖沼通报》2018,(5)
甲状腺激素受体(TR)介导甲状腺激素发挥生理作用,调控机体生长、发育及代谢。本文采用RACE技术克隆花鲈(Lateolabrax maculatus)甲状腺激素受体TRαA、TRαB和TRβ的cDNA全长序列,并进行表达分析。结果表明,花鲈TRαAcDNA全长序列1851bp,编码416个氨基酸;TRαBcDNA全长序列2370bp,编码409个氨基酸;TRβcDNA全长序列3343bp,编码395个氨基酸。与TRαB和TRβ相比,各组织中TRαA表达量明显较低。TRαA主要在肝脏、脑、心脏中表达。TRαB在垂体中表达量最高,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏等。TRβ在脑中表达量最高,垂体表达量次之。TRαB和TRβ在垂体和脑中普遍表达较高。花鲈TRαB与TRβ可能共同参与TH对TSH的负反馈调控过程。TRαB可能在TH对心脏的调控作用中发挥重要作用。 相似文献
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为解析肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制。本研究采用cDNA末端快速扩增法,克隆了黄条鰤MSTN基因的全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对MSTN mRNA在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的差异表达特征进行了研究。序列分析结果显示,MSTN基因全长cDNA为1828 bp,开放阅读框为1131 bp,编码了376个氨基酸。RT-qPCR分析表明,在检测的脑、垂体、肝脏、肌肉、脾脏、肾脏、鳃、心脏、胃、肠、头肾组织中MSTN mRNA均有表达,其在肌肉中表达量最高(P<0.05)。MSTN mRNA在胚体下包2/3时期至孵化期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P<0.05)。MSTN mRNA在孵化后3天前表达量显著升高(P<0.05),在第20天降低至较低水平,25天后表达量再次显著升高,在第30天达到峰值(P<0.05)。研究结果首次揭示了MSTN基因在黄条鰤的胚胎及早期生长发育过程中发挥着重要作用,本研究为开展黄条鰤繁养殖、育种提供了理论参考。 相似文献
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采用RT-PCR和RACE技术克隆鲫鱼slc7A8基因的全长cDNA序列,对基因序列用生物软件对基因进行生物信息分析,用Real-time PCR方法检测基因在组织中的mRNA表达丰度。结果表明,鲫鱼slc7A8cDNA全长为2709bp,包含195bp的5′UCR序列,921bp的3′UCR序列,1593bp开放阅读框,编码530个氨基酸序列;鲫鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为88.9%和95.5%,而与其他动物分别在70.1%-74.8%和80.6%-82.1%之间;预测编码蛋白的分子量为57719.84,等电点为4.8,对其结构预测显示该蛋白具有与哺乳动物十分相似的12个螺旋跨膜结构,跨膜区氨基酸高度保守,不同动物间的同源性都在92.2%以上;Real-time PCR检测鲫鱼组织中的mRNA表达丰度高低顺序为前肠、中肠、脑、后肠、肌肉、肾、鳃、心、肝脏。 相似文献
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低密度脂蛋白受体相关蛋白(LRP)是一类细胞表面蛋白,属于一种内吞性受体,其在调节脊椎动物血脂平衡中的作用已被广泛报道。前期在凡纳滨对虾弧菌抗性家系和敏感家系的比较转录组分析中发现一种低密度脂蛋白受体相关蛋白基因的转录表达存在明显差异,为明确该基因在对虾抗弧菌感染中的作用,我们对该基因进行了全长cDNA克隆、表达特征分析和功能的初步研究。该基因在凡纳滨对虾中存在两个转录本,分别命名为LvLRP1-1和LvLRP1-2。LvLRP1-1的cDNA序列全长为916bp,编码226个氨基酸;LvLRP1-2的cDNA全长为787bp,编码183个氨基酸。两个转录本的cDNA序列高度一致,唯一的差别在于LvLRP1-1的cDNA比LvLRP1-2多129 bp,多编码43个氨基酸。组织表达分析显示LvLRP1-1在对虾的眼柄、表皮、脑和心脏中高表达,而LvLRP1-2仅在眼柄和表皮中呈现高表达。在副溶血弧菌感染对虾后, LvLRP1-1和LvLRP1-2的转录表达变化趋势一致,均在感染后3h其转录水平明显升高,6h之后又恢复到正常水平。利用双链RNA技术对LvLRP1-1和LvLRP1-2同时... 相似文献
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EF-hand结构域在真核生物细胞内钙离子吸收和运输中发挥重要作用,在贝类中可能参与贝壳和珍珠质的形成。根据已报道的贝类中具有EF-hand结构域的碱基序列设计简并引物,从大珠母贝外套膜cDNA文库中筛选得到PMMG1基因(大珠母贝外套膜基因1)。PMMG1基因全长618 bp,开放读码框编码140个氨基酸,N-端的22个氨基酸肽段为信号肽。PMMG1氨基酸序列与合浦珠母贝PFMG1的一致性为56%,预测有两个EF-hand结构域。选取编码PMMG1成熟蛋白的cDNA序列插入pET-32a质粒构建表达载体,通过IPTG诱导,Ni2+-NTA亲和层析柱纯化,成功获得预期大小的融合蛋白。凝胶电泳迁移率的变化证明PMMG1蛋白具有结合Ca2+/Mg2+的活性,组织特异性表达表明PMMG1基因在外套膜的表达量远高于其他组织。大珠母贝外套膜基因PMMG1的克隆与表达研究为进一步研究该蛋白在珍珠质矿化中的作用、探讨珍珠质形成的分子生物学机制奠定了一定基础。 相似文献
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泛素结合酶(UbcE2)是蛋白泛素化过程中所必需的酶,在泛素转移和底物的特异性识别方面发挥着重要的作用。本实验利用RACE技术克隆获得了全长为993bp的松江鲈泛素结合酶E2-D2基因cDNA序列(命名为TfUbcE2-D2),其开放阅读框为444bp,编码147个氨基酸。通过SMART预测得知,TfUbcE2-D2含有一个UBCc结构域。同源比对结果表明该基因与其他物种的同源性为92.31%。实时荧光定量PCR显示,TfUbcE2-D2广泛表达于松江鲈各组织,在肾脏中的相对表达量最高,其次为鳃。鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激后,TfUbcE2-D2在血液、脾脏、肝脏和鳃中表达均上调,其中,脾脏和鳃中的表达量上调约40倍。由以上实验结果推测,TfUbcE2-D2可能参与松江鲈的先天免疫防御。 相似文献
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首次从中国明对虾(Fenneropenaeus chinensiss)肌肉组织中克隆得到TOR基因的cDNA,全长共7 638 bp,开放阅读框7 389 bp,编码2 462个氨基酸。氨基酸序列比对和结构域分析均证实其为目前已知的TOR激酶的同源蛋白。应用实时定量PCR的方法研究TOR在中国明对虾中的组织分布特异性,以及注射等浓度的亮氨酸和精氨酸后,肌肉组织中TOR mRNA表达水平在3,6,12,24 h的变化,探讨营养水平对TOR基因表达的影响。结果显示,注射亮氨酸和精氨酸24 h的对虾TOR mRNA表达量是对照组的3~4倍,显著升高(P0.05),证实氨基酸对TOR的表达具有调节作用。 相似文献
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为探索贝类LAP3基因的结构和功能特征以及在生长发育过程中的作用,利用cDNA末端快速扩增（RACE）法获得文蛤LAP3（Mm-LAP3）基因的cDNA全长序列,并对其生物信息学、组织及发育时期表达特征进行了分析。结果显示,Mm-LAP3基因cDNA全长2 037 bp,ORF区1 254 bp,编码417个氨基酸;Mm-LAP3蛋白由Peptidase_M17超家族序列的N-端结构域和Peptidase_M17催化结构域组成。荧光实时定量PCR结果表明,Mm-LAP3基因在文蛤成体6个组织和幼体10个发育时期中均有表达,其中在斧足中的表达量显著高于其他组织（P<0.05）,这与斧足蛋白含量丰富、代谢旺盛相关;在幼体10个发育时期中的表达量呈现逐渐升高的趋势,在D形幼虫时期达到最高,随后又有所降低,推测Mm-LAP3基因在早期发育时期参与了某些组织器官的形成。 相似文献
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转录因子Sox2、Oct4、c-Myc和KLF4在iPS细胞研究中具有重要作用,将它们加入体外培养的细胞中,可以诱导体细胞去分化成为多能干细胞。作者通过RACE-PCR技术从合浦珠母贝(Pinctada fucata)的外套膜组织中克隆获得了3个转录因子——c-Myc、Sox2及KLF4的cDNA。c-Myc全长1585bp,开放阅读框的长度为1131bp,编码376个氨基酸,蛋白结构分析表明它具有保守的HLH和Myc-N结构域。Sox2全长1908bp,开放阅读框长度为990bp,编码329个氨基酸,蛋白结构分析它具有保守的HMG-box和Soxp结构域。KLF4全长2268bp,开放阅读框长624bp,编码207个氨基酸,预测该蛋白具有两个zf-H2C2_2结构域。BLAST分析它们均与太平洋牡蛎的相关蛋白具有较高同源性,说明其与太平洋牡蛎亲缘关系更近。RT-PCR实验发现这3个基因在合浦珠母贝外套膜、足、生殖腺、内脏团、闭壳肌和鳃6种组织中均有表达,表明它们是非常保守的转录因子。本研究对于合浦珠母贝细胞系建立和研究具有启发意义。 相似文献