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1.
采用PCR技术对2种亚洲龙鱼的mtDNAD_Loop全序列进行扩增和测序,序列结构分析和序列同源性比对结果表明,2种亚洲龙鱼的mtDNAD_Loop在靠近5’端有3个终止相关序列TAS(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),靠近D_Loop的3’端有4个保守区域CSB1、CSB2、CSB3、CSB-D。在终止相关序列和保守区域之间是连续重复区域。经DNASP4.0软件分析,全序列中检测出多态位点数(S)为26,其中有17个转换,核苷酸多样性(Pi)为0.013,平均核苷酸差异数(K)为17.333。 相似文献
2.
测定了邻近湛江的茂名海区和硇洲岛海域文昌鱼各2个样本线粒体Cytb基因全序列,以尾索动物亚门的2种海鞘(Ciona spp.)和脊椎动物亚门的七鳃鳗(Petromyzon marinus)作为外群,利用分子系统学方法与GenBank收录的14个文昌鱼(Branchiostoma)的Cytb基因全序列进行了比较,UPGMA法构建了系统发生树。全序列分析表明:主产于大西洋(批针文昌鱼B.lanceolatum和佛罗里达文昌鱼B.floridae)、厦门文昌鱼(B.belcheri belcheri Gray)和湛江文昌鱼线粒体Cytb基因全序列长度为1143bp,终止密码子同为UAG;主产于青岛文昌鱼(B.belcheri tsingtaunese)和日本文昌鱼为1141bp,以T结尾,转录过程中构成UAA终止密码子。系统分析表明:16个文昌鱼样品体现出太平洋和大西洋、太平洋南北明显分化。确认采自茂名和硇洲岛的文昌鱼为厦门文昌鱼(B.belcheribelcheriGray);支持将白氏文昌鱼青岛亚种(B.belcheri tsingtaunese)提升为种,命名为日本文昌鱼(B.japonicus)。 相似文献
3.
蛤蜊科3种贝类16SrRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌（Coelomactra antiquata）、中国蛤蜊（Mactra chinensis）和四角蛤蜊（Mactra veneriformis）3种双壳贝的16SrRNA基因片段和ITS2核苷酸序列．测序后用DNAstar软件分析了核苷酸差异。结果显示：三种贝类16SrRNA基因片段长度相同，均为306bp（去除引物）．核苷酸存在多态性。共有45个变异位点，54个核苷酸发生了变异。全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88．9％．与四角蛤蜊的同源性为88．6％．中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90．6％。三种蛤蜊ITS2序列分别为390bp（西施舌）、441bp（四角蛤蜊）和466bp（中国蛤蜊）。存在长度多态性．ITS2核苷酸差异分析结果显示．西施舌与中国蛤蜊的同源性为70．9％-71．1％，西施舌与四角蛤蜊的为70．5％-71．0％。中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88．1％-88．8％。ITS2序列分析结果与16SrRNA基因片段分析结果一致．2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。 相似文献
4.
《广东海洋大学学报》2017,(6)
运用PCR技术扩增吉富罗非鱼选育群体第20和21世代18S-ITS1-5.8S序列,分析二序列的遗传变异。结果表明,18S-ITS1-5.8S序列中,18S、内转录间隔区(ITS)1和5.8S序列分别为156、483~540、64 bp,主要变异位点位于ITS1中;基于ITS1序列的第20代吉富罗非鱼(17尾)群体内遗传距离为0.001,保守位点530个,变异位点10个,单倍型4个,单倍型多样性为0.331±0.143,核苷酸多样性为0.002,平均核苷酸差异为1.279;基于ITS1的第21代吉富罗非鱼(42尾)群体内遗传距离为0.015,6个个体存在严重碱基缺失现象,保守位点492个,变异位点49个,单倍型12个,单倍型多样性为0.638±0.083,核苷酸多样性为0.014,平均核苷酸差异为6.945。ITS序列在该两吉富罗非鱼群体中变异较小,基于ITS1序列分析的两代群体遗传多样性水平较低。 相似文献
5.
【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼（Scatophagus argus）卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0（对照）、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2 000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点（翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处）的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢（P <0.05）,与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著（P> 0.05）。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢C... 相似文献
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采用聚合酶链式反应(PCR)技术对粤西镇海湾水域的近江牡蛎Crassostrea rivularis (Gould)群体27个个体的线粒体DNA16S rRNA基因序列片段进行扩增，获得大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经Clustal X同源排序，除去引物及部分端部序列，得到414bp的核苷酸片段。27个个体共检测到2个变异位点，均为颠换位点，没发现碱基位点插入、缺失及转换位点，共3种单倍型，每个单倍型只有一个碱基的差异。运用DNASP软件计算得该群体的核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为0．00036和0．14815。此结果提示镇海湾近江牡蛎群体遗传多样性已很低，很有必要从其他分布区引进近江牡蛎亲贝来扩大该种群的遗传多样性。 相似文献
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以免疫两周的剑尾鱼为材料，提取脾脏总RNA，通过逆转录一聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增出分泌型免疫球蛋白M（secretory immunoglobulin M，sIgM）重链基因的核心序列，再应用3’和5’快速扩增cDNA末端（RACE）方法扩增其末端序列，拼接后获得剑尾鱼sIgM重链全长cDNA序列。全长序列含有免疫球蛋白的信号序列：FKCIANH，得到的5个可变区序列可能来源于4个不同的VH家族。经用半定量RT-PCR分析sIgM在脾脏和头肾的表达变化，初步认为利用剑尾鱼头肾sIgM的mRNA表达变化替代检测血清抗体效价具有可能性。 相似文献
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为准确检测柔鱼（Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼（ Dosidicus gigas）与阿根廷滑柔鱼（ IIIex argentinus ） 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b（Cytb）与编码核糖体大亚基的基因（28SrDNA）片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A＋T含量（16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ） 均明显高于C＋C含量（16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ）,而在28SrDNA 基因片段上的A＋T含量（37.16%、36.74%、38.29% ）明显低于C＋C含量（62.84%、63.26%、61.71 %）0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。 相似文献
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【目的】探究凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）过氧化物还原酶3(Peroxiredoxin 3,Prx3)基因（LvPrx3）的结构特征、组织分布和抗胁迫能力,为揭示凡纳滨对虾抗环境胁迫的应答机制提供理论依据。【方法】通过RACE克隆技术取得LvPrx3基因的全长cDNA序列,应用Clustal X、EditSeq、ExPASy、MEGA 6.0、SignalP 5.0和TMHMM2.0等多个软件开展Prx3的生物信息学分析。运用半定量PCR和qRT-PCR技术检测分析LvPrx3基因在多种组织和不同胁迫条件下的表达响应情况。【结果】LvPrx3基因cDNA全长序列962 bp,内含45 bp 5′端非编码区（5′-UTR）、233 bp 3′端非编码区（3′-UTR）和684 bp开放阅读框（ORF）,可编码227个氨基酸残基。LvPrx3的蛋白分子质量为25.09 ku,理论等电点（pI）为6.22,属于典型的2-Cys Prx,包含高度保守的“FYPLDFTFVCPTE”N端和“GEVCPA”C端。进化树分析显示,LvPrx3与节肢动物门的Prx亲缘关系较近,... 相似文献
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大口黑鲈抗菌肽hepcidin cDNA序列和结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以大口黑鲈为材料,提取肝脏总RNA,经RT-PCR扩增出hepcidin cDNA的开放阅读框(ORF)及3′端非编码区序列,应用5′RACE方法得到大口黑鲈hepcidin cDNA5′末端。将所获得的两个片段分别克隆到T载体后进行测序,并拼接成大口黑鲈hepcidin全长cDNA。序列分析表明:大口黑鲈hepcidin全长cDNA为564bp,含有一个258bp的ORF,编码86个氨基酸残基,由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分组成hepcidin前体。在前肽部分具有前肽转化酶典型的RX(K/R)R基元,成熟肽部分含有8个保守的半胱氨酸残基,可形成四个链内二硫桥,使β-折叠结构保持稳定。大口黑鲈Hepcidin与其他鱼类的同源性在29.7%~90.5%间,尤其是信号肽区域,与鳜、尼罗罗非鱼、真鲷、花鲈、黑鯛、金眼狼鲈仅有2~3个氨基酸的差别。 相似文献
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粤西镇海湾近江牡蛎线粒体16S rRNA基因序列变异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用聚合酶链式反应 (PCR)技术对粤西镇海湾水域的近江牡蛎Crassostrearivularis(Gould)群体 2 7个个体的线粒体DNA16SrRNA基因序列片段进行扩增 ,获得大约 5 0 0bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定 ,经ClustalX同源排序 ,除去引物及部分端部序列 ,得到4 14bp的核苷酸片段。 2 7个个体共检测到 2个变异位点 ,均为颠换位点 ,没发现碱基位点插入、缺失及转换位点 ,共 3种单倍型 ,每个单倍型只有一个碱基的差异。运用DNASP软件计算得该群体的核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为 0 .0 0 0 36和 0 .14 815。此结果提示镇海湾近江牡蛎群体遗传多样性已很低 ,很有必要从其他分布区引进近江牡蛎亲贝来扩大该种群的遗传多样性 相似文献
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GH-IGF-I轴是鱼体体内一个重要的内分泌生理轴,主要调控鱼体的生长发育。用RT-PCR方法从加州鲈脑垂体和肝脏组织中分别扩增出加州鲈GH和IGF-I cDNA,克隆到pMD19 T-Vector上进行序列测定和分析。结果表明:1)加州鲈GH cDNA开放阅读框长为615 bp,编码204个氨基酸,其中信号肽17个氨基酸,成熟肽187个氨基酸。成熟肽中有四个保守的半胱氨酸残基(分别位于69,177,193,202),可形成两对二硫键。加州鲈GH氨基酸序列与蓝太阳鱼、斜带石斑鱼、金头鲷、虹鳟、鲤鱼、斑马鱼相比较,同源性分别为100%、97%、94%、66%、56%、53%。2)加州鲈IGF-I cDNA开放阅读框长为561bp,编码包括信号肽和B、C、A、D、E五个区域的186个氨基酸,形成成熟肽时,信号肽和E区域被切除。成熟蛋白的氨基酸序列与GenBank中已知的河鲈、三角鲂、金头鲷、舌齿鲈、斑马鱼的相比较,结果发现四个区域的保守性有差异,A区和B区保守性较高,C区和D区保守性较差。加州鲈GH和IGF-I cDNA的获得为进一步研究鱼体GH-IGF-I轴对生长发育的调控机制奠定了基础。 相似文献
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【目的】克隆金钱鱼IGF-1和IGF-2基因,研究二基因在金钱鱼胚胎发育过程中的表达。【方法】采用实时荧光定量PCR,以不同发育时间点的金钱鱼(Scatophagus argus)胚胎为实验材料,分析IGF-1和IGF-2基因在鱼类胚胎发育过程中的表达图式。【结果】金钱鱼IGF-1和IGF-2的蛋白全序列分别为186和215个氨基酸。序列分析表明,IGF-1和IGF-2均有胰岛素样生长因子蛋白典型结构,含有N端信号肽、B、C、A、D和E结构域,且有6个保守的半胱氨酸,与其他鲈形目鱼类花鲈的IGF-1和IGF-2相似性较高(95%和91%)。IGF-1从受精卵到出膜的胚胎发育过程中表达量逐渐上调;IGF-2在受精后至囊胚期表达量极低,而在原肠胚期和神经胚期表达量显著上调至最高水平,在神经胚期后表达量显著降低并维持稳定。【结论】IGF-1和IGF-2序列保守性低,与鲈形目同源性高,在金钱鱼胚胎发育过程中起不同调控作用。 相似文献
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五种鲤科鱼类生长激素cDNA的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过RT-PCR方法,以草鱼、鳙鱼、鲫鱼、鲤鱼、齐口裂腹鱼等5种鲤科重要经济鱼类的垂体总RNA为模板扩增出其生长激素(fish growth hormone,fGH)的完整ORF序列,并克隆到pMD18-T载体上,命名为pMD-1(草鱼)、pMD-2(鳙鱼)、pMD-3(鲫鱼)、pMD-4(鲤鱼)、pMD-5(齐口裂腹鱼)。测序结果显示,ORF序列其长度均为633 bp。序列分析表明,所有ORF序列均以ATG为起始密码,以TAG为终止密码,编码210个氨基酸残基,推导的生长激素前体由22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽组成。同源性分析表明,草鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼和齐口裂腹鱼的fGH同源性在93.3%~99.5%之间。 相似文献
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出露于威海北部的古元古界荆山岩群，呈包体状零散分布在新元古代晋宁期荣成超单元中，经过区域对比，可将其划分为3个岩组共6个岩段。麻粒岩、石榴夕线黑云片岩、堇青石榴夕线黑云片岩、方镁石镁橄榄石大理岩及透辉石镁橄榄石大理岩等是荆山岩群经历过麻粒岩相变质作用形成的指示性岩石（组合）。麻粒岩相变质作用分为3个阶段：早期阶段T=550～600℃，P=0．2～0．55GPa，地热梯度平均38℃／km；峰期阶段T=700～820℃，P=0．71～1．0GPa，地热梯度平均26℃／km；晚期阶段T＜700℃，P=0．65GPa，地热梯度30℃／km。属低压区域变质相系。PT轨迹总体呈逆时针形式，表明本区麻粒岩相变质作用发生的大地构造环境靠近大陆边缘的岛弧区。 相似文献
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罗氏沼虾三群体间肌肉营养品质的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
对饲养在相似环境下的罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）三群体肌肉营养成分进行了分析和比较，3个群体分别为浙江湖州的人工养殖群体（A）、缅甸引进种子二代群体（B）和“南太湖1号”杂交群体（B-＋）。结果表明，3个群体粗蛋白含量的高低顺序依次为：B-＋群体（17．57％）、B群体（16．65％）、A群体（15．88％），但三群体之间没有显著性差异（P〉0．05）；而A群体的粗脂肪含量为2．04％，显著高于B群体的1．24％（P〈0．05）。3个群体中，B-＋群体的总氨基酸含量、必需氨基酸含量、鲜味氨基酸和脂肪酸中的EPA＋DHA含量均为最高，且必需氨基酸指数最高，为68．06；相比之下，A群体的上述各项指标值均较低。可见，以上三群体中杂交种群（B-＋）的肌肉营养品质较优，而人工养殖群体（A）的肌肉品质相对较差。 相似文献
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新鲜鱼油中添加0、50、250、500mg／kg 4种不同浓度的维生素E醋酸酯，在实验的第6、14、28、36和68天测定鱼油中的脂肪酸含量。结果表明：在500mg/kg添加量内，维生素E醋酸酯对鱼油中脂肪酸含量没有显著性影响（P〉0．05）。在实验期间，EPA（C20：5）、DHA（C22：6）、亚油酸（C18：2）含量明显下降，ARA（C20：4）、亚麻酸（C18：3）先升后降，棕榈酸（C16：1）逐步上升；C14含量逐渐增加，C17则先降后升，C16和C18在实验后期有较大提高。维生素E醋酸酯对鱼油中不饱和脂肪酸效用系数大小依次为：ARA〉EPA〉DHA〉C18：3〉0〉C16：1〉C18：2〉C18：1。对ARA抗氧化效用最大，效用系数达到10．193％，C20：5为0．490％，C22：6为0．364％；维生素E醋酸酯对饱和脂肪酸效用系数大小依次为：C14〉C17〉0〉C18〉C16。 相似文献
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山东临朐是我国胃癌高发县之一，境内约一半面积属新生代火山岩区域。为研究新生代火山岩与胃癌相关关系，笔者进行了实地区域地质考察，同时进行胃癌流行病学调查。临朐２８个乡镇中１５个乡镇在新生代火山岩区域，其胃癌患病率最高为２７２．９１／１０万，平均为８８．７５／１０万；非新生代火山岩区域中１３个乡镇平均患病率为４６．８７／１０万，最低的嵩山乡胃癌患病率为２７．２２％／１０万。统计学计算表明新生代火岩区与非新生代火山岩区胃癌患病率有极其显著差异（Ｔ＝２．９６，Ｐ＜０．０１）。在临朐区域地质底图上绘制的胃癌患病率趋势图，以及以地质剖面图为横坐标，胃癌患病率为纵坐标的胃癌患病率与新生代火山岩相关关系图均表明：胃癌异常高患区与新生代火山岩地质体相吻合，愈靠近新生代火山岩中心区域胃癌患病率愈高。 相似文献
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对应用荧光分光光度法测定海洋生物中还原型谷胱甘肽（GSH）含量的方法进行了研究，并测定了分属于鱼、虾、贝、藻的10种海洋生物中谷胱甘肽的含量。利用邻苯二甲醛与GSH反应构成的荧光体系，在激发波长为365nm，发射波长为425nm的条件下，方法的回收率为99．22％-99．69％，变异系数为2．16％。应用此方法测得10种海洋生物中谷胱甘肽的含量为：红笛鲷（Lutjanus sanguineus）0．399mg／g，银鲳（Pampus argenteus）0．352mg／g，大海鲢（Megalops cyrinoides）0．561mg/g，尖紫蛤（Sanguinolaria acuta）0．289mg/g，菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarun）0．287mg／g，墨吉对虾（Penaeus merguiensis）0．892mg／g，凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）1．434mg／g，囊藻（Colpomenia sinuose）0．221mg／g，石莼（Ulva lactucal）0．727mg／g，马尾藻（Sargassum muticum）0．137mg／g。 相似文献
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以2016-01-21门源MS6.4地震为例,提出用深度学习预测的GPS时间序列研究地震前兆。用震中附近门源台（QHME）、民乐台（GSML）及古浪台（GSGL）无震时的GPS时间序列训练LSTM神经网络,得到高精度的GPS时间序列预测模型,再分别对该地区无震时和地震前一段时间的GPS时间序列进行回溯性预测。对比预测时间序列与真实时间序列发现,震前2条时间序列大部分的相似性指标比无震时低,说明震前预测时间序列与真实时间序列差异明显,同时考虑震前时间序列的趋势异常,认为出现了异常时段;3个台站分别在E、N、U方向出现多个异常日期,且不同台站具有相同的异常日期,说明探索到了地震前兆。 相似文献