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1.
《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】筛选(Pinctadamartensii)金黄壳色选育群体植核后免疫相关基因与代谢通路。【方法】利用转录组对植核前后马氏珠母贝的血细胞进行转录组建库及测序分析。【结果和结论】分别获得61.78×106和62.68×106个高质量转录组数据,且映射到参考基因组的平均映射率分别为70.16%和67.82%。与植核前相比,植核后分别有2 925个和3 097个基因显著上调和下调(差异倍数≥2,校正后P≤0.001),其中包括免疫相关基因凝集素、Toll样受体,热休克蛋白等。对差异基因进行GO分类分析,分为基因的分子功能、细胞组分、生物过程3个大类,并细分为11个子类别,其中结合和催化功能的基因较多。KEGG分类分析差异基因,可将基因参与的KEGG代谢通路分为6个分支,细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病(仅限动物)、代谢、有机系统。KEGG富集结果显示,差异表达基因显著富集到免疫相关通路胞质DNA感应途径、白细胞跨内皮迁移等免疫通路。 相似文献
2.
【目的】通过转录组测序分析雌激素(17β-Estradiol,E2)对雌性金钱鱼下丘脑中基因表达的影响。【方法】E2体注射后进行雌性金钱鱼下丘脑转录组测序,基因功能注释,差异基因筛选、鉴定,GO(Gene Ontology annotation)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测E2体注射后雌性金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。【结果】雌性金钱鱼下丘脑转录组测序共测得Clean reads为190909756,注释到17687个基因,筛选和鉴定了22个差异表达基因,包括prl、erf3α、pgr和cyp19a1b等11个表达上调基因和chsy1、muc17l、prf1和hla-α等11个下调基因。通过KEGG功能富集分析发现差异基因涉及13个代谢通路。转录组和qPCR结果显示,与对照雌鱼相比,E2注射组雌鱼下丘脑中prl、pgr、cyp19a1b和3β-HSDI的表达显著上调,而生长轴相关基因ghrh、sst1、sst3、sst5和sst6的表达未受影响。【结论】E2通过反馈作用调节下丘脑中部分性类固醇激素合成通路相关基因的表达,但不影响生长相关基因的表达。 相似文献
3.
【目的】研究雌激素相关受体(Estrogen-related receptor,ERR)在雌性罗氏沼虾生殖过程中的功能。【方法】通过注射双链RNA(Double-strandedRNA,dsRNA)干扰罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)ERR的表达,对干扰组和对照组的卵巢样本进行转录组测序,筛选与生殖相关的差异表达基因,并通过qPCR检测它们在卵巢发育过程中的表达。【结果】注射ERR-dsRNA后,卵巢中ERR mRNA和ERR蛋白的表达显著下降。ERR-dsRNA干扰组和对照组卵巢转录组测序获得的差异表达Unigene中,9条被富集到生殖GO条目,3条被富集到生殖过程GO条目,21条被富集到卵母细胞减数分裂Pathway条目。这些生殖相关的Unigene中差异倍数较大的有9条,经qPCR验证,5条在ERR干扰组和对照组间的表达差异有统计学意义。这5条Unigene中有3条在卵巢发育过程中的表达差异有统计学意义,其中2条(CL7112.Contig4_All和Unigene4600_All)与卵母细胞减数分裂有关,1条(CL4888.Contig2_All)与生殖相关激素的合成及释放有关。【结论】ERR可通过调控卵母细胞减数分裂和生殖相关激素的合成与释放调控罗氏沼虾卵巢发育。 相似文献
4.
【目的】探索波吉卵囊藻胞外滤液对铜绿微囊藻的抑制机理。【方法】采用Illumina平台,对使用BG11培养基(对照组)和波吉卵囊藻胞外滤液(实验组)培养的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,并对部分差异表达基因进行qRT-PCR验证。【结果】与对照组相比,波吉卵囊藻胞外滤液处理后的铜绿微囊藻组中筛选1483个表达差异显著的基因,其中上调表达基因788个,下调表达基因695个。GO功能分析将差异基因划分为35个子类别,包括催化活性、结合、代谢过程、细胞过程、膜、膜部分等。KEGG通路分析中,所有差异基因聚集在108个通路,其中84个差异基因注释在代谢功能类别中,而氧化磷酸化通路富集最显著。氧化磷酸化通路中,相关基因表达以上调为主(26个DEGs,20个上调,6个下调)。qRT-PCR验证结果与转录组测序结果的表达变化趋势一致。【结论】波吉卵囊藻滤液引起铜绿微囊藻氧化磷酸化途径上基因表达上调,ATP合成效率提高。 相似文献
5.
【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2020,(2)
【目的】研究无定型碳酸钙结合蛋白(ACCBP)基因的上游调控机制。【方法】以合浦珠母贝(Pinctada fucata)为研究对象,利用基因组步移技术克隆合浦珠母贝ACCBP基因(PfACCBP)的启动子。设计启动子截短实验,通过双荧光素酶标记法确定启动子与转录因子CREB的结合位点,定位启动子中的功能元件。克隆转录因子环腺苷效应元件结合蛋白(CREB),并通过共转染实验和凝胶迁移率分析检测启动子的相对转录活性。【结果】获得合浦珠母贝ACCBP基因的启动子序列,ACCBP启动子在HEK-293T细胞系中转录活性较高;该启动子上存在CRE元件,该元件可在转录过程中与CREB蛋白直接结合,大幅上调ACCBP启动子的转录效率。【结论】转录因子CREB可通过与ACCBP启动子上的CRE元件结合而增强转录活性的调控作用。 相似文献
7.
【目的】克隆马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）新的凝集素分子基因,命名为Perlucin,研究在低温胁迫下马氏珠母贝Perlucin的表达以及与抗低温性状相关的单核苷酸多态性（SNP）位点。【方法】根据马氏珠母贝基因组中Perlucin基因序列设计引物,克隆Perlucin基因全长;用生物信息学方法分析Perlucin的结构和理化特征;设计17和22℃（对照）2个温度组,对马氏珠母贝进行低温胁迫实验,用实时荧光定量PCR检测低温胁迫下Perlucin表达量的变化;筛选和比较分析马氏珠母贝耐低温选育系（R）F3和北部湾野生群体（W）的Perlucin外显子区的SNP位点和单倍型。【结果】马氏珠母贝Perlucin全长631 bp,编码152个氨基酸;包含1个信号肽和1个C型凝集素结构域。同源分析表明,马氏珠母贝Perlucin与紫贻贝（Mytilus galloprovincialis）Perlucin的亲缘性最近。Perlucin在鳃中表达量最高,其次为足和肝胰腺。低温胁迫时,鳃组织中Perlucin基因在17℃低温组的表达量呈先升高后降低的趋势,在12 ... 相似文献
8.
《广东海洋大学学报》2015,(6)
以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。 相似文献
9.
《广东海洋大学学报》2020,(3)
【目的】研究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)血细胞基因组DNA的甲基化修饰情况及其在脂多糖(LPS)刺激后的变化,为探究甲基化修饰在珍珠贝免疫防御中的作用提供理论基础。【方法】运用甲基化敏感扩增多态性法(MSAP)分析马氏珠母贝血细胞(正常养殖贝)以及注射LPS后(6、12、24 h)基因组CCGG位点甲基化的修饰水平变化,并对甲基化修饰位点进行回收测序。【结果】共获得1 102个清晰可辨的DNA条带,其中全甲基化位点条带215个,半甲基化位点条带127个,非甲基化位点条带760个。对照组血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰比例为23.76%,注射LPS后,甲基化比例为28.10%～48.25%,注射6 h时最低,12 h时最高;对特异性片段测序后,经Blast比对,得到5条存在甲基化修饰的基因序列,其中2条具有注释信息,分别是干扰素调控因子(Interferon regulatory factor)和磷脂酶BL2(Putative phospholipase B-like 2)。【结论】马氏珠母贝血细胞基因组CCGG位点的甲基化修饰参与调控LPS诱导的免疫反应,在免疫防御中发挥重要作用。 相似文献
10.
【目的】探究铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)藻际微生物群落组成以及与溶藻细菌侧孢短芽孢杆菌(Brevibacillus laterosporus)Bl-zj共培养对藻际微生物群落的影响。【方法】将侧孢短芽孢杆菌Bl-zj与铜绿微囊藻共培养4 d后(BL组),收集样品,以单独培养的铜绿微囊藻(BG组)为对照,提取样品总基因组DNA后进行16S rDNA扩增、构建文库、测序及生物信息学分析,比较BL组与BG组间藻际微生物群落的差异。【结果】测序平均获得高质量序列85390条,946个OUT(Operational Taxonomic Unit),BL组特有OTU 339个。物种组成分析显示,BG组微生物群落主要以微囊藻属(Microcystis)为主,其余相对丰度由高到低分别为假单胞菌属(Pseudomonas)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)和红杆菌属(Rhodobacter)。BL组微生物群落主要以短芽孢杆菌属(Brevibacillus)为主。BL组的微生物多样性相较于BG组显著下降(P<0.05)。经预测,BG组微生物功能集中在能量代谢与外源生物降解与代谢,BL组微生物功能集中在碳水化合物代谢和氨基酸代谢功能。【结论】侧孢短芽孢杆菌Bl-zj与铜绿微囊藻共培养,打破了铜绿微囊藻藻际微生物群落的平衡,与Bl-zj的溶藻进程有关。 相似文献
11.
【目的】研究气流管路中活塞运动对气流的扰动机理,探讨机械能转化成脉动能的转化规律及效率。【方法】建立活塞对管内气流作用的物理与数学模型,运用数值模拟方法研究不同工况下的活塞运动对匀速气流的扰动特性,分析不同进口气流速度、活塞运动振幅及频率对匀速气流的扰动规律。【结果与结论】活塞往复运动能有效使管路内匀速气流产生脉动。管路内气流脉动振幅及频率不受其进口速度的影响。活塞运动振幅与气流脉动振幅呈线性关系,随着活塞振幅的增加脉动传导效率逐渐下降,脉动传导效率均在80%以上,效率最高可达99.20%。气流脉动与活塞运动同频率变化。 相似文献
12.
【目的】综述重金属元素镉Cd和铜Cu对海洋浮游植物的毒性效应研究,总结重金属对海洋浮游植物的毒性作用机制,为开展重金属对海洋浮游植物毒害机理的深入研究提供借鉴。【方法】以毒理实验中常用的重金属镉和铜为代表,总结了重金属对海洋浮游植物毒理研究的常用测试指标,归纳了重金属对海洋浮游植物光合作用、抗氧化系统等方面的毒性作用机制。【结果】重金属对海洋浮游植物毒性作用机制概括为:1)重金属替换与其结构相似的作为酶辅助因子的金属元素,使浮游植物体内某些酶失活;2)重金属直接或间接诱导活性氧的产生,使浮游植物受到氧化胁迫;3)重金属与生物大分子中的某些基团亲和性高而结合,阻断相关的生理生化过程。【结论】重金属的毒性效应因浮游植物种类不同而有所差异,今后相关研究中需更加关注重金属在多种海洋浮游植物共存环境下的毒性效应及机制,将有助于全面系统地理解重金属对海洋浮游植物的致毒机理。 相似文献
13.
【目的】研究复方中草药对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)肝脏免疫功能及肠道免疫相关基因的影响。【方法】将红枣提取物、山药提取物和黄芪提取物按照质量比1∶1∶1混合,分别按质量分数0(对照)、0.3%、0.6%和1.2%添加到虹鳟基础饲料中,饲喂体长7.6~8.9 cm的虹鳟幼鱼56 d。用副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)对幼鱼进行攻毒试验(5.48×106 cfu/尾),4 d后,取其肝脏和肠道,测定肝脏的生理生化指标,用半定量PCR及荧光定量PCR测定肠道免疫相关基因的表达。【结果】与对照组比较,肝脏的总抗氧化能力(T-AOC)显著升高(P<0.05),溶菌酶(LZM)水平极显著升高(P<0.01),酸性磷酸酶(ACP)、过氧化氢酶(CAT)活性显著降低(P<0.05),碱性磷酸酶(ALP)活性极显著降低(P<0.01),0.6%剂量组的丙二醛(MDA)极显著降低(P<0.01),而SOD无显著差异(P>0.05);各复方中草药组肠道的肿瘤坏死因子(TNF-α)及1.2%剂量组转化生长因子-β(TGF-β)转录水平极显著降低(P<0.01),0.3%和0.6%剂量组的补体3(C3)转录水平显著升高(P<0.05)。【结论】复方中草药(红枣+山药+黄芪)可提高感染副溶血弧菌的虹鳟非特异性免疫功能。 相似文献
14.
【目的】探究方格星虫酶解物促进伤口愈合的作用。【方法】将小鼠分为空白对照组、方格星虫酶解物组和云南白药组进行止血实验,并建立小鼠全皮层创伤模型。将方格星虫酶解物制成膏状,每天上药一次。于术后3、5、7 d分批各处死5只小鼠,固定7只用于拍照。术后观察创面愈合情况,测定伤口愈合率、炎症因子、转化生长因子-β1和创面羟脯氨酸含量等指标。【结果】相比于空白对照组,方格星虫酶解物组显著缩短止血时间,提高愈合率,缩短掉痂时间、创面宽度,调节炎症因子、转化生长因子-β1表达,促进胶原蛋白沉积,伤口愈合较好,残留疤痕不明显。【结论】方格星虫酶解物具有促进伤口愈合功效,其作用机制与止血、调节炎症因子、转化生长因子-β1水平、促进胶原蛋白沉积有密切联系。 相似文献
15.
【目的】系统评价菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)肉不同提取物的呈味物质含量和呈味特征差异。【方法】以新鲜菲律宾蛤仔肉为原材料,采用水煮和酶解的不同提取方式,制得两种冻干粉,比较分析两者游离氨基酸、呈味核苷酸、有机酸、有机碱和无机离子含量的差异,通过滋味活性值(Taste Activity Value,TAV)评价其对滋味的贡献,并结合感官评价法和电子舌检测法考察其整体呈味特征。【结果】感官评定结果表明,水煮提取物鲜味和甜味强于酶解提取物;鲜味、甜味和苦味是酶解提取物的重要味觉特征;电子舌主成分分析结果亦表明水煮提取物更接近谷氨酸钠的呈鲜特性。水煮和酶解提取物中游离氨基酸、呈味核苷酸、有机酸、有机碱和无机离子的含量均存在显著差异(P<0.05)。不同的呈味物质由于含量的差异及呈味组分间的相互作用导致水煮和酶解提取物的整体滋味存在差异。【结论】菲律宾蛤仔的呈味特性与其水溶性呈味物质密切相关,酶解提取物虽增加了氨基酸等的总体含量,但对鲜味、甜味的贡献不大。 相似文献
16.
【目的】为开发用于害虫生物防治的细菌杀虫剂,对分离自红树林的一株沙雷氏菌进行鉴定并初步测试其杀虫活性。【方法】采用形态特征比较、细菌理化特性测定和基于16S rDNA序列构建系统发育树对从湛江红树林根际分离的菌株ZJ9进行综合鉴定,采用喂毒法和注射法进行杀虫活性测定。【结果】该菌为黏质沙雷氏菌Serratia marcescens,对草地贪夜蛾3龄幼虫7d校正死亡率为80.21%,且与苏云金芽孢杆菌和隐地杆菌无显著差异,菌体及菌液对大蜡螟老熟幼虫血腔注射24 h死亡率均达100%。【结论】菌株ZJ9为黏质沙雷氏菌,对草地贪夜蛾具有很好杀虫活性,可用作害虫的生物防治资源。 相似文献
17.
【目的】研究底拖网作业对珠江口香港海域底层鱼类的影响。【方法】根据2007-2009年及2014-2016年在珠江口香港海域进行的定点底拖网调查数据,分析该海域在禁止底拖网捕捞实施前后鱼类种类组成及生物量和生态多样性指数,评估5种典型底层鱼类资源的变化。【结果与结论】该海域捕获鱼类种类数在禁止底拖网作业后明显增加,鱼类种类数量从44种升至73种。种类丰富度指数D变化范围为:2007至2009年,4.937~5.711,2014至2016年,6.559~7.074;多样性指数H'变化范围为:2007至2009年,1.945~2.841,2014至2016年,2.220~2.381;均匀度指数J变化范围为:2007至2009年,0.539~0.776,2014至2016年,0.557~0.600。卵鳎Solea ovata、韦式羊舌鮃Arnoglossus waitei、尖嘴魟Dasyatis zugei这3种底层鱼类禁止底拖网实施后在数量(number)和生物量(biomass)上都增幅明显。不同站位数量和生物量的数值在“禁拖令”实施后也都有所增加,其中以站位2(大屿山以北,较靠近香港国际机场海域)增加最为显著。 相似文献
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【目的】系统分析不同方法提取的马氏珠母贝(Pinctada martensii)外套膜胶原蛋白的理化性质及生物学功能。【方法】分别采用酸-酶法和热水法从外套膜中提取得到两种胶原蛋白(A-PSC(Pm)和HSC(Pm)),对其氨基酸组成、微观结构及热变性温度等理化特性进行比较分析。【结果】HSC(Pm)提取率高于A-PSC(Pm);HSC(Pm)中,Gly、Glu与Arg相对含量较高,分别为20.16%、17.57%和10.07%;而A-PSC(Pm)中,Glu、Asp与Arg相对含量为19.67%、11.63%和10.07%;紫外光谱和红外光谱分别显示,两种胶原蛋白均在220 nm左右有强吸收峰,且具有典型的胶原蛋白特征带(酰胺A、B、Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ带);扫描电镜结果显示,A-PSC(Pm)呈致密多孔网状结构,HSC(Pm)则基本为薄片状;DSC分析结果表明,HSC(Pm)具有更好的热稳定性。【结论】酸-酶法及热水法提取的胶原蛋白均具有类V型胶原蛋白特性,其结构特征及其理化性质均存在差异,可根据需求选择特定的胶原蛋白提取方法用以开发不同类型的产品。 相似文献