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本研究采用RT-PCR和RACE技术首次获得了栉孔扇贝(Chlamys farreri)BI-1基因(Cf BI-1)c DNA全长序列,长度957bp,5′和3′非编码区长度分别为48bp和195bp,开放阅读框为714bp,预测编码一个含有237个氨基酸的蛋白质,分子量为27k Da;结构预测显示,Cf BI-1蛋白包含6个跨膜结构域。同源和分子进化聚类分析显示,Cf BI-1蛋白序列与其他一些物种中的BI-1蛋白序列相似性很高,表明BI-1具有很高的保守性。通过荧光定量PCR的方法检测了Cf BI-1 m RNA在栉孔扇贝正常组织中和在干露、脂多糖以及扇贝急性病毒性坏死症病毒刺激之后的表达水平的变化。结果表明,Cf BI-1在栉孔扇贝各组织中广泛分布,其中闭壳肌中的表达量最高,血淋巴中的表达量最低。在干露和病毒刺激以后,Cf BI-1基因表达水平较对照组都有显著上调(P0.05),表明Cf BI-1基因可能参与了干露刺激和急性病毒性坏死症病毒感染后的细胞应激响应及其诱导的细胞凋亡过程。综合上述分析,我们认为Cf BI-1基因在栉孔扇贝细胞凋亡调控过程中可能起到重要作用,可为栉孔扇贝凋亡相关基础研究提供参考。 相似文献
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Microsatellites are a ubiquitous component of the eukaryote genome and constitute one of the most popular sources of molecular markers for genetic studies. However, no data are currently available regarding microsatellites across the entire genome in oysters, despite their importance to the aquaculture industry. We present the fi rst genome-wide investigation of microsatellites in the Pacifi c oyster Crassostrea gigas by analysis of the complete genome, resequencing, and expression data. The Pacifi c oyster genome is rich in microsatellites. A total of 604 653 repeats were identifi ed, in average of one locus per 815 base pairs(bp). A total of 12 836 genes had coding repeats, and 7 332 were expressed normally, including genes with a wide range of molecular functions. Compared with 20 different species of animals, microsatellites in the oyster genome typically exhibited 1) an intermediate overall frequency; 2) relatively uniform contents of(A)n and(C)n repeats and abundant long(C)n repeats(≥24 bp); 3) large average length of(AG)n repeats; and 4) scarcity of trinucleotide repeats. The microsatellite-fl anking regions exhibited a high degree of polymorphism with a heterozygosity rate of around 2.0%, but there was no correlation between heterozygosity and microsatellite abundance. A total of 19 462 polymorphic microsatellites were discovered, and dinucleotide repeats were the most active, with over 26% of loci found to harbor allelic variations. In all, 7 451 loci with high potential for marker development were identifi ed. Better knowledge of the microsatellites in the oyster genome will provide information for the future design of a wide range of molecular markers and contribute to further advancements in the fi eld of oyster genetics, particularly for molecular-based selection and breeding. 相似文献
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开展耕地科学分区对于耕地管理利用、种养结合、耕地集约化等方面具有重要的现实意义。本文基于CURE、K-medoid、Single link和BIRCH 4种空间聚类算法,以上街镇耕地数据为例,利用SuperMap iObjects. NET8C组件开展耕地空间聚类对比分析研究,并采用轮廓系数,从凝聚度和分离度的角度比较各种耕地聚类算法的合理性,进而得到耕地的最佳空间聚类结果,以期为区域耕地资源科学配置和优化提供科学依据。 相似文献
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基于特征空间优化的随机森林算法在GF-2影像湿地分类中的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
由于季节性的植被动态和水文波动,湿地遥感影像分类常常比较困难。本文采用优化特征空间的随机森林算法(Random Forest)对吉林省白城市通榆县东部地区预处理后的GF-2影像进行湿地分类研究,具体分为2步:① 对研究区遥感影像进行多尺度分割和对象特征的提取。针对一些学者获取最佳分割尺度时仍受主观因素影响较大的情况,本文通过改进全局最优分割方法来获得最佳分割尺度。② 在最优分割的基础上,基于特征重要性对随机森林分类算法的特征空间进行优化,以得到最佳的随机森林分类结果,并与相同条件下(同数据、同分割尺度、同训练样本,同特征空间)的K-NN、SVM、CART 3种算法以及未优化特征空间的RF算法的分类结果进行了比较。结果表明,基于优化特征空间的RF算法的分类结果总精度和Kappa系数分别为93.038%和0.9177,而K-NN、SVM和CART 3种分类算法的分类结果的总精度分别为83.357%、78.068%、77.136%,未优化特征空间的RF算法分类结果总精度为90.937%。相较于K-NN、SVM、CART 3种分类算法,RF算法在GF-2湿地影像数据中具有更好的分类性能,同时优化特征空间的RF算法精度有所提高,在湿地资源管理中可以发挥非常重要的作用。 相似文献
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地表塌陷积水和煤堆的识别与区分是煤矿开采区环境保护的重要工作内容。本文利用HJ-1A卫星CCD遥感影像数据,以神东矿区为例,在深入分析矿区煤堆、塌陷积水、其它水体和工矿用地等地物的光谱特征基础之上,通过波段反射率差异和归一化水体指数(NDWI)构建了矿区内煤堆和塌陷积水的遥感提取与识别决策树模型。模型分析表明,塌陷积水的NDWI指数范围为[0.02,0.13],与部分裸土/工矿用地容易混合,需要利用红光通道阈值进行剔除。煤堆与其他非水体地物都有较明显的区分但与塌陷水体较为一致,需进一步通过红色通道阈值加以区分,当阈值为0.14时研究区提取结果最佳。研究区内共提取出煤堆373个,面积4.96 km2,塌陷积水11个,面积0.51 km2。通过与2.5 m空间分辨率的SPOT卫星目视解译验证表明,本文利用HJ-1A CCD影像数据识别总精度可达97.77%,构建的决策模型适用于矿区内煤堆及水体信息的自动提取。 相似文献
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赤山地处安徽省泗县东北部,为郯庐断裂带西支断裂通过处。以往研究认为,郯庐断裂带赤山段第四纪以来有较为明显的活动。此次在垂直于赤山段开挖的多个探槽中均揭露出史前地震遗迹(多期逆断型崩积楔),具体表现为断层上盘砖红色上白垩统砂岩或黄白色中更新统砾石层向东叠置于褐黄色中、上更新统黏土之上。在楔状体根部均发现向NW陡倾的断裂,陡立的断面向上转变为缓倾的上翻垮落面。多条探槽揭示的断裂点的连线总体呈NNE走向,断裂通过处的上盘后缘大部分残留了凸起地貌,部分EW向冲沟被断裂右旋扭错。多条探槽两壁都一致显示出从西向东的推挤垮塌痕迹。其中Tc1~Tc4表现为砖红色砂岩(K2)逆冲垮落于黄褐色含铁锰结核黏土(Qp2-3)之上,Tc5则表现为红砂岩(K2)和黄白色砾石层(Qp2)逆冲垮塌于上述的黏土之上。在几个探槽的逆断型崩积楔上均揭示出此段曾有多次逆断型崩积事件发生,个别探槽揭露楔体较少,可能与其所处的位置、揭露深度和剥蚀残存的高度有关。对开挖探槽及光释光测年结果的详细分析初步得出,郯庐断裂带赤山段在中、晚更新世之交曾多次发生大规模逆断型黏滑事件,即曾多次发生史前大地震。 相似文献