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1.
《广东海洋大学学报》2017,(3)
用同源克隆和RACE的方法克隆红笛鲷(Lutjanus sanguineus)白细胞介素1受体相关激酶1(Interleukin-1receptor-associated kinase 1,IRAK-1)基因的cDNA全序列,并用荧光定量PCR分析其在健康鱼及哈维弧菌感染后红笛鲷的组织表达。结果表明,该序列全长3 207 bp(登录号KF728204),包含5′非编码区(UTR)202 bp,3′UTR752 bp,开放阅读框(ORF)2 253 bp,编码750个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其蛋白分子质量为82.6 ku,理论等电点为6.59。IRAK-1包含1个N端死亡结构域、proST结构域、中央激酶结构域和C末端结构域。荧光定量PCR分析显示,红笛鲷IRKA-1基因在肝脏和皮肤的表达量最高,其次是心脏、鳃、肌肉和胸腺,其余组织的表达量较低。哈维弧菌侵染红笛鲷后,各组织中IRAK-1基因mRNA表达量均呈上调趋势,肝组织中变化最显著。 相似文献
2.
白细胞介素-1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)是一种参与机体先天性免疫和适应性免疫反应过程中的关键分子。采用RT-PCR和c DNA末端快速扩增(RACE-PCR)的方法从红笛鲷(Lutjanus sanguineus)头肾中克隆IRAK-4基因的c DNA全序列(登录号:KF279357)。该序列全长2 015 bp,包含5′非编码区(5′UTR)205 bp,3′非编码区(3′UTR)421 bp,开放阅读框(ORF)1 389 bp,编码462个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其蛋白分子质量为52.0 ku,理论等电点为5.19。氨基酸序列比对结果显示,红笛鲷IRKA-4基因氨基酸序列与其他物种的同源性为54.2%~85.7%。系统进化分析结果显示,红笛鲷与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)聚为一支,两者有较近的亲缘关系。用荧光定量PCR分析红笛鲷基因的组织表达差异,红笛鲷IRKA-4基因在各组织中均有不同程度的表达,其中在皮肤、肝脏和胃中表达量最高,其次是胸腺、鳃、心脏、肠、肌肉和脾脏,在头肾、后肾和脑的表达量最低。 相似文献
3.
【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)肿瘤坏死因子受体相关死亡域蛋白(TRADD)基因,并分析其在各组织中的表达。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得马氏珠母贝PmTRADD基因的c DNA全长序列,利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PmTRADD基因在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。【结果与结论】PmTRADD包含5′非编码区101 bp,3′非编码区144 bp和开放阅读框(ORF)591 bp,编码196个氨基酸。序列分析表明,PmTRADD没有信号肽和跨膜结构域,C端含有一个死亡结构域(DEATH)。将PmTRADD死亡结构域的氨基酸序列与其他物种的TRADD死亡结构域序列进行比对,发现不同物种的TRADD死亡结构域序列同源性较低。PmTRADD在马氏珠母贝各组织中均有不同程度表达,在鳃组织中表达最高,肝胰腺次之,闭壳肌中基本无表达。 相似文献
4.
【目的】克隆马氏珠母贝(Pinctada martensii)法尼酸甲基转移酶(FAMe T)基因,并分析其在各组织中的表达。【方法】利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获得马氏珠母贝FAMeT(PmFAMeT)基因的cDNA全长序列,利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PmFAMeT在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。【结果与结论】PmFAMeT包含5′非编码区120 bp,3′非编码区968 bp和开放阅读框(ORF)1 536 bp,编码511个氨基酸。序列分析表明,PmFAMeT含有信号肽序列和跨膜结构域,并有WSC结构域、TSP1结构域和2个Methyltransf_FA结构域。将推导的PmFAMeT氨基酸序列与其他物种的FAMeT序列进行比对发现,不同物种的Methyltransf_FA序列同源性较高。PmFAMeT在马氏珠母贝的各个组织中均有表达,且在边缘膜、肝胰腺和性腺中的表达量显著高于其他组织。 相似文献
5.
以勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)基因组DNA为模板,采用同源克隆的方法,获得2 887 bp的肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因组序列,该MSTN序列具有3个外显子和2个内含子,包括101 bp的5′-UTR、385bp的外显子1、354 bp的内含子1、370 bp的外显子2、761 bp的内含子2、381 bp的外显子3和1 932 bp的3′-UTR。整个开放阅读框编码了378个氨基酸,前面的22个氨基酸为信号肽,具有9个保守的半胱氨基酸及一个RVRR的蛋白酶解加工位点。氨基酸序列分析发现,该基因编码的蛋白质与其他鱼类的I型同源性较高,与其他鱼类的2型MSTN同源性较低,且与鲈形目的同源性最高,与鲤形目的同源性较低,与人、鼠和鸡的同源性最低。采用邻接法(Neighbor-Joining)构建的MSTN的系统发育树表明,勒氏笛鲷MSTN与鲈形目鱼类的狼鲈属亲缘关系较近,且与鱼类的MSTN-1聚为1支。这表明该基因属于Ⅰ型MSTN基因。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2020,(4)
【目的】研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)唾液酸黏附素(sialoahesin)在健康鱼及感染无乳链球菌(Streptococcusagalactiae)后的组织表达,探讨其在免疫反应中的作用。【方法】根据NCBI上公布的罗非鱼唾液酸黏附素基因(Gen Bank登录号LOC102078335,记为On-sialoahesin)克隆On-sialoahesin开放阅读框序列,采用实时荧光定量PCR技术检测On-sialoahesin在健康罗非鱼脾脏、头肾、肠道、皮肤、鳃、脑、肌肉、肝、胸腺、脾、外周血中的分布,以及无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)刺激后的表达。【结果与结论】On-sialoahesin基因编码区1617bp,编码538个氨基酸,理论分子质量59.44ku,等电点6.57。On-sialoahesin含有3个IG结构域和1个IGC2,是IG结构域蛋白质超级家族成员。多序列比对发现,On-sialoahesin与其他物种sialoahesin氨基酸序列同源性介于36.81%～92.94%,且与奈里朴丽鱼(Haplochromis nyererei)同源性最高。系统进化分析发现,On-sialoahesin与慈鲷科鱼的sialoahesin聚为一支。On-sialoahesin在健康罗非鱼各组织中均有表达,在头肾和外周血中表达量最高,其余组织表达量相对较低。经无乳链球菌刺激后,On-sialoahesin表达量在10个组织中均呈现显著的时序性。 相似文献
7.
《广东海洋大学学报》2017,(3)
克隆并鉴定墨吉明对虾(Fenneropenaeus merguiensis)的一种c型溶菌酶基因(Fm-Lyz),其cDNA全长为770 bp,包括71 bp的5′非编码区(UTR)、222 bp的3′UTR和477 bp完整开放阅读框,编码158个氨基酸。SMART分析显示,Fm-Lyz氨基酸序列包含1个LYZ1结构域和1个含18个氨基酸的信号肽。同源性分析发现,Fm-Lyz与斑节对虾(Penaeus monodon)溶菌酶同源性最高;进化树结果显示,Fm-Lyz与不同对虾的c型溶菌酶聚为一类。实时荧光定量PCR结果显示,Fm-Lyz在所测组织中均有表达,其中在血细胞中表达量最高。副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)和溶壁微球菌(Micrococcus lysodeikticus)感染后,Fm-Lyz表达量比对照组明显上调(P0.05),最高表达量时间分别为感染后24、12 h,暗示Fm-Lyz参与了墨吉明对虾的抗菌免疫防御。 相似文献
8.
《广东海洋大学学报》2020,(2)
【目的】研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)干扰素诱导蛋白35(interferon induced protein 35,ifi35)在免疫反应中的作用。【方法】克隆获得罗非鱼ifi35基因开放阅读框序列(GenBank登录号:XM_003442606;On-ifi35),采用实时荧光定量PCR技术检测On-ifi35在健康罗非鱼不同组织中的分布,以及不同刺激物刺激后的表达。【结果与结论】On-ifi35基因编码区为1125bp,编码374个氨基酸,理论分子质量为42.79ku,等电点为5.01。On-ifi35含有1个LZD结构域和2个Nmi/IFP 35 domain (NID)。多序列比对发现On-ifi35与其它物种的ifi35氨基酸序列同源性介于35.23%～93.32%之间,且与斑马拟丽鱼同源性最高。系统进化分析发现,On-ifi35与斑马拟丽鱼的ifi35聚为一支。实时荧光定量PCR分析显示,On-ifi35在健康罗非鱼各组织中均有表达,其中在脾脏组织中表达量最高,其次是胸腺、肝脏、心脏、肌肉、肠道、体肾、脑、鳃、头肾,在皮肤中表达量最低。经无乳链球菌和PolyI:C刺激后,On-ifi35表达量在脾脏、肠道、体肾和头肾中均发生显著性变化且呈现出显著的时序性。 相似文献
9.
《广东海洋大学学报》2017,(4)
Lec-8(C-type lectin 8)属于C-型凝集素超家族,在机体抵抗微生物的感染过程起重要的作用。本研究采用RACE技术克隆出了PmLec-8基因cDNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测了PmLec-8基因在马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)不同组织中的表达模式。结果显示:PmLec-8基因序列全长737 bp,其中5′UTR长为36 bp,3′UTR长为113 bp,开放阅读框(ORF)为588 bp,编码195个氨基酸,预测其分子质量约为22.90 ku,等电点为5.17;PmLec-8具在一个糖类识别结构域(Carbonhydrate-recognition domain,CRD),符合典型的C型凝集素(C-type lectin)家族特征;多序列比对结果表明物种间Lec-8的同源性较低,4个半胱氨基酸残基高度保守;qRT-PCR数据分析表明,PmLec-8在马氏珠母贝肝胰腺、性腺、闭壳肌、鳃、血细胞和外套膜中均有表达,其中肝胰腺中表达量最高,其次是鳃,差异具统计学意义(P0.05)。 相似文献
10.
《广东海洋大学学报》2017,(6)
为研究斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)氨基酸转运吸收机制,采用RACE-PCR技术克隆得斜带石斑鱼氨基酸转运载体B~0AT1(SLC6A19)基因的c DNA部分序列,分析该基因在斜带石斑鱼的组织分布。结果表明,所克隆的该部分序列长度为610 bp,包括88 bp的5′非翻译区(5′UTR)、编码174个氨基酸、长度522 bp的开放阅读框(ORF)。分子进化聚类和同源性分析显示,斜带石斑鱼与鲈鱼(Dicentrarchus labrax)同源性较高,为93%。SLC6A19基因在斜带石斑鱼8个组织中分布广泛,其组织表达量由高到低依次是肝脏、肌肉、脑、肾脏、前肠、中肠、后肠和心脏,肝脏和肌肉中SLC6A19 mRNA表达高于其余各组织(P0.05),心脏和后肠SLC6A19m RNA表达量低于其余各组织(P0.05)。 相似文献