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1.
为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种间、科内和目内的遗传距离(K2P)分别为:0.21%,20.50%、24.47%和25.62%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.所选厦门海域鱼类样品仅蓝圆鯵鉴定到圆鯵属,未能鉴定到种,其余22种全部鉴定到种,表明COⅠ基因序列可以作为鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 相似文献
2.
为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系。结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021—0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离在0.000—0.009之间,平均0.004。其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍。同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2%)。基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因。同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致。 相似文献
3.
为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655bp,序列中T?C?G?A碱基的平均含量分别为:27.50%?28.10%?26.00%?18.40%,A+T含量均高于50%.样品种内?种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52%?20.07%?23.96%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 相似文献
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《应用海洋学学报》2017,(3)
为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50%、28.10%、26.00%、18.40%,A+T含量均高于50%.样品种内、种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52%、20.07%、23.96%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 相似文献
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以2016年第7次北极科学考察期间在不同海域采集到的形态各异的水螅样品为研究对象,初步描述了样品的形态特征,并且利用DNA条形码序列进行了分子鉴定。基于16SrRNA基因序列构建的系统进化树表明,S12,NB06,R01和NB05属于桧叶螅科桧叶螅属,R08和B08为钟形螅科薮枝螅属,而且不同种的水螅均以较高的置信度聚类为一个稳定的分支。因此16SrRNA序列可以作为DNA条形码用于这2属的水螅的分类鉴定。桧叶螅的COI序列扩增较困难,不宜作为DNA条形码用于该属的鉴定,而薮枝螅的COI序列则较易扩增。基于16S rRNA和COI序列的长薮枝螅种间遗传距离均远大于种内遗传距离,存在明显的条形码间隙。且薮枝螅基于COI序列的种内遗传距离比16SrRNA基因的更大,认为COI序列可作为薮枝螅不同地理起源的分析鉴定依据。 相似文献
6.
节织纹螺(Nassarius hepaticus)贝壳差异的COⅠ基因分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选择在厦门港市场购买的节织纹螺(Nassarius hepaticus),挑选五种典型贝壳形态,每种形态各5个个体,研究其COⅠ基因序列及其分子系统发育。结果表明,节织纹螺五种贝壳类型的齿舌形态基本一致,但个体间齿列数和中央齿上缘小齿数有差异;COⅠ基因序列存在较大的变异,678—679bp的片段上有31个变异位点,其中20个为密码子第三位碱基,6个为密码子第二位碱基,5个为密码子第一位碱基;贝壳、齿舌变异与DNA变异不存在关系,同类型和不同类型的个体在DNA序列上差异较小,根据Kimura 2-parameter法计算25个个体的遗传距离在0.001—0.010之间,平均值为0.007。以COⅠ基因序列计算的遗传距离和构建的系统发育树证实五种贝壳形态的25个个体同属于节织纹螺。 相似文献
7.
采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。 相似文献
8.
应用分子系统发育学的方法,以多毛类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨.结果显示,四索沙蚕-梯斑海毛虫分枝的遗传距离为0.044,(四索沙蚕-梯斑海毛虫)-小头虫分枝的遗传距离为0.072,四索沙蚕分枝与岩虫分枝的遗传距离比较大,为0.091.分析结果显示18S系统发育树将仙女虫科定位为矶沙蚕目的内群分类单元,100%的Bootstrap值进一步表明仙女虫科和索沙蚕科的姐妹群关系;分析结果还显示了小头虫目与矶沙蚕目的亲缘关系密切. 相似文献
9.
根据南沙群岛海区1997年11月(秋季)、1999年4月(春季)和7月(夏季)3个航次的调查资料,对上层水域毛颚类的种类组成和丰度分布进行了分析。共鉴定毛颚类18种。秋、春、夏3个季节毛颚类平均丰度分别为(6.86±3.08)、(9.95±3.50)和(7.11±3.34)个/m3。肥胖软箭虫(Flaccisag-ittaenflata)、龙翼箭虫(Pterosagitta draco)和太平洋齿箭虫(Serratosagitta pacifica)是3个航次调查共有的优势种,肥胖软箭虫占绝对优势。调查海区毛颚类按其生态特征可分为暖水广布种、大洋性暖水种和暖水近岸种三个类群,前两者对毛颚类丰度分布起决定性作用。毛颚类丰度分布受东亚季风驱动的南海环流影响显著,在秋季东北季风期,毛颚类分布趋势为西高东低,高值区位于西南部,与海洋锋对应;在夏季西南季风期,毛颚类主要分布在西北部,与该区域存在的海洋锋和上升流密切相关。作为最主要的食物来源,桡足类丰度是影响南沙群岛海区毛颚类丰度变化的重要因素。 相似文献
10.
以台湾海峡11目38科66属85种355个鱼类样品为研究对象，选取线粒体COⅠ基因中长为313 bp的序列为微型条形码，探讨微型DNA条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。共获取355条基因序列，序列中T、C、A、G碱基的平均含量占比分别为29.50%、30.10%、24.90%和15.50%；AT含量占比均高于50%。样品种内、种间、属间、科间和目间的K2P （Kimrua 2 Parameter）遗传距离分别为0.37%、18.10%、22.10%、25.40%和27.80%，遗传距离随着分类阶元的提高而增大，种间遗传距离是种内遗传距离的49倍，表明该微型DNA条形码可用于鱼类的分类鉴定，可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。 相似文献
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根据南沙群岛海区1997年11月(秋季)、1999年4月(春季)和7月(夏季)3个航次的调查资料,对上层水域毛颚类的种类组成和丰度分布进行了分析。共鉴定毛颚类18种。秋、春、夏3个季节毛颚类平均丰度分别为(6.86±3.08)、(9.95±3.50)和(7.11±3.34)个/m3。肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)、龙翼箭虫(Pterosagitta draco)和太平洋齿箭虫(Serratosagitta pacifica)是3个航次调查共有的优势种,肥胖软箭虫占绝对优势。调查海区毛颚类按其生态特征可分为暖水广布种、大洋性暖水种和暖水近岸种三个类群,前两者对毛颚类丰度分布起决定性作用。毛颚类丰度分布受东亚季风驱动的南海环流影响显著,在秋季东北季风期,毛颚类分布趋势为西高东低,高值区位于西南部,与海洋锋对应;在夏季西南季风期,毛颚类主要分布在西北部,与该区域存在的海洋锋和上升流密切相关。作为最主要的食物来源,桡足类丰度是影响南沙群岛海区毛颚类丰度变化的重要因素。 相似文献
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多毛类18S rDNA和CO Ⅰ基因序列片段及其分子系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
应用分子系统发育学的方法，以多毛类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ（COⅠ）基因序列片段为分子标记，结合形态学特征对它们的分类地位进行了探讨．结果显示，四索沙蚕-梯斑海毛虫分枝的遗传距离为0．044，（四索沙蚕-梯斑海毛虫）-小头虫分枝的遗传距离为0．072，四索沙蚕分枝与岩虫分枝的遗传距离比较大，为0．091．分析结果显示18S系统发育树将仙女虫科定位为矾沙蚕目的内群分类单元，100％的Bootstrap值进一步表明仙女虫科和索沙蚕科的姐妹群关系；分析结果还显示了小头虫目与矶沙蚕目的亲缘关系密切． 相似文献
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毛颚动物又称箭虫,是海洋中的次级生产力代表之一。毛颚动物的呼吸受温度影响较大,因此其丰度会受到水温的调节作用。盐度25时,毛颚动物种类多丰度低,但也有一些耐高盐的种类可在高盐环境中有高丰度。许多研究表明,海流和海洋锋对毛颚动物分布产生显著影响,海流可将毛颚动物携至不同水层甚至不同气候带。毛颚动物有迁移现象并呈垂直分布,这与捕食相联系,不同毛颚动物之间遵循空间、时间、食物型分离的生态规则,以减少种间竞争。毛颚动物对其捕食对象的摄食压力较大,此外,还产生可快速下沉的粪粒,在有机物向下输送过程有一定作用。 相似文献
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根据2006年9月—2007年8月胶州湾浅水Ⅰ型浮游生物网的调查资料,分析了胶州湾毛颚类的种类组成、数量分布、摄食、生物量、生产力情况。结果表明,本次调查共出现毛颚类3种:强壮箭虫(Sagitta crassa)、拿卡箭虫(Sagitta nagae)和百陶箭虫(Sagitta bedoti)。其中强壮箭虫全年出现,在数量上占有绝对优势,年平均密度达到45.3ind/m3;拿卡箭虫和百陶箭虫在秋、冬、春季出现,年平均密度分别为0.17ind/m3和0.35ind/m3。通过推算得到胶州湾毛颚类年平均生物量为107.92mg/m2,年平均生产力为1.47mgC/(m2·d),占浮游动物总生产力的11.6%。毛颚类对浮游动物生物量和生产力的摄食压力在冬季达到全年最大值,分别为5.71%和83.47%,在春季、夏季、秋季毛颚类对浮游动物生物量的摄食压力分别为0.67%、0.08%、6.48%,对生产力的摄食压力分别为27.00%、2.48%和48.88%。由此可见,在冬季毛颚类的摄食对浮游动物群落结构等可能会产生重要影响。 相似文献
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基于DNA条形码技术对苍南海域仔稚鱼的物种鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(12)
采用DNA条形码技术对苍南海域冬季采集的仔稚鱼进行物种鉴定,以提高物种鉴定的准确性。所有仔稚鱼通过形态特征鉴定出10个形态种,但经条形码技术可鉴定出11个有效种。序列相似性结果显示11个形态种中10种可鉴定到种的水平,1种无法匹配到相应的物种。条形码间隙分析结果显示各物种的最小种间遗传距离均高于该物种的最大种内遗传距离,存在明显的条形码间隙。由系统发育树可以看出同一形态种的不同个体聚为一支系,各物种间能明显区分开。同时结合本次渔业资源现场调查结果,发现11种仔稚鱼中仅有5种的成鱼出现在本次调查中,剩余6种为新出现种类。可见,DNA条形码技术除了能提高仔稚鱼物种鉴别的准确性外,还能对物种多样性调查起到一定的补充作用。 相似文献
16.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(11)
本研究选用DNA条形码的通用基因片段,采用特异性扩增测序及与GenBank已有序列结合分析的方法,进行了鲻科(Mugilidae)6属17种鱼类的COI基因片段的序列比较、分子树构建和系统进化研究。研究表明,在所得的17种鲻科鱼类共有的555bp COI基因片段中平均GC含量为46.9%。其中,第二密码子位点含量最高(49.8%~56.2%),平均54.9%;第一密码子变化范围最大(31.9%~48.6%),平均42.9%;第三密码子差别不显著(42.5%~43.4%),平均42.7%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P),17种鲻科鱼类种内遗传距离的平均值为0.004 5,种间遗传距离为0.191,是种内遗传距离的42倍。在分子系统树上,所有物种均呈单系,5属为独立分支,只有隶属于梭属(Liza)的尖头梭(Liza tade)与莫鲻属(Moolgarda)聚类,表现出与传统形态学分类不一致的结果。本研究结果验证了线粒体COI基因作为DNA条形码对鲻科鱼类进行物种鉴定的有效性,可用于辅助探讨鲻科科下属、种分类阶元系统发育问题。 相似文献
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采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中,以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目（Clupeiformes）,种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003）,种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253）,两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S r RNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0... 相似文献
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毛颚动物是浮游动物中的重要类群,是典型的海洋浮游动物(仅Spadella属的种类生活于浅海岩石或海藻之间)。它的分布遍及世界海洋。在数量上也相当可观,根据1976年我们在东海两次采集的资料，夏、秋季它在浮游动物总生物量中的比例可达40%。
毛颚类是肉食性浮游动物中的饕餮者,不仅大量消耗桡足类,有时也能吞噬个体较小的燐虾、端足类和仔稚鱼等。它的数量高峰往往出现在其他草食性浮游动物的数量高峰之后。然而,它本身又是一些鱼类和肉食性浮游动物的食料。可见它在海洋食物网中所处地位的重要。在水域生产カ研究中,毛颚类的研究是了解某一海区生态转换效率的一项重要内容。
许多毛颚类是水团或海流的良好标志,例如,强壮箭虫(Sagitta crassa)可以作为黄海水团和日本内海低盐水的指标种,秀箭虫(Sagitta elegans)可以作为亲潮和里门寒流的指标种,锯齿箭虫(Sagitta serratodentata)在大西洋可以作为湾流的指标种,而多变箭虫(Sagitta decipiens)在印度西岸可以作为上升流的指标。又如人们所熟知的，Russell曾根据毛箭虫(Sagitta setosa)和秀箭虫的分布来推断北海低盐水团和天西洋高盐水团在英吉利海峡的相互推移和消长的情况。这类例子很多,兹不赘述。总之,毛颚类作为海流或水团的指标已日益受到各国海洋学工作者的重视。
本文根据东海陆架区综合考查1976年6-7月及8-9月,在127°E以西,北起32°N,南至26°30′N(6-7月在黄海南部增加一斜断面),用大型浮游生物网自底到表垂直拖网样品85份加以分析,对调查期间此海域内毛颚动物的分布作一概述。 相似文献
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台湾海峡西部毛颚类的生态研究 总被引：12，自引：5，他引：12
本文根据1984年5月-1985年2月在台湾海峡西部综合调查所获的浮游毛颚类样品,经分析共出现26种毛颚类,其中,尤以肥胖箭虫、百陶箭虫和拿卡箭虫最优势,本海区毛颚类虽周年可见,但以春、夏两季较多,尤其是夏季,其种类数和个体数皆居年的最高值,根据其分布特点,可分为近岸暖水性、近岸暖温性、广盐暖水和外海暖水等4个生态类群,其季节变化分布规律与沿岸水系、外海水系的消长和推移密切相关. 相似文献