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1.
以三江平原狭叶甜茅(Glyceriaspiculosa)为研究对象,选取3个不同群落类型:狭叶甜茅优势种群落、狭叶甜茅和毛苔草(Carexlasiocarpa)为共建种的群落以及狭叶甜茅为主要伴生种的群落,共45个材料进行了ISSR分子标记分析。结果从41个引物中筛选出7个有效引物,扩增出80条清晰条带,平均每个引物扩增了11.4条带,其中70个位点是多态的,总的多态位点比率为87.5%,表明被测材料间ISSR标记多态性较高。利用Popgen(version1.32)软件分析了扩增结果,并得到了狭叶甜茅不同群落类型的遗传距离、遗传一致度、Nei和Shannon信息指数等遗传特征。结果表明,对于一个物种来说,当地理距离太近不能成为影响其遗传多样性水平的因素时,其构成的种群在群落中的地位将是影响遗传多样性水平的主要因素之一。 相似文献
2.
不同海拔区兰州百合(Lilium davidii.var.unicolor)栽培群体遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：0
《中国沙漠》2016,(4)
为了研究不同海拔区兰州百合(Lilium davidii.var.unicolor)栽培群体的遗传多样性和遗传分化,应用ISSR技术,用8条ISSR引物对甘肃七道梁4个海拔区兰州百合栽培群体共175个个体进行扩增,共扩增出59条带,其中多态性条带为51条。结果显示:(1)兰州百合栽培群体在物种水平遗传多样性较高,物种水平上PPF=86.44%,h=0.2163,I=0.3413;(2)兰州百合栽培群体间遗传相似很高,4个栽培群体间的遗传一致度0.9860~0.9951;遗传分化系数均值Gst=0.113,栽培群体间变异占总变异的11.3%,群体内变异占总变异的88.7%,基于Gst的判定结果表明,各栽培群体遗传分化中等;(3)基于Gst值估算基因流Nm=3.9247,选择以及迁移是影响各栽培群体间Nm、群体遗传平衡、种群间遗传结构分化的主要因素。 相似文献
3.
内蒙古中西部草原区五种针茅的遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用RAPD（Random Amplified Polymorphism DNA, RAPD）分子标记技术,对内蒙古中西部草原区16个不同地理种群的五种针茅的遗传多样性及其种间关系进行了研究。从102个10碱基随机引物中筛选出28个有效引物,共扩增出389条带,多态性条带345条,占88.69%,说明针茅属植物具有丰富的遗传多样性,对环境的适应能力较强,PCA分析表明水热成为其地理分布的决定性因素。依据五种针茅的Jaccard相似系数所做的UPGMA聚类分析表明,大针茅和克氏针茅之间的遗传距离比较小聚为一类,它们与本氏针茅、短花针茅和小针茅间的遗传距离都比较大。 相似文献
4.
《中国沙漠》2018,(6)
采用EST-SSR分子标记,对来自7个主要栽培区的兰州百合(Lilium davidii var.willmottiae)种质资源进行遗传多样性分析。结果显示:(1)兰州百合在物种水平上具有较高的遗传多样性,多态性位点百分率(PPB) 90.91%,Nei’s遗传多样性指数(H) 0.3256,Shannon’s遗传多样性信息指数(I) 0.4875;各栽培居群遗传多样性为西果园榆中魏岭阿干黄峪金沟永靖。(2)兰州百合栽培群体基因分化度Gst为0.2395,基因流(Nm)为1.5876,各栽培居群间遗传分化水平低,遗传差异主要存在于居群内。(3)兰州百合种质材料69个采样点的聚类结果显示,84.05%的材料都聚合到一个类群,这与STRUCTURE遗传结构分析的结果一致,说明兰州百合种质资源的遗传基础相对狭窄。兰州百合种质资源的遗传多样性主要由小部分种质的遗传变异引起,收集研究这些稀有特异种质,将为兰州百合育种改良及优异基因发掘提供重要参考。 相似文献
5.
崔文娟林玉红石有太欧巧明罗俊杰 《中国沙漠》2018,(6):1267-1274
采用EST-SSR分子标记,对来自7个主要栽培区的兰州百合(Lilium davidii var.willmottiae)种质资源进行遗传多样性分析。结果显示:(1)兰州百合在物种水平上具有较高的遗传多样性,多态性位点百分率(PPB) 90.91%,Nei’s遗传多样性指数(H) 0.3256,Shannon’s遗传多样性信息指数(I) 0.4875;各栽培居群遗传多样性为西果园>榆中>魏岭>阿干>黄峪>金沟>永靖。(2)兰州百合栽培群体基因分化度Gst为0.2395,基因流(Nm)为1.5876,各栽培居群间遗传分化水平低,遗传差异主要存在于居群内。(3)兰州百合种质材料69个采样点的聚类结果显示,84.05%的材料都聚合到一个类群,这与STRUCTURE遗传结构分析的结果一致,说明兰州百合种质资源的遗传基础相对狭窄。兰州百合种质资源的遗传多样性主要由小部分种质的遗传变异引起,收集研究这些稀有特异种质,将为兰州百合育种改良及优异基因发掘提供重要参考。 相似文献
6.
利用ISSR分析获得的数据,研究了依据Nei & Li、SM和Jaccard遗传距离,采用UPGMA聚类法进行逐步聚类筛选核心种质的效果,并最终采用SM遗传距离逐步聚类从175份兰州百合种质中筛选出了37份核心种质。保留了初始种质21.14%的样品,多态性位点数、多态性位点百分率、Nei's遗传多样性指数和Shannon's信息指数的保留率分别为96.08%、96.59%、105.27%、103.62%,t检验表明核心种质的Nei's遗传多样性指数和Shannon's信息指数与原种质没有显著差异,表明构建的核心种质能很好的代表原始种质的遗传多样性。 相似文献
7.
运用空间自相关分析,对我国西北地区28个红砂种群的60个ISSR位点进行空间分布的研究,从14个ISSR引物扩增的多态位点中,选取基因频率在30％~70％之间的位点,根据等样对频率和等距离间隔的方法对红砂种群进行空间结构的分析。通过Moran’s I值显示:红砂种群的多数ISSR位点在种群间的分布缺乏一定的空间结构,为随机分布,少数ISSR位点表现出微弱的空间结构,红砂种群总体的空间结构为随机分布。红砂种群遗传变异空间模式的形成是基因流、自然选择、种群隔离以及物种扩散特性综合作用的结果。对红砂种群的空间结构分析能有助于进一步探讨红砂随机大种群的进化与生态过程,为以后的保护工作提供科学依据。 相似文献
8.
《中国沙漠》2016,(2)
采用磁珠富集法构建了红砂(Reaumuria soongarica)基因组微卫星富集文库,通过测序结果对文库的特性进行了分析。结果表明:在获得的13 922条微卫星序列中完美型占88%,非完美型10%,混合型2%。微卫星重复基元显示5种类型,以三碱基基元(GGT)n、(TGG)n、(ACC)n最多,占总数的60.7%;其次为二碱基基元,主要是(AC)n、(GT)n、(CA)n,占38.6%;这5种微卫星重复基元的重复次数多集中在5~10。通过对随机挑选的100条微卫星序列设计引物,并以遗传距离和地理距离较远个体的基因组为模板进行扩增筛选,可有效扩增的引物为62对,并进一步测序筛选获得了12对多态性微卫星引物。磁珠富集法是开发红砂基因组微卫星序列的一种高效、可行的方法,构建的微卫星文库效率较高,富集量大,重复基元类型丰富,为红砂遗传进化和种质资源保护提供了可靠的数据支持和高效的分子遗传标记。 相似文献
9.
锦鸡儿属植物的遗传多样性及其种间关系 总被引：10，自引：3，他引：7
利用RAPD技术,对甘肃省自然分布的11种锦鸡儿属(CaraganaFabr.)植物的遗传多样性及其种间关系进行了研究。从34个10碱基随机引物中筛选出能产生稳定多态性标记的引物11个,共扩增出128个位点,主要集中在200~2000bp之间,其中104个表现出多态性,多态性比率高达81.25%;根据POPGENE32软件计算的Shannon多样性指数与Nei指数也较高,分别为0.3889和0.2517。说明锦鸡儿属植物具有丰富的遗传多样性,对环境变化的适应能力较强。应用UPGMA法进行聚类分析,结果表明,RAPD分析所反映的种间遗传关系与传统的形态学分类结果基本一致,但也有个别种的从属地位稍有变化。这说明还需要将分子标记的研究结果与形态学和其他方法结合起来进一步进行研究。 相似文献
10.
《资源与生态学报(英文版)》2020,(5)
利用SSR(简单重复序列)标记研究红椿分布区天然居群的遗传多样性,为红椿种质资源的保护和开发提供理论依据。本文筛选7对SSR引物,分析了湖北等5省(区)24个居群的192份红椿种质的遗传多样性,利用Data Formater、Popgene、NTSYS、TFPGA等软件进行遗传数据转换、遗传参数估算、树状聚类图和遗传变异分析。结果显示:(1)7对引物共检测到17个等位基因(N_a),平均每个引物为2.2602个,其中引物S11和S422检测到的等位基因数最多,均为4个。Nei's遗传多样性指数均值(H)为0.4909,Shannon信息指数均值(I)为0.7321,多态信息含量(PIC)平均值为0.5182;平均期望杂合度(H_e)和观测杂合度(H_o)分别为0.1055和0.4956。居群Nei's遗传距离介于0.000–2.635之间,均值为0.548;居群遗传多样性平均水平(H=0.1044)低于物种水平(H=0.4909)。(2)居群遗传分化系数(F_(st))介于0.2374–0.9148,平均为0.7727;居群基因流(N_m)均值为0.0735,表示居群间遗传交流水平低,遗传变异主要来自居群内。(3)在遗传一致度为0.99时,24个居群UPGMA聚类为3大群组:贵州和广西居群聚为一组,湖南聚类为1组;湖北聚类为1组。Mantel检验结果显示居群间的遗传距离与地理距离间呈现显著相关性(r=0.6318,P=0.0090.05)。红椿居群遗传多样性处于偏低水平,地理隔离是红椿种源间产生遗传分化的重要的原因。进行红椿种质资源保护时,应侧重选育群体遗传多样性最高的居群(如P14);遗传多样性低的居群,应就地保护与迁地保护相结合,综合生态和用材目标,最大化保存和利用好红椿的多样性。 相似文献
11.
《中国沙漠》2017,(3)
对位于准噶尔盆地及腾格里沙漠的荒漠植物梭梭(Haloxylon ammodendron)的10个居群进行Trn L-F序列测定与分析,从分子水平上研究梭梭居群的系统发育关系。分别进行序列测定与分析,建立遗传距离矩阵,构建系统发育树。结果表明:经排序两端切平后序列长度961 bp,(G+C)%含量30.01%~33.37%,当空位作为缺失处理时,产物有452个可变信息位点、393个保守位点。梭梭居群的遗传距离0.001~2.311。整个系统树分3支,福海和富蕴的居群以90%的自展支持率聚为第1支,大叶藜(Chenopodium hybridum)等3种藜科植物作为系统发育树的外类群,为系统发育树的第2支,其余的梭梭居群聚为第3支。 相似文献
12.
沙冬青根瘤菌结瘤基因nodA PCR-RFLP分析 总被引：2，自引：2，他引：0
利用结瘤基因nodA PCR-RFLP和nodA PCR产物序列分析技术,对36株分离自沙冬青根瘤菌菌株的共同结瘤基因nodA进行了遗传类型和系统发育关系分析。试验结果表明,36株根瘤菌nodA PCR-RFLP分析显示在80%的相似水平上聚为两个类群5个亚群;选取不同基因型代表菌株的nodA进行序列测定和系统发育关系分析表明,测试菌株CCNWNX0117、CCNWNX0068、CCNWNX0083、CCNWNX0062、CCNWNX0058与中慢生根瘤菌聚在一起,系统发育地位相近;测试菌株CCNWNX0089、CCNWNX0081、CCNWNX0064与中华根瘤菌聚在一起,有较高的序列相似性。本研究中nodA基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌nodA基因遗传多样性较高,宿主结瘤范围较宽。 相似文献
13.
3种典型荒漠灌木内生固氮菌及固氮酶基因nifH多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
具有特殊生境的内生固氮菌,对改善植物营养、增强植物抗逆性及群落稳定性具有重要作用,是一类潜力巨大、尚待开发的微生物资源。以新疆3种典型荒漠灌木多枝柽柳（Tamarix ramosissima）、黑果枸杞（Lycium ruthenicum）、盐穗木（Halostachys caspica）为材料,从根和枝条组织中分离筛选获得137个内生固氮菌菌株,采用16S rDNA PCR-RFLP、16S rDNA序列测定、BOXAIR-PCR指纹图谱、nifH PCR-RFLP等方法分析其遗传多样性及系统发育关系。结果表明：分离菌株经16SrDNA PCR-RFLP酶切图谱聚类划分为9个遗传类型。序列测定和系统发育分析显示,代表菌株分属于拉恩氏菌属（Rahnella）、假单胞菌属（Pseudomonas）、泛菌属（Pantoea）、芽孢杆菌属（Bacillus）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）和申氏杆菌属（Shinella）,其中Rahnella为优势种群。一个测定菌株的16SrDNA序列同源性低于97%,提示可能为一个潜在的新种。BOXAIR-PCR分析优势种群的基因组结构特征,获得12种指纹图谱类型,显示出该种群具有丰富的基因组多样性。nifH PCR-RFLP分析分离内生固氮菌菌株固氮酶基因nifH的分子多态性,将其划分为3种基因型,体现了nifH具有高度保守性,同时在不同固氮微生物种群和菌株间也存在一定的多样性。研究结果丰富了固氮微生物物种资源库和基因库,对于内生固氮菌资源的保护和利用奠定了科学基础。 相似文献
14.
互花米草(Spartina alternifora)自1990年被引种到黄河三角洲后,快速扩张,已经威胁了该地区潮间带的生态安全。研究黄河三角洲互花米草群体的遗传变异,拟从遗传进化角度了解其扩散机制,以期为防控和管理互花米草扩张提供科学依据。利用了13对微卫星分子标记,对黄河三角洲4个互花米草群体(群体1~群体4的位置分别在一千二、大汶流、五号桩、黄河口)中共160个个体进行了遗传多样性和遗传结构分析。研究结果表明,黄河三角洲互花米草具有较高的遗传多样性,每个位点平均观察等位基因数(Na)为(7.385±2.256),平均有效等位基因数(Ne)为(3.636±1.102),Nei’s基因多样性指数为(0.700±0.094),Shannon信息指数为(1.453±0.343),多态位点百分率为100%。群体1的Na、Ne、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数都最小,而其它3个群体的遗传多样性水平相似。但是,4个群体间存在中等的遗传分化(群体分化率Fst=0.121),群体间总的基因流也处于中等水平(Nm=1.825)。群体1、群体2和群体3之间的遗传一致度最高,而群体4和其它3个群体间的遗传一致度都比较低。已知群体3是黄河三角洲唯一被引种的互花米草群体,是扩散的源头,根据4个群体的遗传结构,本研究推测互花米草先从群体3扩散到群体4,再从群体3扩散到群体1和群体2,扩散顺序与地理距离不相关,说明互花米草的种子通过海水传播可以实现跳跃式长距离扩散。因此,研制和施用环境友好型药物,使互花米草种子败育,可能是控制互花米草入侵的一种途径。 相似文献
15.
极地海区浮游动物对全球气候变化的响应极其敏感,其群落结构已成为研究全球变化对海洋生态系统影响的重要指标,而DNA条形码则是浮游动物种类鉴定的有效工具。采用线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基编码基因(mtCOI)特异扩增测序的方法,分析了南大洋32种常见浮游动物的94条DNA条形码序列,其长度分布在830碱基到1050碱基之间。发现南极常见浮游动物种内遗传差异均值为0.67%,分布在0—2.6%之间;同属近源种间遗传差异均值为14.3%,分布在0.1%—29.3%之间。哲水蚤属的近缘哲水蚤(Calanus propinquus)和C.simillimus遗传相似度非常高。考虑到上述两者在形态和遗传上的相似性,本研究认为两种可能为同种异名,有待开展深入研究确认C.simillimus种的地位。除了哲水蚤属的两种外,所有样品种内、种间遗传差异显著,且同种的不同样品都聚到一起形成单系群。结果表明mtCOI序列可以作为DNA条形码实现南极浮游动物常见种的准确鉴定(水母和海樽等胶质浮游动物的有效性未验证)。以上结果也得到了示踪向量分析的证实。本研究新增的DNA条形码数据以及新提供的兼并引物必将推动南极浮游动物环境样品的宏基因组学研究。 相似文献
16.
《干旱区地理》2016,(1)
采用纯培养、结合核糖体DNA扩增片段限制性酶切分析(16S r DNA PCR-RFLP)、RepPCR及16S r DNA序列测定和系统发育分析方法研究塔吉克斯坦哈特隆州土壤可培养细菌群落结构和种群多样性。从哈特隆州的农田、天然草地、林地及荒漠土壤中分离获得110个菌株,分布在厚壁菌门(Firmicutes)(80.9%)、变形杆菌门(Proteobacteria)(17.2%)和放线菌门(Actinobacteria)(1.85%)三个类群中,归属于芽孢杆菌(Bacillus)、寡养单胞菌(Stenotrophomonas)、短杆菌(Brevibacterium)、节杆菌(Arthrobacter)、棍状杆菌(Clavibacter)、短波单胞菌(Brevundimonas)、贪食菌(Variovorax)、假单胞杆菌(Pseudomonas)、芽孢八叠球菌(Sporosarcina)、赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus)、无色杆菌属(Achromobacter)和Rheinheimera共12个属中。其中Bacillus(71.8%)为该地区土壤可培养细菌绝对优势种群,Pseudomonas(10.9%)为次优势种群。对优势种群Bacillus的Rep-PCR基因组指纹图分析表明,63株分离物有17种不同的多态性指纹图谱,具有较为丰富的多样性特征。不同样地土壤中可培养细菌的种群分布、结构组成及多样性存在明显差异,与土壤环境密切相关。Shannon多样性指数、Simpson优势度和Pielou均匀度指数与土壤有机质、全氮、碱解氮及含水量呈显著正相关(p0.05)。土壤速效钾含量也是显著影响细菌Shannon多样性、Simpson优势度的重要因素。研究不仅为后期功能菌株的筛选提供了基础,也为塔国不同土地利用方式下土壤环境评价提供了依据。 相似文献
17.
《湿地科学与管理》2019,(4):39-43
通过资料收集和野外实地调查湖南省重要涉水生态敏感区的类型、面积、河长和空间分布等基本情况,基于Arcgis软件构建湖南省涉水生态敏感区数据库,对湖南省涉水生态敏感区进行统计分析。结果表明:湖南省涉水生态敏感区共166个,其中国家级水产种质保护区和国家级湿地公园数量分别占全省涉水生态敏感区总数的20%和17%;湘江、沅江和澧水涉水生态敏感区河长分别为2 053.8 km、1 542.84 km、1 301.27 km,分别占全省涉水生态敏感区总河长的33.38%、25.07%和21.15%。国家级水产种质资源保护区总面积3 126.65 km~2,涉及河长2 108.8 km,主要保护对象33种,其中沅江特有鱼类国家级水产种质资源保护区(沅水鲮)、澧水源特有鱼类国家级水产种资源保护区(大眼鳜、长吻鳜、鲁氏鳜、长须黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼、光泽黄颡鱼等)和浏阳河特有鱼类国家级水产种质资源保护区(花?)具有地域特有性。目前,湖南省已形成多类型、多层次的生态敏感区保护体系,对长江流域乃至我国生态资源保护具有重要独特作用。 相似文献
18.
实验使用hiTAIL-PCR（high-efficiency thermal asymmetric interlaced PCR,高效热不对称交错PCR）方法,从海单胞菌Marinomonas sp. BSi20584中克隆β-半乳糖苷酶基因。从GenBank注册的已知β-半乳糖苷酶氨基酸序列出发,设计引物克隆编码β-半乳糖苷酶保守片段的DAN序列;根据Marinomonas sp. BSi20584天然酶N端氨基酸残基测序结果,设计上游引物,保守DNA片段5’端设计下游引物,克隆N端到保守序列之间的DNA片段;将所得的2个DNA片段拼接并命名拼接后的片段为nbs。根据hiTAIL-PCR方法设计引物,染色体步移克隆nbs上下游片段,拼接上下游片段得到全长序列,设计引物扩增全长片段并测序。本文成功克隆了Marinomonas sp. BSi20584菌株β-半乳糖苷酶的编码基因,全长1 971 bp,NCBI比对表明其编码产物为GH-42家族的一个新成员。 相似文献
19.
黑戈壁区域具有干旱、强辐射等极端环境条件，鲜有人类踪迹，相关生物学研究报道较少，其中微生物研究未见报道。本研究首次针对黑戈壁生态系统中微生物分布特征开展研究，对河西走廊黑戈壁生态系统中不同生境土壤样品进行可培养细菌分离。结果表明：河西走廊黑戈壁生态系统中每克土壤可培养细菌数量（CFU）为2.3×104~1.49×106，不同生境土壤的可培养细菌具有明显差异，可培养细菌主要富集于石下生境，黑戈壁中砾石下为微生物提供了相对较适宜的生境；土壤总碳是影响黑戈壁土壤细菌数量的主要因素。结合16 S rRNA基因序列比对，分析共鉴定可培养细菌118株菌株，菌株主要归类于放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和异常球菌-栖热门(Deinococcus-Thermus)4个类群，其中放线菌门和厚壁菌门是优势门；芽孢杆菌属（Bacillus）、链霉菌属（Streptomyces）是优势属，10株细菌菌株为潜在新种。从分离菌株中筛选出了多株抗辐射活性较高的菌株，其中7株活性显著高于阳性对照耐辐射奇球菌（Deinocccus radiodurans），为进一步筛选研究细菌抗辐射机制及抗辐射活性物质提供菌株资源。 相似文献
20.
结合低温纯培养手段、核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析技术和克隆测序,研究了若尔盖高原泥炭沼泽土中可培养菌的多样性、系统发育和产低温酶特性。从3块采样地的土样中分离到47株表型各不相同的菌株。16S rRNA测序和系统发育分析结果表明,若尔盖高原泥炭沼泽土的可培养低温菌高度相似于分离自极地、高山冻土和冰川等低温环境的嗜冷菌。47株菌分属于4个不同的群,包括高GC含量群、低GC含量群、Beta和Gama变形菌纲等。革兰氏阳性菌以节杆菌属(Arthrobacter)为主,而革兰氏阴性菌以假单胞菌属(Pseudomonas)为主。其他的细菌分属于微小杆菌属(Exiguobacterium)、芽孢八叠球菌属(Sporosarcina)、贪噬菌属(Variovorax)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)等不同的类群。产低温酶分析结果表明,在分离到的47株菌中,大多数菌株都能分泌纤维素降解酶,50%以上的菌株具有蛋白酶活性,而以节杆菌的胞外酶产生能力最强。若尔盖高原泥炭沼泽土中存在丰富的低温菌类群,在酶学生物技术上具有潜在应用价值。 相似文献