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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,(Z1)
通过对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)、牡蛎(Crassostrea gigas)和侏儒蛤(Mulimia lateralis)4种双壳贝类进行壳DNA提取实验,本研究提出一种适用于双壳类软体动物贝壳DNA提取方法。首先用EDTA(15%)脱钙液对贝壳进行预处理去除表面的杂质,经PBS缓冲液(4×)清洗后放入37℃烘箱30 min,称取重量为1 g的壳放入液氮中冷却后使用中通量组织研磨仪研磨成粉末,分装到2 mL离心管中,加入裂解液后在56℃、200 r/min条件下裂解3 h后,常温下12 000 r/min离心10 min得到上清液,加入无水乙醇和醋酸钠沉淀DNA。经微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳分析和全基因组重测序比对分析来评价提取到的基因组DNA质量,结果显示该方法可获得完整性好的高质量DNA。本研究提出的贝壳DNA提取方法操作简单、快速,且成本低,为双壳贝类的遗传分析提供了一种方法,本方法在贝类遗传学和分子育种研究中具有广阔的应用前景。 相似文献
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企鹅珍珠贝(Pteria penguin)是生产附壳珍珠的大型海水经济贝类,依靠强壮的足丝将自身固定在硬质基质上,抵抗水流的冲击和抵御被捕食。足丝分泌和形状易受环境影响,本实验研究了三种光-暗周期(全黑暗组、6h光-暗组、12h光-暗组)对企鹅珍珠贝足丝分泌、足丝直径和足丝拉力的影响。结果表明:光照条件下6h光-暗组和12h光-暗组企鹅珍珠贝足丝首次附着率和足丝分泌数量显著低于全黑暗组(P<0.05);光照条件下几乎不分泌足丝,光照严重抑制了足丝分泌,抑制率最高可达100%,恢复黑暗条件后企鹅珍珠贝重新分泌足丝,且分泌数量增加,最多每小时增加(1.94±1.00)根;不同光-暗周期条件下企鹅珍珠贝0~24h、24~48h、48~72h期间足丝首次附着率和足丝分泌数量无显著性差异(P>0.05)。全黑暗条件下足丝远端直径(0.45±0.09)mm和近端直径(0.38±0.09)mm存在显著性差异(P<0.05),足丝直径发生改变;但不同光-暗周期条件下,企鹅珍珠贝足丝远端、中端和近端直径无显著性差异(P>0.05)。全黑暗组、6h光-暗组、12h光-暗组中,企鹅珍珠贝单根足丝拉力分别为(3.40±2.76)N、(2.68±1.10)N、(3.86±2.05)N,三种光-暗周期条件下足丝的拉力无显著性差异(P>0.05)。综上,光照会显著抑制企鹅珍珠贝足丝的分泌,但一旦恢复黑暗条件,企鹅珍珠贝可重新分泌足丝,新足丝的拉力和直径不受影响;不同光-暗周期不会对企鹅珍珠贝的足丝附着、足丝直径和足丝拉力造成显著性影响。研究结果可以为企鹅珍珠贝的野外吊养和游离珠生产提供基础资料。 相似文献
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本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)为实验对象,研究了不同擦拭材料(棉签、滤纸)和不同擦拭部位(外套膜、鳃丝、内脏团)的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。 相似文献
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企鹅珍珠贝养成方式的初步研究 总被引：11，自引：0，他引：11
目前国内企鹅珍珠贝(Pteriapenguin)养殖尚不具规模,且都是沿用马氏珠母贝的养殖法[1]。作者在生产研究中发现企鹅珍珠贝中大贝足丝特别发达、粗壮,附着力特别强,用一般清贝刀很难将足丝切断,要将企鹅珍珠贝中大贝从养成笼(锥型笼)中取出,进行清洗换笼十分困难。为了改变这种局面,于1994年3月～1997年8月,作者在海南省陵水县湛江水产学院珍珠试验站进行了企鹅珍珠贝养成方式的初步研究。1 材料和方法1.1 试验贝取自湛江水产学院珍珠试验站人工养殖的企鹅珍珠贝。试验开始时贝龄0.5a,平均壳高6.4cm。一般认为企鹅珍珠贝幼苗下海养殖至壳高… 相似文献
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通过2种样品前处理方式和4种不同的DNA提取方法相结合,提取橘色刺柳珊瑚(Echinogoria aurantiaca)基因组DNA,并对其18S rRNA基因进行了克隆和测序。实验结果表明,对于2种样品前处理方式,采用纯酒精进行样品前处理比PBS(磷酸缓冲液)进行样品前处理效果要好。在4种不同的DNA提取方法中,以CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取基因组DNA效果最好,其余3种方法如PVP(聚乙烯基吡咯烷酮)法、高盐法和酚/氯仿法的提取效果较差。并且不同样品的钙质沉淀对DNA都有一定程度的吸附。最后,通过PCR扩增、克隆测序得到橘色刺柳珊瑚18S rRNA基因序列(AY962532)。BLAST软件进行序列比对表明橘色刺柳珊瑚与弱柳珊瑚(Leptogorgia chilensis)的18S rRNA基因(AF052928)同源性最高,为98.79%。 相似文献
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海绵标本长期、完整的保存是开展海绵分类学及分子进化研究的重要前提, 本研究以建立通用的海绵动物标本的保存方法及快速、完整的基因组DNA 提取方法为主要目的, 通过对硅质的山海绵(Mycale sp.)和钙质的白枝海绵(Leucosoleniidae sp.)为材料进行–20℃冰冻、乙醇固定、冰冻后风干和乙醇固定后风干等4 种保存方法进行研究, 同时采用酚-氯仿法、高盐法、CTAB 法等3 种基因组DNA提取方法, 测试了4 种保存方法的DNA 提取效率。实验结果显示, 海绵样品的4 种保存方法以及3 种DNA 提取方法对于硅质海绵以及钙质海绵虽然在提取的DNA 得率上有差异, 但都能获得较高纯度基因组DNA。从经济成本、方便性、潜在的污染等因素考虑, 高盐法是首选的提取海绵基因组DNA 的方法; 乙醇固定保存的海绵样品DNA 得率最高, 冰冻的海绵样品得率最低, 推荐采用乙醇固定保存海绵样品的方法。 相似文献
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针对1种典型的酸性、高有机质含量类型土壤-红树林土壤,从DNA产量、DNA纯度、土壤腐殖酸类物质的提取量以及DNA提取物PCR(polymerase chain reaction)扩增反应的敏感度等方面比较了不同提取缓冲液对土壤DNA品质的影响.结果表明,酸性SDS(sodium dodecyl sulfate)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量及纯度均较低;PVP (polyvinylpyrrolidone)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较高,但土壤腐殖酸类物质的提取量亦远高于其他提取缓冲液;酸性SDS提取缓冲液及PVP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物即使稀释到10-3量级亦不能获得目的基因PCR扩增条带.PVPP(polyvinylpolypyrrolidone)提取缓冲液及CTAB(cetyltrimethylammoniumbromide)+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较PVP提取缓冲液低,但其纯度较高,并且其纯度随提取缓冲液中PVPP浓度的升高而提高;当2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物分别稀释到10-2及10-1量级时,均能获得PCR扩增条带.综上所述,酸性提取缓冲液及PVP提取缓冲液不适用于酸性、高有机质含量类型土壤DNA的提取,而2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液均能提高此类土壤DNA的提取品质. 相似文献
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通过对CTAB法、SDS法和植物基因组提取试剂盒3种方法提取江蓠Gracilaria总DNA的得率比较,并将得到的总DNA用于限制性酶切和PCR扩增反应进行纯度检测,选择出适合江蓠属总DNA的提取方法,建立了江蓠RAPD、ISSR和ITS等遗传多样性和系统学研究的分子生物学方法.实验结果表明,SDS法和植物基因组提取试剂盒均适用于江蓠总DNA的提取;其中SDS法适用于新鲜和冰冻材料的总DNA提取,不仅得率和纯度高,且方法稳定性好,提取时间较短,在本实验中是江蓠总DNA提取的最佳方法.植物基因组提取试剂盒的得率低,但质量好,操作快速简便,适用于大量新鲜样本总DNA的提取.CTAB法由于相对耗时长且产物稳定性差,不推荐在江蓠中使用. 相似文献
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对有孔虫的DNA进行有效保存及提取是开展有孔虫分子鉴定工作的前提。本研究以探索适合玻璃质壳类底栖有孔虫的DNA保存及提取方法为目的,以中国近海优势属——玻璃质类底栖有孔虫卷转虫属(Ammonia spp.)为模式生物,考察不同温度(20—120°C,间隔10°C)烘干、冷冻(–20°C、–80°C,有水、无水)以及脱氧胆酸钠裂解液(Na deoxycholate,简称DOC)处理(含和不含EDTA)保存有孔虫DNA方法,同时进行了DOC裂解液法和Guanidine裂解液法对Ammonia spp.DNA提取效能的比较。结果显示,烘干保存法中20°C组和30°C组显著优于40°C组(P0.05);冷冻保存法中无水组显著优于有水组(P0.05);DOC裂解液保存法各组间无显著差异(P0.05)。三种保存方法综合效果表现为冷冻组显著优于烘干组和裂解液组(P0.05);两种DNA提取方法的提取效果都很好,但DOC法更廉价且操作简便。本文给出了一套适用于玻璃质壳类有孔虫的DNA保存和提取的优化方案。 相似文献
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用氯化锂法从眼点拟微球藻(Nannochloropisis oculata)中提取DNA并对其提取条件进行了优化。新鲜藻细胞在提取液(0．6mol／L LiCl，0．8％Sakosyl，20mmol／L EDTA(pH8．0)，0．4％PVP，10mmol／L Tris-HCl(pH8．0)，5％β—巯基乙醇)中经过55℃温育30min，每mg鲜藻可提取20—40mg DNA，提取的DNA分子量在23kb左右，可用于PCR、限制性酶切等。 相似文献
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不同保存方法的大黄鱼肌肉样品基因组DNA提取及RAPD分析 总被引：14，自引：0，他引：14
以－20℃冷藏、70％（V／V）乙醇、含50mmol/dm^3 EDTA的70％（V／V）乙醇和10％（V／V）福尔马林保存等方法处理大黄鱼肌肉样品，进行了DNA的提取及RAPD分析，并与新鲜样品作了对照。实验结果表明，鲜活样品以及冷冻保存、70％（V／V）乙醇以及含50mmol/dm^3EDTA的70％（V／V）乙醇保存的样品均可得到高质量的DNA，大小在21kbp左右，含量为100μm/cm^3左右。而从10％（V／V）福尔马林保存样品也能提到DNA，但其DNA得率低，约10μg/cm^3。分别以上述提取的DNA为模板进行RAPD扩增，未见有明显的差异。 相似文献
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探索优化研磨条斑紫菜叶状体提取DNA的条件,建立一套简单、快速、高效的高通量研磨破碎方法。钢珠研磨80s时的破碎效果与液氮研磨破碎效果相近,因此选用80s作为研磨时间。利用2种样品材料(干燥和新鲜)、4种研磨介质(钢珠Φ2.3mm、陶瓷珠Φ1mm、石英砂0.270~0.707mm和玻璃珠Φ0.5mm)、3个研磨介质体积梯度(0.1、0.2和0.3mL)设计研磨实验。结果发现,钢珠的破碎效果最好,玻璃珠的破碎效果最差;石英砂和玻璃珠组研磨干燥材料所得DNA完整性最好,4种研磨介质研磨新鲜材料所得DNA出现了降解,钢珠和陶瓷珠研磨干燥材料所得DNA降解最严重;研磨介质的体积对样品的破碎程度、DNA得率和DNA质量没有显著性影响;4种研磨介质研磨干燥和新鲜材料所提DNA的纯度均较高。80s的研磨实验中显示,钢珠组能有效的破碎干燥和新鲜材料,获得DNA的纯度和得率都比较高,但是DNA出现了降解。在此基础上设置了0.2mL钢珠研磨干燥和新鲜材料5~40s的时间梯度。实验结果显示,钢珠在5~40s时均能有效的破碎干燥、新鲜2种样品材料。干燥材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率随着研磨时间的延长有所增加,DNA质量较好,且能用于限制性内切酶酶切实验;新鲜材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率没有显著性差异,DNA质量较好,也能用于限制性内切酶酶切实验。所以本文认为破碎干燥和新鲜2种样品材料制备高质量条斑紫菜DNA的最佳条件为:研磨介质为0.2mL钢珠、研磨速度为6 800r/min、研磨时间为5s。 相似文献
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采用化学裂解和酶解相结合的方法，进行了深海沉积物中微量DNA的提取，并采用DNA吸附树脂进行纯化。结果表明，该方法能有效地去除沉积物中的腐殖酸等抑制剂，每克湿重沉积物样品可得到DNA约16μg，回收率可达95％，所得到的DNA分子片段均在23kb左右，纯化后的DNA可直接应用于各种分子生物学操作。利用细菌16SrDNA通用引物对所提取的深海沉积物DNA进行了PCR—RRJ及系统发育分析，各主要细菌类群均能检出，证实该方法可以应用于深海等极端环境中微生物的多样性调查、系统发育分析以及特殊功能基因的筛选，同时还可应用于环境样品中生物量的半定量估计。 相似文献