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1.
以免疫两周的剑尾鱼为材料，提取脾脏总RNA，通过逆转录一聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增出分泌型免疫球蛋白M（secretory immunoglobulin M，sIgM）重链基因的核心序列，再应用3’和5’快速扩增cDNA末端（RACE）方法扩增其末端序列，拼接后获得剑尾鱼sIgM重链全长cDNA序列。全长序列含有免疫球蛋白的信号序列：FKCIANH，得到的5个可变区序列可能来源于4个不同的VH家族。经用半定量RT-PCR分析sIgM在脾脏和头肾的表达变化，初步认为利用剑尾鱼头肾sIgM的mRNA表达变化替代检测血清抗体效价具有可能性。 相似文献
2.
《广东海洋大学学报》2019,(4)
【目的】研究马氏珠母贝(Pinctada martensii)β2肾上腺素能受体(Pmβ2AR)的生物学功能。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得Pmβ2AR基因的cDNA的全长序列并对其序列特征进行分析,实时荧光定量技术(q RT-PCR)检测马氏珠母贝不同组织中β2AR基因m RNA的表达水平。【结果与结论】Pmβ2AR的cDNA全长2 426 bp,包括开放阅读框(ORF)2 091 bp,编码696个氨基酸,5′UTR长144 bp,3′UTR长191bp,预测分子质量79.0 ku,理论等电点9.18,多重序列比对结果发现β2AR在不同物种间的保守性较高。软件分析结果显示Pmβ2AR的氨基酸序列具有7个典型的跨膜结构域。q RT-PCR结果表明,Pmβ2AR基因在各组织中均有表达,在鳃中表达量最高,在肝胰腺和性腺中表达量也较高。 相似文献
3.
【目的】探究马氏珠母贝接头蛋白CIKS(PmCIKS)在马氏珠母贝免疫反应中的作用。【方法】采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得PmCIKS基因cDNA全长序列,运用生物信息学手段分析该序列,用实时荧光定量PCR(RT-PCR)技术检测PmCIKS基因在马氏珠母贝7个组织中的表达模式。【结果】PmCIKS基因cDNA全长为1 987 bp,其中5′UTR长为228 bp,3′UTR长为148 bp,包含24 bp的ploy A,开放阅读框(ORF)为1 611 bp,编码536个氨基酸,预测其分子质量约为61.3 ku,等电点为7.01。物种间CIKS有较高的保守性。PmCIKS在马氏珠母贝肝胰腺、性腺、闭壳肌、鳃、血细胞、外套膜和足中均有表达,其中在血细胞中表达量最高。 相似文献
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白细胞介素-1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)是一种参与机体先天性免疫和适应性免疫反应过程中的关键分子。采用RT-PCR和c DNA末端快速扩增(RACE-PCR)的方法从红笛鲷(Lutjanus sanguineus)头肾中克隆IRAK-4基因的c DNA全序列(登录号:KF279357)。该序列全长2 015 bp,包含5′非编码区(5′UTR)205 bp,3′非编码区(3′UTR)421 bp,开放阅读框(ORF)1 389 bp,编码462个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其蛋白分子质量为52.0 ku,理论等电点为5.19。氨基酸序列比对结果显示,红笛鲷IRKA-4基因氨基酸序列与其他物种的同源性为54.2%~85.7%。系统进化分析结果显示,红笛鲷与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)聚为一支,两者有较近的亲缘关系。用荧光定量PCR分析红笛鲷基因的组织表达差异,红笛鲷IRKA-4基因在各组织中均有不同程度的表达,其中在皮肤、肝脏和胃中表达量最高,其次是胸腺、鳃、心脏、肠、肌肉和脾脏,在头肾、后肾和脑的表达量最低。 相似文献
5.
白细胞介素6(IL-6)是一个多效的细胞因子,在机体免疫应答、急性期反应以及造血调控等过程中发挥着重要作用。以草鱼(Ctenopharyngodon idella)为研究对象,采用RT-PCR和Smart RACE技术克隆获得草鱼IL-6(CiIL-6)cDNA序列,CiIL-6的cDNA全长为1 145 bp,包含一个长为702 bp的开放阅读框,能编码233个氨基酸,预测CiIL-6的蛋白质分子质量为26.74 ku,等电点为8.72。其中5'和3'非编码区(UTR)分别为86 bp和357bp。氨基酸同源性分析显示,草鱼和斑马鱼(Danio rerio)的亲缘关系最近,它们的CiIL-6氨基酸同源性高达76%,而与其他物种的同源性均低于30%。RT-PCR的结果显示,CiIL-6在健康草鱼的胸腺、头肾和脾脏表达最高,而在鳃、胃和心脏中的表达量最低。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2020,(5)
【目的】探究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)Cullin-1(CUL1)基因在尼罗罗非鱼抵抗病原细菌过程中的作用。【方法】从尼罗罗非鱼脾脏组织中克隆Cullin-1基因(记为On-CUL1),对其进行生物信息学分析,应用实时荧光定量PCR技术分析On-CUL1在健康鱼胸腺、鳃、肝、脾、肠道、头肾、脑、肌肉、皮肤、血液组织,以及经无乳链球菌刺激后病鱼脾、肠道、头肾中的表达。【结果与结论】On-CUL1(GenBank登录号XM_003459470.5)编码区为2 331 bp,编码776个氨基酸,理论分子质量为89 ku,理论等电点为8.16。氨基酸序列分析显示,On-CUL1有1个高度保守的泛素样蛋白结构域CUL1 Nedd8(ubiquitin-like domain),N′端有一个的信号肽序列。系统进化树分析表明,On-CUL1序列与伯氏拟丽鱼(Haplochromisburtoni)CUL1相似性最高,为98.7%。q RT-PCR显示CUL1在健康尼罗罗非鱼各组织中均有表达,其中在头肾中表达量最高,其次是胸腺、脑、皮肤,在肠道中表达量最低。经无乳链球菌刺激后,On-CUL1表达量在脾脏和肠道中均显著上调,头肾、脾脏和肠道均在48h表达量最大。CUL1参与尼罗罗非鱼抵抗无乳链球菌过程中的免疫应答。 相似文献
7.
大口黑鲈抗菌肽hepcidin cDNA序列和结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以大口黑鲈为材料,提取肝脏总RNA,经RT-PCR扩增出hepcidin cDNA的开放阅读框(ORF)及3′端非编码区序列,应用5′RACE方法得到大口黑鲈hepcidin cDNA5′末端。将所获得的两个片段分别克隆到T载体后进行测序,并拼接成大口黑鲈hepcidin全长cDNA。序列分析表明:大口黑鲈hepcidin全长cDNA为564bp,含有一个258bp的ORF,编码86个氨基酸残基,由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分组成hepcidin前体。在前肽部分具有前肽转化酶典型的RX(K/R)R基元,成熟肽部分含有8个保守的半胱氨酸残基,可形成四个链内二硫桥,使β-折叠结构保持稳定。大口黑鲈Hepcidin与其他鱼类的同源性在29.7%~90.5%间,尤其是信号肽区域,与鳜、尼罗罗非鱼、真鲷、花鲈、黑鯛、金眼狼鲈仅有2~3个氨基酸的差别。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2017,(6)
利用RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)克隆技术从泰国斗鱼(Betta splendens)精巢中克隆抗缪勒氏管激素(Anti-Müllerian hormone,AMH)基因的c DNA序列,分析该基因序列与其他物种的差异,并用RT-PCR半定量方法分析其组织表达的性别差异。结果表明:泰国斗鱼AMH基因的cDNA序列全长为1 804 bp,其中开放读码框为1 596 bp,编码532个氨基酸残基,与其他物种的氨基酸序列差异较大,同源性最高仅55%;AMH前体蛋白的系统进化树显示,泰国斗鱼与尖吻鲈(Lates calcarifer)亲缘关系最近;AMH基因的组织表达有明显的组织特异性及性别差异,在性腺中表达量最高,雄性个体脑、脾和肌肉次之,垂体、肝、肾、心和肠中未检测到AMH表达,雌性个体脾、心脏和肌肉次之,脑、垂、肝和肾中未检测AMH表达。 相似文献
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用RT-PCR和RACE方法,从荷那龙罗非鱼(Oreochromis hornorum)垂体中克隆到生长激素促分泌素受体(GHSR)cDNA全序列。荷那龙罗非鱼GHSR基因具有GHSR-1a与GHSR-1b两个高度保守cDNA序列。GHSR-1a序列全长1 646 bp,包括225 bp的5′非编码区,266 bp的3′非编码区和1 155 bp的开放阅读框,编码384个氨基酸残基,具有7个跨膜结构域结构(transmembrane domains,TM);GHSR-1b序列全长1 877 bp,包括225 bp的5′非编码区,755 bp的3′非编码区和897 bp的开放阅读框,编码298个氨基酸残基,只具有前5个TM,在第6个TM的第4个氨基酸处开始缺失。将GHSR cDNA序列与基因组序列比较发现,这两种cDNA转录本来自同一个基因的不同变体。 相似文献
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【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)法尼酸甲基转移酶(FAMe T)基因,并分析其在各组织中的表达。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得马氏珠母贝FAMeT(PmFAMeT)基因的cDNA全长序列,利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PmFAMeT在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。【结果与结论】PmFAMeT包含5′非编码区120 bp,3′非编码区968 bp和开放阅读框(ORF)1 536 bp,编码511个氨基酸。序列分析表明,PmFAMeT含有信号肽序列和跨膜结构域,并有WSC结构域、TSP1结构域和2个Methyltransf_FA结构域。将推导的PmFAMeT氨基酸序列与其他物种的FAMeT序列进行比对发现,不同物种的Methyltransf_FA序列同源性较高。PmFAMeT在马氏珠母贝的各个组织中均有表达,且在边缘膜、肝胰腺和性腺中的表达量显著高于其他组织。 相似文献
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实时荧光定量PCR检测鳜IgM mRNA标准品质粒的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SYBR Green I荧光定量PCR技术,建立鳜IgM-DNA定量标准品的制备方法。从浸泡免疫后的鳜头肾中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定。将所得预期质粒梯度稀释后构建标准曲线并进行融解曲线分析。结果表明,当标准品的浓度在3.29×102～3.29×108拷贝/μL时,模板浓度与循环阈值(Ct)间的线性关系良好,相关系数r2达到0.999;融解曲线分析显示具特异的单个峰,表明扩增产物特异性非常好。此法制备的重组质粒标准品可用于对鳜IgM基因的转录水平进行测定。 相似文献
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李亚 《广东海洋大学学报》2011,(4)
通过绿僵菌属甘露糖6-磷酸异构酶基因保守核苷酸区域设计简并性引物,采用RT-PCR及RACE-PCR技术成功克隆了金龟子绿僵菌mpi基因cDNA序列。该基因cDNA序列全长为1 513 bp,开放阅读框长度为1 328 bp,共编码441氨基酸。BLAST分析发现该基因演绎的氨基酸序列与其它真菌同源性较高,蛋白结构分析表明MPI蛋白是较保守的蛋白磷酸酶结构特征,主要由α螺旋和不规则卷曲构成。 相似文献
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Defensin is one of preserved ancient host defensive materials formed in biological evolution. As a regulator and effector molecule, it is very important in animals' acquired immune system. This paper reports the defensin gene from the mixed liver and kidney cDNA library of abalone Haliotis discus hannai Ino. Sequence analysis shows that the gene sequence of full-length cDNA encodes 42 mature peptides (including six Cys), molecular weight of 4 323 Da, and pI of 8.02. Amino acid sequence homology analysis shows that the peptides are highly similar (70% in common) to other insects defensin. Because of a typical insect-defensin structural character of mature peptide in the secondary structure, the polypeptide named Haliotis discus defensin (hd-def), a novel of antimicrobial peptides, belongs to insects defensin subfamily. The RT-PCR result of Haliotis discus defensin shows that the gene can be expressed only in the hepatopancreas by Gram-negative and positive bacteria stimulation, which is ascribed to inducible expression. Therefore, it is revealed that the Haliotis discus defensin gene expression was related to the antibacterial infection of Haliotis discus hannai Ino. 相似文献
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应用Real-time PCR技术,研究脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)、苯酚、硫酸铜刺激红笛鲷(Lutjanussanguineus)后非特异性细胞毒性细胞受体(NCCRP-1)基因在不同组织里的表达差异。结果发现,LPS刺激红笛鲷24 h后NCCRP-1在红笛鲷头肾、脾脏、胸腺、肝脏、心脏、脑、肌肉和肠组织中均有表达,其中头肾表达量最高,脾脏次之,然后依次是肝脏、脑、肌肉、胸腺和肠,心脏表达量最少。LPS、苯酚和CuSO4刺激红笛鲷后,随着刺激时间的增长,NCCRP-1表达量在各组织达到峰值的时间不同。以头肾为模式组织,RT-PCR的结果显示,红笛鲷NCCRP-1在LPS、苯酚和CuSO4的刺激下的表达模式相似,随着时间的增加NCCRP-1表达量逐渐增加,分别在24、9、12 h处达到最高,达到对照组的52、30、24倍左右,之后表达量开始下降。免疫组织化学表明,NCCRP-1只在头肾、脾脏和胸腺的特定细胞中表达。 相似文献
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The full-length cDNA of a protease gene from a marine annelid Arenicola cristata was amplified through rapid amplifi-cation of cDNA ends technique and sequenced. The size of the cDNA was 936 bp in leng... 相似文献
19.
用RT-PCR方法从1个H5N1亚型禽流感病毒分离株A/Chicken/Guangdong/DH/1997扩增NA基因cDNA片段,将其克隆至pMD18-T载体,获得重组质粒pMD-NA,并对其核苷酸序列进行测定和分析。结果表明,该毒株的NA基因长度为1350bp,编码449个氨基酸,与其它H5N1亚型AIV分离株的核苷酸序列同源性为97.0%～99.4%,氨基酸序列同源性为97.7%～99.1%,提示禽流感病毒NA基因保守性较高。NA基因氨基酸序列的聚类分析表明该毒株与来自香港的A/Pheasant/HK/FY155/01和A/Ch/HK/FY150/01两个分离株处于同一进化枝,亲缘关系较近。 相似文献
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The t-SNARE protein SNAP-25 (synaptosome-associated protein of 25 kDa) plays an essential role in regulating fusion between the vesicle and plasma membranes during exocytosis. To clone and characterize SNAP-25 gene, the first step in the functional study of SNARE proteins in marine teleostean, was to obtain the cDNA of sea perch SNAP-25 (SPsn25) by RT-PCR and RACE-PCR amplification of a Japanese sea perch. The full-length cDNA of 831bp contains a CDS of 615 bp, coding 204 amino acid residues, and a 5′UTR of 219bp. Bioinformatic analysis revealed that SPsn25 corresponds with SNAP-25a isoform and shares 91.1% identity with SNAP-25a of a goldfish and a zebrafish. The SPsn25 expression in both mRNA and protein levels in the Japanese sea perch had been identified through semi-quantitative RT-PCR and Western Blot assay. Together, these data again confirmed the nerve tissue specificity of the fish SNAP-25 gene expression. 相似文献