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1.
《广东海洋大学学报》2020,(4)
【目的】研究池塘精养条件下罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)4种肥满度指数的实际应用差异,探讨准确度最高的条件因子。【方法】采用Fulton条件因子K、Le Cren相对条件因子K_n、Jones条件因子B和Richter条件因子B′分别计算罗氏沼虾的肥满度,比较4种肥满度指数的实际应用差异。【结果】实际体质量与反算体质量的回归统计分析表明,回归斜率准确度依次为K_n B′ B K,变异系数B′K_n B K;K/K、K_n/K_n、B/B、B′/B′与实际体质量的回归统计分析表明,回归斜率准确度分别为K_n B′ B K;从回归截距判定,其准确度为K_n B′ B K。各肥满度指数的精准度依次为K_n B′B K。【结论】从适用性、简便性和统计正确性等方面综合分析,应用Le Cren相对条件因子K_n作为肥满度指数的系统性误差最小,准确度最高,可作为罗氏沼虾肥满度的首选指数。 相似文献
2.
《广东海洋大学学报》2017,(1)
根据已知罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)雌激素相关受体基因序列(Gen Bank登录号KU899089),设计含有酶切位点的特异性引物,PCR扩增得1 374 bp的开放阅读框序列,构建原核表达载体p ET-32a-ERR,并优化诱导浓度、诱导时间、诱导温度等表达条件。结果表明,ERR蛋白在温度35℃、IPTG浓度0.1 mmol/L条件下,诱导4 h时表达量较佳。 相似文献
3.
【目的】通过转录组测序分析雌激素(17β-Estradiol,E2)对雌性金钱鱼下丘脑中基因表达的影响。【方法】E2体注射后进行雌性金钱鱼下丘脑转录组测序,基因功能注释,差异基因筛选、鉴定,GO(Gene Ontology annotation)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测E2体注射后雌性金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。【结果】雌性金钱鱼下丘脑转录组测序共测得Clean reads为190909756,注释到17687个基因,筛选和鉴定了22个差异表达基因,包括prl、erf3α、pgr和cyp19a1b等11个表达上调基因和chsy1、muc17l、prf1和hla-α等11个下调基因。通过KEGG功能富集分析发现差异基因涉及13个代谢通路。转录组和qPCR结果显示,与对照雌鱼相比,E2注射组雌鱼下丘脑中prl、pgr、cyp19a1b和3β-HSDI的表达显著上调,而生长轴相关基因ghrh、sst1、sst3、sst5和sst6的表达未受影响。【结论】E2通过反馈作用调节下丘脑中部分性类固醇激素合成通路相关基因的表达,但不影响生长相关基因的表达。 相似文献
4.
【目的】探索波吉卵囊藻胞外滤液对铜绿微囊藻的抑制机理。【方法】采用Illumina平台,对使用BG11培养基(对照组)和波吉卵囊藻胞外滤液(实验组)培养的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,并对部分差异表达基因进行qRT-PCR验证。【结果】与对照组相比,波吉卵囊藻胞外滤液处理后的铜绿微囊藻组中筛选1483个表达差异显著的基因,其中上调表达基因788个,下调表达基因695个。GO功能分析将差异基因划分为35个子类别,包括催化活性、结合、代谢过程、细胞过程、膜、膜部分等。KEGG通路分析中,所有差异基因聚集在108个通路,其中84个差异基因注释在代谢功能类别中,而氧化磷酸化通路富集最显著。氧化磷酸化通路中,相关基因表达以上调为主(26个DEGs,20个上调,6个下调)。qRT-PCR验证结果与转录组测序结果的表达变化趋势一致。【结论】波吉卵囊藻滤液引起铜绿微囊藻氧化磷酸化途径上基因表达上调,ATP合成效率提高。 相似文献
5.
【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。 相似文献
6.
【目的】对虾夷扇贝(Mizuhopectenyessoensis)内脏团中镉的富集特性进行研究,并分析镉暴露后与镉胁迫相关的基因在内脏团中的表达。【方法】采用人为添加镉的方法使虾夷扇贝进行镉暴露,原子吸收分光光度计测定各组织中镉含量,实时荧光定量PCR技术检测过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)和谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)和热休克蛋白70(HSP70)基因在虾夷扇贝内脏团中的表达。【结果】虾夷扇贝内脏团比其他组织富集了更多的镉(P=0.004),在含400μg/L Cd海水中暴露7 d和10 d后,扇贝内脏团中的Cd质量分数由62μg/g(干基)分别增加到180和217μg/g(干基);内脏团中抗氧化酶CAT、SOD和GPx以及热休克蛋白HSP70在200μg/L Cd暴露7 d后的基因表达量也显著增加(P 0.05)。【结论】内脏团是虾夷扇贝富集镉的重要组织,内脏团中CAT、SOD、GPx和HSP70对扇贝镉的防御有重要作用。 相似文献
7.
《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】筛选(Pinctadamartensii)金黄壳色选育群体植核后免疫相关基因与代谢通路。【方法】利用转录组对植核前后马氏珠母贝的血细胞进行转录组建库及测序分析。【结果和结论】分别获得61.78×106和62.68×106个高质量转录组数据,且映射到参考基因组的平均映射率分别为70.16%和67.82%。与植核前相比,植核后分别有2 925个和3 097个基因显著上调和下调(差异倍数≥2,校正后P≤0.001),其中包括免疫相关基因凝集素、Toll样受体,热休克蛋白等。对差异基因进行GO分类分析,分为基因的分子功能、细胞组分、生物过程3个大类,并细分为11个子类别,其中结合和催化功能的基因较多。KEGG分类分析差异基因,可将基因参与的KEGG代谢通路分为6个分支,细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病(仅限动物)、代谢、有机系统。KEGG富集结果显示,差异表达基因显著富集到免疫相关通路胞质DNA感应途径、白细胞跨内皮迁移等免疫通路。 相似文献
8.
【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 相似文献
9.
【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼（Scatophagus argus）卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0（对照）、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2 000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点（翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处）的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢（P <0.05）,与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著（P> 0.05）。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢C... 相似文献
10.
【目的】建立青鳉(Oryziaslatipes)foxl2基因突变体材料,为阐释foxl2基因功能提供良好的动物模型和研究基础。【方法】利用CRISPR/Cas9技术敲除青鳉foxl2基因,建立突变体材料。观察foxl2基因突变体的第二性征、性腺等形态特征;组织学分析性腺结构与性腺中细胞类型;用定量PCR检测性腺发育相关基因的表达情况。【结果】通过CRISPR/Cas9技术成功敲除青鳉foxl2基因,建立foxl2基因缺失4个碱基的青鳉突变体。从第二性征与性腺表型上,foxl2-/-突变体均表现为生理雄性;组织切片分析发现,foxl2-/-突变体的性腺结构与野生型卵巢和野生型精巢均有显著差异,存在退化的核仁外周卵母细胞与精子,提示foxl2-/-的性腺在组织结构上类似精巢;定量PCR结果显示,foxl2-/-突变体中雄性性腺发育关键基因sox9b、gsdf、amh等的表达量升高,雌性性腺发育关键基因cyp19a1a等的表达量下降。【结论】通过CRISPR/Cas9技术成功建立青鳉foxl2基因缺失的突变体,foxl2-/-突变体有遗传雌性、生理雄性的表型特征,foxl2对维持青鳉性腺功能有重要作用。 相似文献
11.
【目的】探究马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)对干露胁迫的响应,为马氏珠母贝健康养殖和遗传育种提供基础资料。【方法】在不同温度下对马氏珠母贝进行干露胁迫,探究温度对马氏珠母贝干露耐受的影响;筛选出马氏珠母贝干露胁迫敏感组和耐受组,比较两组的免疫相关基因表达量和植核后休养期存活率。【结果】(1)22~34℃条件下,马氏珠母贝干露耐受能力随温度升高及干露时间延长而降低;(2)22℃下,S组和T组的脯氨酸羟化酶(PHD)、葡萄糖转运蛋白(GLUT)、髓样分化因子(MYD88)、热休克蛋白(Hsp70、Hsp20)和凋亡抑制因子(cIAP)6个基因在干露过程中表达量基本呈上升趋势,组间差异显著(P<0.05);(3)植核试验结果表明耐受组植核后休养期的存活率显著高于敏感组(P<0.05)。【结论】马氏珠母贝在高温环境下干露耐受能力降低,在适温条件下耐受组比敏感组表现出较高的存活率。 相似文献
12.
【目的】探究富含谷胱甘肽的酵母水解物对干露胁迫下的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）肝胰腺糖代谢相关基因的影响,为谷胱甘肽酵母水解物在水产养殖中的应用提供参考。【方法】在基础饲料（鱼粉质量分数17.7%）中分别按质量分数0%、0.3%、0.5%、0.7%、0.9%、1.1%的比例添加谷胱甘肽酵母水解物,配制等氮等脂饲料6组（分别记为G0、G0.3、G0.5、G0.7、G0.9、G1.1）,饲喂初始体质量（0.24±0.01）g凡纳滨对虾4周,测定对虾生长性能指标;对对虾进行干露胁迫30 min,测定对虾肝胰腺相关基因的相对表达。【结果】各处理组对虾增重率、特定生长率和饲料系数无显著差异（P> 0.05）。干露胁迫后,G0组凡纳滨对虾肝胰腺缺氧诱导因子（HIF-1α）、果糖磷酸激酶（PFK）和乳酸脱氢酶（LDH）基因的表达显著上调（P <0.05）,琥珀酸脱氢酶（SDH）、苹果酸脱氢酶（MDH）和细胞色素氧化酶（CCO）基因显著下调（P <0.05）,葡萄糖转运蛋白1(GLUT1)、己糖激酶（HK）和丙酮酸激酶（PK）基因的表达无显著变化（P>... 相似文献
13.
【目的】研究复方中草药对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)肝脏免疫功能及肠道免疫相关基因的影响。【方法】将红枣提取物、山药提取物和黄芪提取物按照质量比1∶1∶1混合,分别按质量分数0(对照)、0.3%、0.6%和1.2%添加到虹鳟基础饲料中,饲喂体长7.6~8.9 cm的虹鳟幼鱼56 d。用副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)对幼鱼进行攻毒试验(5.48×106 cfu/尾),4 d后,取其肝脏和肠道,测定肝脏的生理生化指标,用半定量PCR及荧光定量PCR测定肠道免疫相关基因的表达。【结果】与对照组比较,肝脏的总抗氧化能力(T-AOC)显著升高(P<0.05),溶菌酶(LZM)水平极显著升高(P<0.01),酸性磷酸酶(ACP)、过氧化氢酶(CAT)活性显著降低(P<0.05),碱性磷酸酶(ALP)活性极显著降低(P<0.01),0.6%剂量组的丙二醛(MDA)极显著降低(P<0.01),而SOD无显著差异(P>0.05);各复方中草药组肠道的肿瘤坏死因子(TNF-α)及1.2%剂量组转化生长因子-β(TGF-β)转录水平极显著降低(P<0.01),0.3%和0.6%剂量组的补体3(C3)转录水平显著升高(P<0.05)。【结论】复方中草药(红枣+山药+黄芪)可提高感染副溶血弧菌的虹鳟非特异性免疫功能。 相似文献
14.
【目的】研究哈氏仿对虾在闽东北外海数量分布及其群体结构特征。【方法】2008年5月(春)、8月(夏)、11月(秋)和2009年2月(冬)开展闽东北外海海域(26o~28oN、120o~125o30′E)虾类资源调查。【结果】哈氏仿对虾渔获量占虾类总生物量的4.8%,出现频率为22.4%,总渔获量平均密度指数为3.47 kg·km~(-2),出现站位渔获量平均密度指数范围0.04~60.11 kg·km~(-2),平均为15.50 kg·km~(-2)。以2008年8月和11月数量为多,其渔获量分别占总渔获量的35.6%和40.0%,渔获量平均密度指数分别为4.78 kg·km~(-2)和5.56 kg·km~(-2),2009年2月和2008年5月数量较少。水深60 m以内的调查站位出现频率为100%,渔获量占总渔获量的73.4%,渔获量平均密度指数达16.44 kg·km~(-2),最高达60.11 kg·km~(-2);水深60~80 m出现频率为31.2%,渔获量占总渔获量的23.7%,渔获量平均密度指数为5.97 kg·km~(-2);水深大于100 m的海域没有哈氏仿对虾分布。渔获的哈氏仿对虾体长范围为32~119mm,优势体长组为80~100 mm,占54.8%;雌虾平均体长和体质量分别为86.2 mm和7.2 g,雄虾则分别为66.5 mm和3.1 g;雌雄性比为1︰0.11,雌性性腺成熟度以Ⅲ期和Ⅱ期为主,分别占34.0%和24.5%,生殖群体占相当比率,Ⅳ期以上个体占29.3%;空胃率和饱胃率均较低,平均摄食等级为1.62。【结论】哈氏仿对虾数量分布时空变化明显,主要出现于夏、秋季,春季数量很少,在空间分布上主要栖息于调查海区水深60 m以内的近岸海域,渔汛期为2-5月和8-11月,秋末冬初向深水区作适温徊游。雌虾个体明显大于雄性个体,且数量明显多于雄性,摄食强度中等略大,不同季节和不同性别平均摄食等级没有显著差异。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2020,(5)
【目的】研究姜黄素对四氯化碳诱导的鲤(Cyprinus carpio)肝脏损伤的修复作用,为筛选治疗鱼类肝脏综合征的绿色药物提供理论依据。【方法】在基础饲料中分别添加0、60、120、240 mg/kg姜黄素,制备4种等氮、等能饲料。试验设5组,阴性对照组注射橄榄油,饲喂基础饲料,阳性对照组和各姜黄素组注射体积分数15%的CCl_4溶液,分别以添加0、60、120、240 mg/kg姜黄素饲料饲喂14 d,测定各组谷丙转氨酶(GPT)、谷草转氨酶(GOT)活力,丙二醛(MDA)含量,血浆总蛋白(TP)含量,总能氧化能力(T-AOC),肝脏超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽(GSH)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活力,以及肝细胞核相关转录因子2(Nrf2)含量等指标,并对各组肝脏细胞进行组织学观察,研究姜黄素对鲤肝损伤的修复作用。【结果】在四氯化碳诱导初期,阳性对照组,60、120、240 mg/kg姜黄素组的GPT、GOT活力和MDA含量显著高于阴性对照组(P 0.05),随着投喂时间的增加,各姜黄素组GPT、GOT活力和MDA含量平均值均有不同程度的降低,其中,120 mg/kg组的GPT、GOT活力和MDA含量以及240mg/kg组的GPT活力差异显著(P0.05);TP含量,T-AOC、SOD、GSH-Px活力,GSH含量的变化趋势与GPT和GOT等相反,且随着投喂时间的增加,120mg/kg组的T-AOC、SOD、GSH-Px活力和TP、GSH含量以及240 mg/kg组的SOD、GSH-Px活力和GSH含量呈先降后升趋势(P 0.05),其余各组差异均不显著(P 0.05);肝脏组织切片显示,饲料中添加姜黄素可一定程度上修复鲤鱼幼鱼的肝脏损伤,且以120 mg/kg组效果最佳;饲料中添加姜黄素可提高鲤鱼肝脏Nrf2 mRNA表达量,促使Nrf2由肝细胞质转至细胞核中。【结论】姜黄素可通过介导Nrf2提高鲤鱼相关抗氧化酶的活力,对鱼体的肝脏损伤进行修复。当姜黄素的添加水平为120 mg/kg时,机体的抗氧化功能最强,对肝脏损伤的修复作用最强。 相似文献