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1.
AFLP技术在笛鲷的仔鱼鉴定及其分类学上的研究 总被引：24，自引：3，他引：21
以南沙群岛采获的勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)、黄笛鲷(Lutjanus lutjanus)、红笛鲷(Lut janus sanguineus)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)、线纹笛鲷(Lutjanus lineolatus)、画眉笛鲷(Lutjanus vitta)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabarius)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)、约氏笛鲷(Lutjanus johni)、金带笛鲷(Lutjanus vaigiensis)11种笛鲷属的后期仔鱼为材料, 进行了基因组DNA的AFLP(扩增片段长度多态性)研究,通过笛鲷仔鱼和成鱼的AFLP电泳图谱的比较分析,将这11种笛鲷属的仔鱼成功分开.研究表明,最适合的AFLP引物组合是E+AGC/M+CAA,由这11种笛鲷共扩增出132 AFLP位点,每种笛鲷的AFLP条带数为43~69,在这11种笛鲷中,共享的AFLP条带数仅为7,同一种笛鲷仔鱼和成鱼AFLP遗传相似度在90%以上.根据这11种笛鲷的Nei遗传距离对Neighboring系统进行进化分析,并且与传统的笛鲷形态分类进行了比较.分子生物学可以阐释笛鲷属鱼类的系统进化和遗传亲缘关系,对传统形态分类学加以完善和补充. 相似文献
2.
取红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterusBloch)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatusFor-skal)、勒氏笛鲷(Lutjanus russelliBleeker)和约氏笛鲷(Lutjanus johniBloch)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA,用限制性内切酶酶切进行了限制性片段长度多态性分析。在红鳍笛鲷共发现4种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.010 1,其mtDNA多态度为0.002 9。在紫红笛鲷共发现6种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.015 1,其mtDNA多态度为0.005 5。在勒氏笛鲷共发现3种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 6,其mtDNA多态度为0.001 2。在约氏笛鲷共发现5种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 3,其mtDNA多态度为0.002 0。 相似文献
3.
4.
用RFLP(限制性片段长度多态性,Restriction fragment length polymorphism)技术研究了红鳍笛鲷Lutjanus erythropterus Bloch、紫红笛鲷Lutjanus argentimaculatus Forskal、勒氏笛鲷Lutja-nus russelli Bleeker和约氏笛鲷Lutjanus johni Bloch的遗传多样性关系,检测到4种笛鲷的分子标记。通过差速离心、核酸酶消化、苯酚抽提,从4种笛鲷肝脏组织中分离纯化线粒体DNA(mtDNA),用19种5到6碱基对的限制性内切酶进行单酶、双酶和部分酶切,琼脂糖凝胶电泳,进行了RFLP分析,构建了4种笛鲷mtDNA的物理图谱。红鳍笛鲷、紫红笛鲷、勒氏笛鲷和约氏笛鲷的mtDNA大小分别为17.36±0.09kb、17.58±0.08kb、17.50±0.18kb和17.56±0.12kb。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间平均mtDNA多态度π为0.106 2,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.130 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.151 5,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtD-NA多态度π为0.130 3,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.119 5,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.139 4。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间净遗传距离Pnet为0.102 0,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.128 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.149 1,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.127 0,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.115 7,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.137 8。 相似文献
5.
利用从勒氏笛鲷Lutjanus russelli基因组文库中筛选得到37对微卫星引物对笛鲷属9个习见种红鳍笛鲷 L. erythropterus、紫红笛鲷L. argentimaculatus、星点笛鲷L. stellatus、约氏笛鲷L. johnii、千年笛鲷L. sebae、金带笛鲷L. fulvus、金焰笛鲷L. fulviflamma、画眉笛鲷L. vitta与奥氏笛鲷L. ophuysenii的微卫星位点进行筛选和分析.9个种都能检测到的微卫星位点有10个, 部分种能检测到的有13个.9种笛鲷Hardy-Weinberg平衡下的平均期望杂合度在0.730―1.000, 平均观测杂合度在0.716―0.915, 偏离指数(D)为-0.002― -0.214.微卫星位点杂合度的分析表明目前笛鲷属鱼类存在较高的遗传多样性水平.另发现9个种的笛鲷都出现了杂合子缺失的情况, 缺失的原因有待于进一步的研究予以解释. 相似文献
6.
6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 总被引：10，自引：0，他引：10
采用聚合酶链式反应直接测序法，获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(L．stellatus)、千年笛鲷(L．sebae)、勒氏笛鲷(L．russelli)、红鳍笛鲷(L．erythropterus)5种笛鲷属鱼的线粒体细胞色素b(Cyt b)425bp序列，并结合基因库中的斜带笛鲷(L．decussatus)Cytb同源序列进行比较分析，共发现88个核苷酸位点存在变异(20．7％)。用MEGA2．1软件中的Pairwise distance工具计算了6种笛鲷属鱼类的相对遗传距离，表明6种笛鲷属鱼类的序列差异在0．096-0．129之间，其中红鳍笛鲷和紫红笛鲷序列差异最大为0．129，千年笛鲷与红鳍笛鲷的序列差异最小为0．096；序列变异的转换／颠换比值较低，平均只有2．160。 相似文献
7.
4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷L. argentimaculatus、红鳍笛鲷L. erythropterus、千年笛鲷L. sebae为研究对象,采用EcoR /ⅠMselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析.从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%;紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%;红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%;千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%.Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572.选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个.4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773. 相似文献
8.
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanuscampechanus）和勒氏笛鲷（L．russel—lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L．bengalensis）和四带笛鲷（三．kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析．结果表明：25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用．孟加拉笛鲷的湛江群体（zMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为：3．8889、4．1111、4．3333、4．2222;平均观测杂合度分别为：0．5833、0．6389、0．5944、0．6389;平均多态信息含量分别为：0．4720、0．4692、0．5474、0．5257．将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽旱对野生群体进行摸底调查。并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法． 相似文献
9.
对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。 相似文献
10.
紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用常规 PCR 未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16543 bp 线粒体 DNA 全序列, GenBank 登录号为 JN182927.结合 GenBank 中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma 前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化. 相似文献
11.
Genetic diversity and specific markers in four scallop species, Patinopecten yessoensis,Argopecten irradians, Chlamys nobilis and C.farreri 总被引：1，自引：0，他引：1
The AFLP （amplified fragrnent length polymorphism）technique was used to analyse the genetic diversity in four scallop species, Patinopecten yessoensis, A rgopecten irradians, Chlamys nobilis and C. farreri. The genetic similarity indexes of these four species are 0.8415, 0.7863, 0.7190 and 0.6731, while Shannon diversity indexes are 43.52, 58.87, 80.16 and 92.83, respectively. As analyzed, the genetic diversities in two native species, i.e., C, farreri and C. nobilis, are higher than those in other two introduced species, A. irradians and P. yessoensis. The results also showed that C. nobilis and C, farreri shared the most common loci. The genetic distance indicated that C. nobilis and C. farreri are closely related. Moreover, out of 510 AFLP markers, 21 specific bands are found to distinguish the four species scallops and these markers may be applied to the specific germplasm characterization and molecular assistant classification in scallops. 相似文献
12.
皱纹盘鲍杂交F1代与亲本的RAPD标记及分离方式分析 总被引：8，自引：0，他引：8
应用RAPD标记技术对皱纹盘鲍杂交家系JC的双亲及3个F1个体进行了分析,对JC家系在皱纹盘鲍遗传连锁图谱构建中的应用前景进行了初步评估,并分析了RAPD分子标记在JC家系F1代中的分离方式及该家系的1对亲本及其子代个体的遗传结构.7条随机引物共扩增出41个分子标记,其中24个为多态性,占总数的58.5%;有14个分离标记可用于遗传连锁作图,有7个符合孟德尔独立分配定律,占总数的17.1%.2个标记与子代个体大小有一定的相关性,但其连锁关系仍有待于进一步研究.父母本之间的遗传距离为0.384 4,父本与子代间的距离为0.137 2,母本与子代间的距离为0.127 3;父本提供的分离标记在子代中的显性频率为0.47,母本为0.55.双亲之间的遗传距离较远,杂交产生的JC-F1群体具有较高的杂合度(0.201 6),该结果初步表明皱纹盘鲍杂交家系JC的子1代即可作为作图群体应用于皱纹盘鲍的连锁图谱构建. 相似文献
13.
4种养殖扇贝的群体遗传多样性及特异性AFLP标记研究 总被引：29，自引：2，他引：27
应用AFLP技术对我国4种主要养殖扇贝进行了遗传分析.虾夷扇贝、海湾扇贝、华贵栉孔扇贝、栉孔扇贝4种养殖扇贝群体中,种内遗传相似度依次分别为0.841 5,0.786 3,0.719 0和0.673 1,香侬氏指数分别为43.52,58.87,80.16和92.83,栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传多样性水平明显高于海湾扇贝和虾夷扇贝;AFLP标记共享位点分布表明,在4种扇贝中栉孔扇贝与华贵栉孔扇贝之间的共享位点最多,同时4种扇贝的种间遗传相似度也以栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝之间为最高(0.769 5),海湾扇贝和虾夷扇贝之间为最低(0.662 6),揭示所研究的几种扇贝中栉孔扇贝和华贵栉孔扇贝的遗传关系最近(遗传距离为0.262 1);找到了21个种内特异性AFLP标记和种间共享标记,可用于种质鉴定和分子辅助分类. 相似文献
14.
鲢、草鱼是传统池塘养殖的四大家鱼的2个重要成员,其遗传资源评估与管理、性状遗传基础研究、功能基因从头克隆等迫切需要序列已知标记连锁图谱工具。本研究将已有鲢连锁图谱新整合53个草鱼微卫星DNA标记和28个鲢InDel-RFLP标记,构建了鲢已知序列标记连锁图谱,标记数326个,达到中等密度水平。构建的图谱将为鲢、鳙资源评价和管理、性状遗传基础研究等提供工具。另外,本研究初步比较了鲢、草鱼间标记共线性排列,发现两物种染色体既存在共线性,也存在明显重排。 相似文献
15.
Seagrass beds degraded significantly since the last century on both, global and local scale. The seagrass species Enhalus acoroides (Linnaeus f.) Royle is a common species found in almost all marine ecosystems including bays, lagoons and around offshore islands in tropical regions of the West Pacific. It was shown that genetic diversity is an essential indicator of the conditions of ecosystems. In the present study, microsatellite markers were used to assess the genetic diversity and population structure of six distinct seagrass beds along the coast of the Khanh Hoa Province, Vietnam. The results indicate that the genetic diversity of the populations in the open sea is higher than in the lagoon. Seagrass beds occurring in disturbed sites show reduced genetic diversity. The fixing index value (FST) depicts a relatively high genetic structure among populations. Structure analysis clusters the populations into open sea and lagoon populations and cluster analysis and AMOVA indicate a significant difference between the two groups. There are low but non-significant positive correlations between geographic and genetic distances. The different habitats of the open sea and the lagoon are probably responsible for forming two groups. 相似文献