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1.
用RFLP(限制性片段长度多态性,Restriction fragment length polymorphism)技术研究了红鳍笛鲷Lutjanus erythropterus Bloch、紫红笛鲷Lutjanus argentimaculatus Forskal、勒氏笛鲷Lutja-nus russelli Bleeker和约氏笛鲷Lutjanus johni Bloch的遗传多样性关系,检测到4种笛鲷的分子标记。通过差速离心、核酸酶消化、苯酚抽提,从4种笛鲷肝脏组织中分离纯化线粒体DNA(mtDNA),用19种5到6碱基对的限制性内切酶进行单酶、双酶和部分酶切,琼脂糖凝胶电泳,进行了RFLP分析,构建了4种笛鲷mtDNA的物理图谱。红鳍笛鲷、紫红笛鲷、勒氏笛鲷和约氏笛鲷的mtDNA大小分别为17.36±0.09kb、17.58±0.08kb、17.50±0.18kb和17.56±0.12kb。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间平均mtDNA多态度π为0.106 2,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.130 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.151 5,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间平均mtD-NA多态度π为0.130 3,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.119 5,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间平均mtDNA多态度π为0.139 4。红鳍笛鲷和紫红笛鲷种群间净遗传距离Pnet为0.102 0,红鳍笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.128 5,红鳍笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.149 1,紫红笛鲷和勒氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.127 0,紫红笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.115 7,勒氏笛鲷和约氏笛鲷群体间净遗传距离Pnet为0.137 8。 相似文献
2.
利用从勒氏笛鲷Lutjanus russelli基因组文库中筛选得到37对微卫星引物对笛鲷属9个习见种红鳍笛鲷 L. erythropterus、紫红笛鲷L. argentimaculatus、星点笛鲷L. stellatus、约氏笛鲷L. johnii、千年笛鲷L. sebae、金带笛鲷L. fulvus、金焰笛鲷L. fulviflamma、画眉笛鲷L. vitta与奥氏笛鲷L. ophuysenii的微卫星位点进行筛选和分析.9个种都能检测到的微卫星位点有10个, 部分种能检测到的有13个.9种笛鲷Hardy-Weinberg平衡下的平均期望杂合度在0.730―1.000, 平均观测杂合度在0.716―0.915, 偏离指数(D)为-0.002― -0.214.微卫星位点杂合度的分析表明目前笛鲷属鱼类存在较高的遗传多样性水平.另发现9个种的笛鲷都出现了杂合子缺失的情况, 缺失的原因有待于进一步的研究予以解释. 相似文献
3.
应用RAPD技术对红鳍笛鲷(♀)、千年笛鲷(♂)和红鳍笛鲷(♀)×千年笛鲷(♂)子一代3个群体的RAPD扩增带谱进行了分析,并对杂交子代F1杂种优势进行了预测.从100个随机引物中筛选出35个扩增带丰富的引物进行扩增,共得到190条清晰稳定的扩增带,其中有176个扩增位点具有多态性,多态性位点比率为92.6%.红鳍笛鲷、F1、千年笛鲷3个群体的遗传相似性指数分别为0.831 9,0.726 3,0.916 8;Nei多样性指数分别为0.174 5,0.264 0,0.118 4;Shannon信息指数分别为0.256 4,0.384 5,0.171 2.红鳍笛鲷(♀)-F1,F1一千年笛鲷(♂),红鳍笛鲷(♀)一千年笛鲷(♂)的遗传距离分别为0.397 2,0.317 0,0.854 1.从相似性指数、Nei多样性指数和Shannon信息指数均显示F1代有杂种优势,并找到了种间特异性标记. 相似文献
4.
大亚湾紫红笛鲷野生群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：2，自引：1，他引：2
紫红笛鲷野生群体样品取自广东大亚湾海区,取背部肌肉,提取DNA,用RAPD技术检测遗传多样性。40个随机引物当中,有11个引物得到了条带清晰、位点较多且重复性好的电泳图谱。11个引物共得到76个条带,其中48个多态位点,多态位点比例为63.16%。平均遗传距离为0.2144。遗传多样性指数为0.1876。结果显示,大亚湾海区的紫红笛鲷具有较丰富的遗传多样性,工程建设以及人为捕捞等对紫红笛鲷的遗传结构影响不明显。在该海区进行紫红笛鲷的养殖,可以选择野生紫红笛鲷作为亲本培育种苗,但应该注意合理的保护,防止遗传多样性的丧失。 相似文献
5.
6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 总被引：10，自引：0，他引：10
采用聚合酶链式反应直接测序法，获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(L．stellatus)、千年笛鲷(L．sebae)、勒氏笛鲷(L．russelli)、红鳍笛鲷(L．erythropterus)5种笛鲷属鱼的线粒体细胞色素b(Cyt b)425bp序列，并结合基因库中的斜带笛鲷(L．decussatus)Cytb同源序列进行比较分析，共发现88个核苷酸位点存在变异(20．7％)。用MEGA2．1软件中的Pairwise distance工具计算了6种笛鲷属鱼类的相对遗传距离，表明6种笛鲷属鱼类的序列差异在0．096-0．129之间，其中红鳍笛鲷和紫红笛鲷序列差异最大为0．129，千年笛鲷与红鳍笛鲷的序列差异最小为0．096；序列变异的转换／颠换比值较低，平均只有2．160。 相似文献
6.
紫红笛鲷遗传多样性的AFLP分析 总被引：21，自引：1，他引：21
针对广东、海南省4个不同地方(阳江、湛江、榆林、琼海)网箱养殖的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)群体和在三亚采集的野生紫红笛鲷群体,利用AFLP分子标记技术分析我国南方养殖的紫红笛鲷的遗传多态性。最适合的AFLP引物组合是E AGC／M CAA,扩增出的AFLP特征位点为107,养殖样品扩增出的AFLP的带数在5474之间,野生样品扩增出的AFLP的带数为63,4个养殖点紫红笛鲷的多态性标记百分率都超过了40．00％,呈现一定程度的遗传多样性。总的来讲,4个养殖地的紫红笛鲷群体之间的遗传距离差异较小,但与野生群体的遗传距离相对较大,UPGMA聚类分析明显将养殖群体与野生群体分开,表明紫红笛鲷养殖群体已经与野生群体存在一定程度的遗传隔阂。 相似文献
7.
取红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterusBloch)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatusFor-skal)、勒氏笛鲷(Lutjanus russelliBleeker)和约氏笛鲷(Lutjanus johniBloch)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA,用限制性内切酶酶切进行了限制性片段长度多态性分析。在红鳍笛鲷共发现4种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.010 1,其mtDNA多态度为0.002 9。在紫红笛鲷共发现6种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.015 1,其mtDNA多态度为0.005 5。在勒氏笛鲷共发现3种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 6,其mtDNA多态度为0.001 2。在约氏笛鲷共发现5种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.008 3,其mtDNA多态度为0.002 0。 相似文献
8.
应用RAPD技术对红鳍笛鲷(♀)、千年笛鲷(♂)和红鳍笛鲷(♀)×千年笛鲷(♂)子一代3个群体的RAPD扩增带谱进行了分析,并对杂交子代F1杂种优势进行了预测。从100个随机引物中筛选出35个扩增带丰富的引物进行扩增,共得到190条清晰稳定的扩增带,其中有176个扩增位点具有多态性,多态性位点比率为92.6%。红鳍笛鲷、F1、千年笛鲷3个群体的遗传相似性指数分别为0.831 9,0.726 3,0.916 8;Nei多样性指数分别为0.174 5,0.264 0,0.118 4;Shannon信息指数分别为0.256 4,0.384 5,0.171 2。红鳍笛鲷(♀)-F1,F1-千年笛鲷(♂),红鳍笛鲷(♀)-千年笛鲷(♂)的遗传距离分别为0.397 2,0.317 0,0.854 1。从相似性指数、Nei多样性指数和Shannon信息指数均显示F1代有杂种优势,并找到了种间特异性标记。 相似文献
9.
AFLP技术在笛鲷的仔鱼鉴定及其分类学上的研究 总被引：24，自引：3，他引：21
以南沙群岛采获的勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)、黄笛鲷(Lutjanus lutjanus)、红笛鲷(Lut janus sanguineus)、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)、线纹笛鲷(Lutjanus lineolatus)、画眉笛鲷(Lutjanus vitta)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabarius)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)、约氏笛鲷(Lutjanus johni)、金带笛鲷(Lutjanus vaigiensis)11种笛鲷属的后期仔鱼为材料, 进行了基因组DNA的AFLP(扩增片段长度多态性)研究,通过笛鲷仔鱼和成鱼的AFLP电泳图谱的比较分析,将这11种笛鲷属的仔鱼成功分开.研究表明,最适合的AFLP引物组合是E+AGC/M+CAA,由这11种笛鲷共扩增出132 AFLP位点,每种笛鲷的AFLP条带数为43~69,在这11种笛鲷中,共享的AFLP条带数仅为7,同一种笛鲷仔鱼和成鱼AFLP遗传相似度在90%以上.根据这11种笛鲷的Nei遗传距离对Neighboring系统进行进化分析,并且与传统的笛鲷形态分类进行了比较.分子生物学可以阐释笛鲷属鱼类的系统进化和遗传亲缘关系,对传统形态分类学加以完善和补充. 相似文献
10.
对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。 相似文献
11.
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanuscampechanus）和勒氏笛鲷（L．russel—lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L．bengalensis）和四带笛鲷（三．kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析．结果表明：25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用．孟加拉笛鲷的湛江群体（zMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为：3．8889、4．1111、4．3333、4．2222;平均观测杂合度分别为：0．5833、0．6389、0．5944、0．6389;平均多态信息含量分别为：0．4720、0．4692、0．5474、0．5257．将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽旱对野生群体进行摸底调查。并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法． 相似文献
12.
13.
利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生翘嘴红鲌30个个体的遗传多样性.用10个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得66个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在200--2000bp之间,其中多态性位点24个,多态位点比例为36.36%;个体间遗传距离在0.0338-0.1426之间,平均为0.0941;Shannon信息指数为0.1083.用10个ISSR引物共检测到73个位点,其中多态性位点28个,多态位点比例38.36%;个体间遗传距离在0.0376-O.1652之间.平均为0.1058;Shannon信息指数为0.1196.结果显示,丹江口水库野生翘嘴红鲌的多态位点比例、平均遗传距离和Shannon信息指数均较大,说明其有较丰富的遗传多样性. 相似文献
14.
紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用常规 PCR 未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16543 bp 线粒体 DNA 全序列, GenBank 登录号为 JN182927.结合 GenBank 中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma 前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化. 相似文献
15.
牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析 总被引：33，自引：2，他引：33
利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。 相似文献
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用微卫星和APLP标记分析了中国刺参(♀)和日本红刺参(♂)杂交子一代的遗传特性。2对微卫星标记对两亲本及其杂交子代的分析结果表明,杂交子代的等位基因均来自两亲本,为真正的杂交种。8对AFLP引物共扩增出375个位点,其中多态位点265个,多态位点比例69.8%;238个位点在子代中发生分离,符合孟德尔分离规律的位点175个,其中母本69个,父本66个;偏离孟德尔分离的位点43个;异常分离位点20个。子一代与母本间的遗传距离为0.0391,小于其与父本之间的遗传距离(0.0999),表明杂交子代在遗传上与母本较近。 相似文献
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18.
采用AFLP技术方法,对福建二个野生及二个养殖大黄鱼群体进行了遗传多样性的研究.实验采用7对引物组合,在四个群体的120个个体中共扩增出472个位点,其中多态位点为220个,多态位点比例为46.61%.结果表明,大黄鱼养殖群体的遗传多样性降低:宁德野生群体和湄州野生群体多态位点比例分别为42.42%和45.14%,Nei遗传多样性指数分别为0.1046和0.1245,shannon多样性指数分别为0.1659和0.1942,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.4153和1.4428;宁德养殖群体和连江养殖群体多态位点比例分别为40.83%和40.53%,Nei遗传多样性指数分别为0.1027和0.1039,shannon多样性指数分别为0.1615和0.1633,平均有效等位基因数(Ne)分别为1.3919和1.3856.四个群体间遗传距离为0.0359-0.1465,平均为0.079,群体间基因流为1.0808. 相似文献
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利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,分析了丹江口水库野生赤眼鳟30个个体的遗传多样性。用11个RAPD引物对其基因组DNA进行扩增,共获得101个重复性好且谱带清晰的扩增位点,片段大小在100—3000bp之间,其中多态性位点63个,多态位点比例为62.38%;个体间遗传距离在0.1049—0.3417之间,平均为0.1742。用10个ISSR引物共检测到88个位点,其中多态性位点61个,多态位点比例为69.32%;个体间遗传距离在0.1088—0.3847之间,平均为0.1907。结果显示,丹江口水库野生赤眼鳟群体的多态位点比例和平均遗传距离均较大,说明其有较高的遗传多样性。 相似文献
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青岛裙带菜孢子体野生种群遗传多样性的AFLP分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用优化的基因组总DNA提取方法,按照经典的AFLP分析路线,对30株青岛近海野生裙带菜(Undaria pinnatifida)孢子体种群内遗传多样性进行了AFLP分析.利用1对引物扩增出38条清晰可重复的带,其中32条呈现多态性,多态位点比例为84.21%,根据引物扩增的指纹图谱,计算出的种群内部平均观测等位基因数(Na)为1.8421、平均有效等位基因数(Ne)为1.375 4、平均基因多样性指数,即Nei's基因多样性指数(H)为0.235 1,Shannon's 多样性信息指数(I)为0.368 4.该种群内遗传距离的分布范围从0.026 7～0.804 4,结果显示,野生种群内个体间各项遗传指数水平均较高,种群内遗传变异丰富.聚类分析表明,在遗传距离为0.21的阈值处,30个个体划分为2大类群,推测青岛野生裙带菜进化上在遗传距离为0.21时发生第一次分化. 相似文献