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1.
以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。 相似文献
2.
基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究 总被引：2，自引：0，他引：2
以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。 相似文献
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4.
分析了石鲈科4属10种鱼类S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列特征,采用MP法和NJ法构建系统发育树.结果表明,在分子系统树上,10种石鲈科(Haemulidae)鱼类共组成两大类群,其中髭鲷属(Hapalogenys)鱼类和胡椒鲷属(Plectorhynchus)鱼类聚成一类群,石鲈属(Pomadasys)鱼类和仿石鲈属(Haemulon)鱼类聚成一类群,两类群再聚成一支,10种石鲈科鱼类构成单一分支类群.髭鲷属鱼类跟胡椒鲷属鱼类的亲缘关系较近.基于遗传距离分析表明,相对于石鲈属,髭鲷属鱼类跟仿石鲈属鱼类的遗传距离较小.因此,研究结果支持髭鲷属的分类地位是介于胡椒鲷属和仿石鲈属之间,未能从石鲈科中独立出来形成髭鲷科(Hapalogeniidae). 相似文献
5.
长臂虾科(Caridea:Palaemonidae)是真虾类中最大的科级单元之一,为了探索长臂虾科内部的系统演化关系,作者采用从Genbank中下载的长臂虾科两亚科(Palaemoninae,Pontoniinae)14属30种长臂虾的线粒体16s rRNA基因序列片段,以鼓虾科(Alpheidae)细足鼓虾(Alpheus gracilipes)为外群分析长臂虾亚科和隐虾亚科之间的系统发育关系。在获得的466个序列位点中,变异位点263个,简约信息位点213个。DNA序列分析显示,隐虾亚科的德曼隐虾属(Manipontonia)与长臂虾亚科的遗传距离(0.211)要小于其与所在亚科的遗传距离(0.245);此属在基于贝叶斯法(BI)和邻接法(NJ)构建的系统发育树中也与长臂虾亚科的种属聚合为一支,然后与隐虾亚科种属聚合的一支成为姊妹群。结合此属与长臂虾亚科尾瘦虾属(Urocaridella)形态相似的特征,建议对德曼隐虾属在长臂虾科中的分类地位进行重新评估。除隐虾亚科德曼隐虾属聚合到长臂虾亚科聚类簇外,两亚科所属的其他种属各自聚合为一支,在系统树中互为姊妹群,支持将长臂虾分为两亚科的分类系统。 相似文献
6.
应用分子系统发育学的方法,以多毛类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨.结果显示,四索沙蚕-梯斑海毛虫分枝的遗传距离为0.044,(四索沙蚕-梯斑海毛虫)-小头虫分枝的遗传距离为0.072,四索沙蚕分枝与岩虫分枝的遗传距离比较大,为0.091.分析结果显示18S系统发育树将仙女虫科定位为矶沙蚕目的内群分类单元,100%的Bootstrap值进一步表明仙女虫科和索沙蚕科的姐妹群关系;分析结果还显示了小头虫目与矶沙蚕目的亲缘关系密切. 相似文献
7.
造礁石珊瑚的分子系统学研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
综述了造礁石珊瑚系统发生关系和分类的研究现状,重点概述了造礁石珊瑚的分类和遗传多样性在分子生物学领域的研究进展。目前采用的进行造礁石珊瑚分类和遗传多样性研究的分子生物学方法,主要弥补了造礁石珊瑚在传统形态分类学上无法准确界定的缺点,其中核糖体RNA和线粒体DNA序列分析是目前对造礁石珊瑚分子进化和系统发育研究最有效的方法。最后,对未来造礁石珊瑚的分类和遗传多样性研究做了展望,对珊瑚礁框架生物造礁石珊瑚进行分类和遗传多样性的研究,将有助于为珊瑚礁生态系统的保护和恢复提供理论基础。 相似文献
8.
湛江徐闻西海岸柳珊瑚的物种多样性和分布研究 总被引：3，自引：0，他引：3
2004年8月对湛江徐闻西海岸柳珊瑚资源进行调查,共采得柳珊瑚16种,分别属于7科14属;基本查清该海区柳珊瑚的分布状况。根据柳珊瑚群体颜色及骨针的形态学特征,系统阐述徐闻西海岸柳珊瑚的系统分类关系,第一次系统研究了徐闻柳珊瑚的资源状况。结合国际上最新的柳珊瑚分类系统,对国内原有的形态分类系统作出了更新和改进,这将有助于国际上认同和了解中国柳珊瑚资源情况。研究发现了1个新记录科、4个新记录属和1个新记录种。等柳珊瑚科Parisididae为新记录科,Parisis、Paraplexaura、Villogorgia、Dichotella为新记录属,鞭柳珊瑚Ellisella maculataStuder,1878,为新记录种。 相似文献
9.
12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。 相似文献
10.
利用ITS区和12SrRNA基因对广东徐闻地区7种滨珊瑚科珊瑚的遗传多样性和系统发生关系进行了研究。结果表明:(1)基于ITS1检测到在58个样本中有48个单倍型,多样性在0.800—1.000之间,多态位点数在5—62之间,核苷酸多样性指数在0.012—0.094之间;基于ITS2检测到43个单倍型,多样性在0.742—1.000之间,多态位点数在22—75之间,核苷酸多样性指数在0.017—0.175之间。基于ITS区所得遗传分化系数在0.00409—0.12170之间(P<0.001),遗传分化不明显,7种珊瑚中,二异角孔珊瑚的遗传多样性最丰富。(2)以12SrRNA基因建立的系统发育树与传统的形态学分类系统基本吻合,7种珊瑚被分成了3个支系,滨珊瑚属3种为一个支系,二异角孔珊瑚为一个支系,其余3种角孔珊瑚为一个支系。 相似文献
11.
胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。 相似文献
12.
拟相手蟹属因其形态极其相似成为相手蟹科分类中最有疑问的一个属。通过对中国沿海近亲拟相手蟹Parasesarma affine、斑点拟相手蟹P. pictum、三栉拟相手蟹P. tripectinis、P. ungulatum及褶痕拟相手蟹P. plicatum 5种拟相手蟹的形态对比发现,可从它们的螯足形状(包括螯足掌节背面的梳状栉,可动指背面突起数目)及雄性第一腹肢形状对其进行区分。对其线粒体16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明5种拟相手蟹之间的遗传距离为1.9%～9.3%,达到了种间差异水平;构建的系统发育树显示近亲拟相手蟹与褶痕拟相手蟹汇聚成一支,随后与P. ungulatum聚在一起,斑点拟相手蟹与三栉拟相手蟹汇聚成独立支系。形态和分子证据均支持5种拟相手蟹分别为独立有效物种。 相似文献
13.
利用冷冻切片技术,通过形态学和解剖学方法,对采自我国东海沿岸浙江南麂列岛的大型海洋红藻珊瑚藻目(Corallinales)的有节类群进行了分类学研究。经鉴定,共发现珊瑚藻目有节类群2属5种,分别为珊瑚藻科Corallinaceae叉节藻亚科Amphiroideae叉节藻属Amphiroa的带形叉节藻A.beauvoisii;珊瑚藻亚科Corallinoideae珊瑚藻属Corallina的鳞形珊瑚藻C.confusa、粗枝珊瑚藻C.crassisima、珊瑚藻C.officinalis和小珊瑚藻C.pilulifera。通过较为清晰的解剖学特征图片,对该5种有节珊瑚藻外部形态和内部特征进行了详细的比较与描述。结合近年来国际上有关上述部分物种的分类地位变化,对我国现存的带形叉节藻A.zanata、粗扁节藻Bossiella cretacea和大边孢藻Marginisporum crassissimum的归并问题展开了详细分析与讨论,以期促进对珊瑚藻目海藻分类学有更加深入的理解。 相似文献
14.
采用从GenBank下载的翼形亚纲11个总科80个种类的28S部分序列,对翼形亚纲11个总科贝类进行系统发育关系研究。在获得的1252个序列位点中,去除插入缺失位点,变异位点共359个,其中简约位点300个。翼形亚纲各总科内各种间的遗传距离为0.01—0.14,明显小于各总科间的遗传距离(除蚶总科与拟锉蛤总科,双肌蛤总科与襞蛤总科以及两总科与贻贝总科外)。贝叶斯树和最大似然树均支持翼形亚纲为单系群,并将11个总科分为3个聚类簇:聚类簇Ⅰ为珍珠贝总科(Pterioidea)、牡蛎总科(Ostreoidea)和江珧总科(Pinnoidea),聚类簇Ⅱ为贻贝总科(Mytiloidea)、蚶总科(Arcoidea)和拟锉蛤总科(Limopsoidea),聚类簇Ⅲ为襞蛤总科(Plicatuloidea)、不等蛤总科(Anomioidea)、双肌蛤总科(Dimyoidea)、扇贝总科(Pectinoidea)和锉蛤总科(Limoidea)。根据本研究的结果,并结合其他学者提出的分类系统,构建了包括4目11总科的翼形亚纲分类系统。 相似文献
15.
在75g/L浓度的硫酸镁溶液中发现了一株生长良好的单细胞绿藻。为了解这株特殊微藻的系统进化学分类地位和潜在利用价值,本文结合了分子系统学方法和形态特征,并测定其不同盐环境下的光合效率,以探讨其对于硫酸镁盐的耐受机理。结果表明,基于该藻株18S及ITS r DNA序列构建的系统进化树确认其隶属于胶球藻属。该株藻细胞为椭圆形、具有较小的长宽比、色素体多为分叶的2瓣和无明显胶被等特征与胶球形胶球藻较接近,系统发育分析显示其与伪胶球藻株系和与地衣Peltigerales共生株系亲缘关系较近。对该藻不同培养条件下的耐受特征做出初步探索,结果表明其对硫酸镁有着独特的单盐抗性,并可以耐受蒸馏水环境。这些特性表明该藻株有良好的抗杂藻污染特性,具有潜在应用前景。 相似文献
16.
由于广泛的形态可塑性，导致刚毛藻属物种的分类仍存在不确定性。作为分布较广的物种之一，细弱刚毛藻已报道了许多变异类型，这为对其鉴定造成了困难。针对这个问题，本研究通过采集于黄海西部相似于细弱刚毛藻的9个样品，分析了它们的形态多样性。一些样品具有明显的可变鉴定特征，难于利用形态分类准确鉴定。因此，采用18S rDNA和 ITS序列对它们进行了分子鉴定。其中，样品的18S rDNA序列相似度为99.6%-100%，而ITS的为98.7% -100%。分子数据强烈地支持了形态可变的样品可准确定位为细弱刚毛藻。通过对样品分类特征的比较分析发现，作为分类标准的分枝方式和密度、藻体颜色、藻体高度和质地受环境影响和藻体成熟度而发生较大变化。此外，作为相对稳定的特征，细胞大小在种内水平上也常发生变化。18S rDNA和ITS序列在本种鉴定上的成功应用，表明以DNA条形码为基础的基因序列分析可作为传统形态分类学强有力的辅助方法。 相似文献
17.
中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
18.
利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。 相似文献
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基于线粒体COI基因序列的中国鲷科鱼类系统进化关系 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR特异性扩增了采集于中国沿海的鲷科5属11种鱼类的线粒体COI基因序列,并结合Gen Bank已有的同源序列,对中国鲷科6属12种鱼类的分子系统进化关系进行研究。结果表明,中国鲷科6属12种鱼类的COI基因序列的平均碱基组成为T 30.4%、C 27.7%、A 23.5%、G 18.4%;属间Kimura双参数平均遗传距离为9.5%—19.7%,种间平均遗传距离为2.2%—21.8%,其中四长棘鲷属、赤鲷属和犁齿鲷属间的遗传距离(8.2%—13.8%)接近于棘鲷属多数种间遗传距离(6.5%—12.2%);分子系统树显示中国鲷科鱼类分为两大类群,类群I包括四长棘鲷属、犁齿鲷属、赤鲷属、牙鲷属等红体色种类,类群Ⅱ含平鲷属、棘鲷属等银灰体色种类,其中棘鲷属的冲绳棘鲷和黄鳍棘鲷先聚为姐妹群,澳洲棘鲷、黑棘鲷、灰鳍棘鲷和台湾棘鲷聚为另一支。本文结合已有研究结果得出:中国鲷科鱼类属间是先按体色、后按牙齿分化的,四长棘鲷属、犁齿鲷属和赤鲷属有相当密切的亲缘关系;中国棘鲷属是一个有共同祖先的单系群,属内存在两个平行进化的分支,两分支的种间关系具有明显的分化。 相似文献