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1.
多毛类18S rDNA和CO Ⅰ基因序列片段及其分子系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
应用分子系统发育学的方法，以多毛类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ（COⅠ）基因序列片段为分子标记，结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨．结果显示，四索沙蚕-梯斑海毛虫分枝的遗传距离为0．044，（四索沙蚕-梯斑海毛虫）-小头虫分枝的遗传距离为0．072，四索沙蚕分枝与岩虫分枝的遗传距离比较大，为0．091．分析结果显示18S系统发育树将仙女虫科定位为矾沙蚕目的内群分类单元，100％的Bootstrap值进一步表明仙女虫科和索沙蚕科的姐妹群关系；分析结果还显示了小头虫目与矶沙蚕目的亲缘关系密切． 相似文献
2.
本文是关于黄海多毛类环虫裂虫科、海女虫科、白毛虫科、仙女虫科和矶沙蚕科的报告,共计27种。本文与以前发表的三篇黄海多毛类环虫的报告,共记述了黄海多毛纲游走亚纲93种,以前学者所记载产于黄海的游走亚纲环虫仅有3种我们没有采到,截止目前为止黄海多毛纲游走亚纲的环虫已经发现有96种。本文所报告的5科中仅有1个新种——白毛钩裂虫 Ancistrosyllis pilargiformis sp. Nov.,在黄海首次发现的有17种,此外在潮间带呈最大聚集型的种有艳丽裂虫 Syllis decorus(Annenkova),岩虫 Marphysa sanguinea(Montagu),巢沙蚕 Diopatra neapolitana Delle Chiaje和躁索沙蚕 Lumbriconereis impatiens Claparede。
这5个科的种的组成是南方成分占主要地位,为数较多。属于热带的种有狭叶健足虫 Podarke angustifrons(Grube),小瘤犹帝虫 Eurythoe parvecarunculata Horst,含糊拟犹帝虫 Pseudeurythoe ambigua(Monro),岩虫 Marphysa sanguinea(Montagu),巢沙蚕 Diopatra neapolitana Delle Chiaje,异足索沙蚕 Lumbriconereis heteropoda Marenzeller,柔弱索沙蚕 Lumbr. debilis Grube,丝线沙蚕 Drilonereis filum(Claparede)和花索沙蚕 Arabella iricolor(Montagu)。北太平洋两岸种有异足索沙蚕 Lumbriconereis heteropoda Marenzeller,双唇索沙蚕 Lumbr. cruzensis(Hartman),圆头索沙蚕 Lumbr. inflata(Moore)和念珠窦维沙蚕 Dorvillea moniloceras(Moore)。与日本海大陆沿岸相同的种有17种,占总数的59%。 相似文献
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闽南—台湾浅滩渔场多毛类的分布 总被引：1，自引：1，他引：1
1987年12月至1988年11月在闽南-台湾浅滩渔场获得83种多毛类，隶属于35科67属。欧努菲虫（Onuphis eremita）、锥唇吻沙蚕（Glycera o-nomichiensis）、拟特须虫（Paralacydonia paradoxa）和滑指矶沙蚕（Eunice indica）等出现频率较高。马氏独毛虫（Tharyx marioni）、奇异稚齿虫（Paraprionospio pin-nata）、多齿全刺沙蚕（Nectoneanthes multignatha）和梯额虫（Scalibregma inflatum）密集地分布于局部水域。闽南-台湾浅滩渔场多毛类年平均生物量为1.13g/m^2，年平均密度为25个/m^2，均低于台湾海峡北部、东山湾湖下带和大亚湾等水域。闽南-台湾浅滩渔场多毛类表现为低多样性特征。这些分布特征取决于底质类型，该海区沉积颗粒较粗，不利于多毛类繁衍。海流和水团也有重要作用。 相似文献
4.
长江口邻近海域大型底栖生物群落结构分析 总被引：10，自引：0，他引：10
2004年5月的调查共获大型底栖生物50种,种数和丰度的优势生物为多毛类动物,而底栖鱼类和螠虫的生物量占明显优势。长江口大型底栖生物平均生物量为17.57g/m2,平均丰度为150ind./m2。生物量和丰度密集区集中在盐度25度线附近海域。根据Bray-Curtis相似性系数聚类分析和多维排序尺度分析,长江口大型底栖生物可划分为四个群落:Ⅰ圆筒原盒螺-滩栖阳遂足-棘刺锚参-背蚓虫群落;Ⅱ圆筒原盒螺-钩虾群落;Ⅲ背蚓虫-奇异稚齿虫-不倒翁-尖叶长手沙蚕-近辐蛇尾群落;Ⅳ短叶索沙蚕-长吻沙蚕-纽虫群落。通过引入环境变量的二维MDS图分析,长江口大型底栖生物群落分布与底层盐度、有机物具有较大的相关性。生存环境短时间内的剧烈变化是导致群落Ⅱ和Ⅳ种群贫乏的重要原因之一。河口区悬浮粉砂颗粒的短期快速沉降现象可能也是导致群落Ⅱ和Ⅳ种群贫乏的另一重要原因。 相似文献
5.
《热带海洋学报》2017,(6)
为提高毛颚动物鉴定的准确性,进一步探索毛颚动物箭虫纲箭虫科各属的系统发育地位,文章采用形态学鉴定与DNA条形码技术相结合,对南海北部采集的部分箭虫种类进行鉴定,并初步探讨其系统分类地位。结果表明包括粗壮猛箭虫(Ferosagitta robusta)、小型滨箭虫(Aidanosagitta neglecta)、规则滨箭虫(Aidanosagitta regularis)在内的箭虫,其形态鉴定结果与分子鉴定的结果一致,其COⅠ(线粒体编码的细胞色素氧化酶第一亚基,cytochrome oxidase subunitⅠ)序列在系统发育树中与Gen Bank得到的相应箭虫COⅠ序列以91%~100%高支持率形成各自单系枝。种内遗传距离范围为0.000~0.015,平均值为0.004;种间遗传距离范围为0.081~0.173,平均值为0.127;种内遗传距离和种间遗传距离未重叠,存在明显的条形码间隙,证实了COⅠ基因作为毛颚动物DNA条形码标准基因的可行性。本研究首次将DNA条形码技术应用于箭虫科内各属的系统发育分析,首次从分子层面探讨其系统发育地位。 相似文献
6.
应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨。实验共获得10 条18S rDNA序列,长度为1780~1787 bp,其中A、T, G,C平均含量分别为23.72%, 24.58%,24.52%和27.17%;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp 到130 bp 约 50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017。18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同-海洋蟹类祖先提供了分于生物q证惦,开上火亚N内尔量分别为26.88%.弓蟹科。获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T,G、C平均含量分别为26.88%,37.62%,17.50%和18.00%;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138。COⅠ基因系统发育树真实地反映了住属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的姆类鉴定提供了-种快速准确的方法。 相似文献
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应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨.实验共获得10条18S rDNA序列,长度为1 780～1 787 bp,其中A、T、G、C平均含量分别为23.72％,24.58％,24.52％和27.17％;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp到130 bp约50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017.18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同一海洋蟹类祖先提供了分子生物学证据,并且支持将厚蟹属从相手蟹科移至弓蟹科.获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T、G、C平均含量分别为26.88％,37.62％,17.50％和18.00％;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138.CO Ⅰ基因系统发育树真实地反映了归蟳属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的蟳类鉴定提供了一种快速准确的方法. 相似文献
8.
基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究 总被引：2，自引：0，他引：2
以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。 相似文献
9.
综述了虫黄藻的分类研究,其中与造礁石珊瑚共生的虫黄藻主要是共生藻属(Symbiodinium)的种类,重点概述了共生藻的分类和遗传多样性研究进展,特别综述了分子生物学技术在造礁石珊瑚共生藻的分类和遗传多样性方面的研究近况,并对未来共生藻的分类和遗传多样性研究作了展望.目前多采用分子生物学手段进行共生藻的分类和遗传多样性研究,PCR-RFLP是解决共生藻系群水平分类的有效分子标记,而DNA序列分析是目前进行共生藻分子进化和系统发育研究最有效的方法.目前应用于共生藻分子系统发生研究的DNA信息主要为核糖体RNA.对共生藻进行分类和遗传多样性研究,将有助于理解造礁石珊瑚共生藻共生系统对外界环境变化的生态响应机制. 相似文献
10.
十年间黄海大型底栖动物优势种的变化 总被引：1，自引：0，他引：1
本文根据2000年10月、2001年3月、2003年6月、2004年1月、2011年4月和8月黄海大型底栖动物调查资料对十年间大型底栖动物优势种的变化进行研究。研究结果表明:十年间共出现优势种9种(优势度0.02),包括寡鳃齿吻沙蚕Nephtys oligobranchia、背蚓虫Notomastus latericeus、掌鳃索沙蚕Nin?e palmata,角海蛹Ophelina acuminata和蜈蚣欧努菲虫Onuphis geophiliformis等5种多毛纲动物,薄索足蛤Thyasira tokunagai和橄榄胡桃蛤Nucula tenuis等2种软体动物,浅水萨氏真蛇尾Ophiura sarsii vadicola和紫蛇尾Ophiopholis mirabilis等2种棘皮动物。其中,薄索足蛤为2000年10月、2003年6月、2004年1月和2011年4月航次黄海大型底栖动物优势种,浅水萨氏真蛇尾和掌鳃索沙蚕为2011年4月和8月航次黄海大型底栖动物优势种、角海蛹为2004年1月和2011年4月航次黄海大型底栖动物的优势种。背蚓虫则是2011年8月航次的优势种,优势度为0.0859。对2011年2个航次调查区域深度进行划分,结合底层水温度和盐度等环境因子进行指示种分析,结果表明,黄海0—30m水深区域指示种为日本角吻沙蚕Goniada japonica、寡节甘吻沙蚕Glycinde gurjanovae、美人虾Callianassa sp.和双眼钩虾Ampelisca sp.。30m水深以上区域的指示种主要是背蚓虫、奇异指纹蛤Acila mirabilis、掌鳃索沙蚕和浅水萨氏真蛇尾。指示种组成与优势种的组成较一致,表明水深、底层水温度和盐度是影响黄海大型底栖动物优势种分布的主要因素。十年间上黄海近岸水域底栖动物优势种发生了变化,小型的多毛类如背蚓虫和掌鳃索沙蚕等成为近岸海域主要的优势种。冷水团水域优势种较稳定,主要为浅水萨氏真蛇尾和薄索足蛤。 相似文献
11.
关于浙江和福建沿岸多毛类环节动物区系的研究工作,过去做的很少,较详尽的调查报告有1934年的Monro描述的采自厦门和福建的多毛类环节动物36种,1936年Treadwell发表的厦门多毛类环节动物21种,1939年金德祥报告的厦门附近30种多毛类环节动物(根据Monro鉴定的标本)的季节分布、数量和群落生境,1948年梁慧文、金德祥和朱光玉在“厦门多毛类的分类”一文中描述的31种,其中有21种鉴定至种。我们研究的标本主要是1953年中国科学院海洋研究所考察队在浙江沿岸,1957-1958年在福建沿岸采到的,此外还包括底栖生物在东海沿岸拖网到的一些标本,经过鉴定共计20种,其中有9种——软背鳞虫Lepidonotus helotypus(Grube),箭鳃吻沙蚕Glycera sagittariae Mclntosh,宽叶沙蚕Nereis grubei(Kinberg),多齿围沙蚕Perinereis nuntia var. typica Savigny,双鳃齿吻沙蚕Nephthys (Aglaophamus) dibranchis(Grube),滑指矶沙蚕Eunice indica Kitamori,躁索沙蚕Lumbriconereis impatiens Claparede,三叉柯素虫Cossura coasta Kitamori 和恒河短脊虫Asychis gangeticus Fauvel 在浙江和福建沿岸是首次记录,此外还有一新种——福建欧努菲虫Onuphis fukianensis sp.nov。 相似文献
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藤壶科DNA 分类研究 总被引：2，自引：1，他引：1
围胸总目藤壶科的分类系统经历了二亚科系统(小藤壶亚科 Chthamalinae,藤壶亚科 Balaninae)、三亚科系统[藤壶亚科(Balaninae),巨藤壶亚科(Megabalaninae),凹藤壶亚科(Concavinae)],现在采用的是四亚科系统[藤壶亚科(Balaniae)、纹藤壶亚科(Amphibalanus)、巨藤壶亚科(Megabalaninae)和凹藤壶亚科(Concavinae)],但各亚科之间的系统演化关系尚未进行过分子系统学方面的研究.许多藤壶科物种存在趋同进化的趋势,致使传统的形态分类存在困难,不能正确地进行鉴别.本文测定了藤壶科3个亚科里个代表种的线粒体 COI,16S 和12S 基因的部分序列,结合 GenBank 中藤壶科其他物种的12S,28S和18S等基因序列,比较了不同基因片段作为鉴别藤壶科物种的条形码的可行性和有效性,并联合16S和12S序列初步分析了藤壶科各亚科之间的一些亲缘关系.研究结果表明:COI基因的种间和种内遗传距离有明显的间隔区, COI最小种间距离为0.122,远大于最大种内距离0.023,而16S基因的种间与种内距离存在覆盖,最小种间距离为0.018,小于最大种内距离0.023,因此表明,线粒体基因 COI能更准确地鉴定藤壶科种间以及种内关系,并得出阈值为种内差异小于0.023,种间差异大于0.1.ML和BI系统发育分析结果基本一致,支持4亚科的分类系统;巨藤壶亚科形成明显单系群,支持率很高,而两种纹藤壶和管藤壶聚成一支,形成一个单系,本结果支持Newman & Ross的假说,即纹藤壶属和管藤壶属应合并. 相似文献
13.
12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。 相似文献
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测定了湛江枝吻纽虫（Dendrorhynchus zhanjiangensis）、中华枝吻纽虫（Dendrorhynchus sinensis）及疣多枝吻纽虫（Polydendrorhynchus papillaris）线粒体16S rRNA基因部分片段序列,结合从GenBank下载的其他纽虫序列,对它们之间的系统发育关系进行了分析.26个中华枝吻纽虫个体共检测到长度为467-468 bp的9个单倍型,5个湛江枝吻纽虫个体的长度均为469 bp,共检测到3个单倍型,2个疣多枝吻纽虫个体的长度均为474 bp,共享1个单倍型;核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,碱基组成均表现出AT含量偏倚,即AT含量明显高于GC含量.中华枝吻纽虫9个单倍型之间的遗传距离和湛江枝吻纽虫3个单倍型之间的遗传距离均为0.002 1-0.004 3;而3种枝吻纽虫16S rRNA基因序列彼此之间的遗传距离却均超过0.24,显示它们之间的遗传差异特别大,分子系统树（NJ）的拓扑结构也显示,3种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,结果支持3种枝吻纽虫分别为独立有效物种.中华枝吻纽虫与2种脑纹纽虫（Cerebratulus lacteus、C.marginatus）的遗传距离分别为0.154、0.169,明显低于与其同属的湛江枝吻纽虫的遗传距离（0.242）,表明中华枝吻纽虫与前两者的亲缘关系相对较近,而与后者的亲缘关系相对较远;在NJ树上,中华枝吻纽虫没有与湛江中华枝吻纽虫聚为1支,而是其9个单倍型聚为1支后,与2种脑纹纽虫（C.lacteus、C.marginatus）聚为1支,且有高达94%的支持率,这表明枝吻纽虫属（Dendrorhynchus）并非单系,也提示将中华枝吻纽虫划入脑纹纽虫属（Cerebratulus）会更合适. 相似文献
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分析了石鲈科4属10种鱼类S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列特征,采用MP法和NJ法构建系统发育树.结果表明,在分子系统树上,10种石鲈科(Haemulidae)鱼类共组成两大类群,其中髭鲷属(Hapalogenys)鱼类和胡椒鲷属(Plectorhynchus)鱼类聚成一类群,石鲈属(Pomadasys)鱼类和仿石鲈属(Haemulon)鱼类聚成一类群,两类群再聚成一支,10种石鲈科鱼类构成单一分支类群.髭鲷属鱼类跟胡椒鲷属鱼类的亲缘关系较近.基于遗传距离分析表明,相对于石鲈属,髭鲷属鱼类跟仿石鲈属鱼类的遗传距离较小.因此,研究结果支持髭鲷属的分类地位是介于胡椒鲷属和仿石鲈属之间,未能从石鲈科中独立出来形成髭鲷科(Hapalogeniidae). 相似文献
17.
以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。 相似文献
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采用从GenBank下载的翼形亚纲11个总科80个种类的28S部分序列,对翼形亚纲11个总科贝类进行系统发育关系研究。在获得的1252个序列位点中,去除插入缺失位点,变异位点共359个,其中简约位点300个。翼形亚纲各总科内各种间的遗传距离为0.01—0.14,明显小于各总科间的遗传距离(除蚶总科与拟锉蛤总科,双肌蛤总科与襞蛤总科以及两总科与贻贝总科外)。贝叶斯树和最大似然树均支持翼形亚纲为单系群,并将11个总科分为3个聚类簇:聚类簇Ⅰ为珍珠贝总科(Pterioidea)、牡蛎总科(Ostreoidea)和江珧总科(Pinnoidea),聚类簇Ⅱ为贻贝总科(Mytiloidea)、蚶总科(Arcoidea)和拟锉蛤总科(Limopsoidea),聚类簇Ⅲ为襞蛤总科(Plicatuloidea)、不等蛤总科(Anomioidea)、双肌蛤总科(Dimyoidea)、扇贝总科(Pectinoidea)和锉蛤总科(Limoidea)。根据本研究的结果,并结合其他学者提出的分类系统,构建了包括4目11总科的翼形亚纲分类系统。 相似文献
19.
《热带海洋学报》2014,(3)
文中探讨了线粒体COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ)和16S rRNA基因片段的遗传特性及其在鳎科鱼类种类鉴定和系统演化中的适用性。通过测序和下载GenBank中的相关数据,分别获得了鳎科14属24种鱼类的65个个体的COⅠ基因片段以及14属23种鱼类的62个个体的16S rRNA基因片段。从碱基组成来看,除北海牛舌鳎(Buglossidium luteum)的16S rRNA序列中A+T含量为49.8%以外,其余种类的A+T含量均高于50%。COⅠ片段的碱基变异比例(约占45.5%)略高于16S rRNA片段(约占44.3%)。序列变异程度分析表明,COⅠ基因在种内和属内种间的平均K2P遗传距离分别为0.33%和19.91%,而16S rRNA的相应值分别为0.26%和7.19%。前者种内和种间的遗传差异约为60倍(个别最小相差19倍),符合Hebert的相差10倍的物种鉴定标准;后者种内和种间的差异也有28倍(个别最小差值为5倍)。因此,COⅠ和16S rRNA序列均适用于鳎科鱼类的种类鉴定。另外,2种基因片段的遗传距离在不同分类阶元的分布上存在重叠,由于COⅠ序列的遗传距离重叠区域存在于较高的阶元之间(种间、属、科),而16S rRNA序列的重叠区域存在于较低的阶元之间(种内、种间、属)。因此,在应用这2个片段做系统演化研究时,应根据研究的不同系统水平需要选择适当的分子标记。 相似文献
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本研究利用线粒体16S rDNA和核基因18S rDNA片段,对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析,并比较了2个基因片段作为通用分子标记,在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用。研究发现,泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性,所获得的32个样品可以分为9个种,包括4种钵水母、4种立方水母和1种水螅水母。然而,完全确定各种的分类地位,还需要更多的形态、生活史等方面信息。两个基因片段均能明确区分各种类,但核基因18S序列比线粒体基因片段更为保守。根据16S基因片段序列计算水母种内和种间的K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,发现所研究的9个水母种类,种内遗传距离在0~0.050之间,其中94%的种内遗传距离小于0.040,同纲种间的遗传距离为0.204~0.474,其中91%的种间遗传距离大于0.250;而利用18S基因,种内距离在0~0.002之间,同纲种间距离为0.008~0.066(平均为0.038,SE=0.006)。16S的AT碱基含量明显高于核基因18S,且16S的碱基含量在不同纲之间有显著差异,进一步表明水母线粒体16S基因的突变率相对较高,适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异。 相似文献