大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄伟  薛良义  李婷  杨斌 《台湾海峡》2010,29(2):189-195

以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明：cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇（unigene）,其中包括58个重叠群（contigs）,172个单拷贝ESTs（singletons）,冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性（E值≤1.00×10-10）,为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台.  相似文献   

单环刺螠硫醌氧化还原酶的表达、纯化和复性   总被引：2，自引：0，他引：2  

马玉彬  谭志  张志峰 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(6)

硫化物是1种广泛分布的有毒物质。硫醌氧化还原酶(SQR)是硫化物代谢的关键酶。单环刺螠是1种生活在潮间带下区及潮下带中的底栖生物。本研究为了获得具有活性的单环刺螠SQR,将其基因的开放阅读框cDNA克隆到原核表达载体pET28a中,转化大肠杆菌BL21(DE3)进行重组蛋白的表达,后采用稀释复性的方法对重组蛋白进行复性。经IPTG诱导后该重组蛋白主要以包涵体形式存在。用8 mol/L的尿素溶解包涵体后,通过镍离子金属螯合柱纯化获得重组蛋白。首次通过蛋白复性的方法获得具有活性的单环刺螠SQR,确定最佳稀释复性条件为pH=8.0,蛋白浓度20μg/mL,L-精氨酸浓度0.2 mol/L,还原型谷胱甘肽∶氧化型谷胱甘肽=10∶1,复性时间为96 h。  相似文献   

雨生红球藻八氢番茄红素脱氢酶pds基因上游序列的分离和分析     

梁成伟  檀琮萍  苏忠亮  魏魏  秦松 《海洋通报》2009,28(6)

在某些蓝藻、绿藻和高等植物中,八氢番茄红素脱氢酶是β-胡萝卜素合成过程中的一个关键酶之一,应用巢式PCR方法从雨生红球藻中克隆了八氢番茄红素脱氢酶基因约1kb的5’上游序列。通过生物信息学方法进行序列分析,发现pds基因上游序列中包含了一些可能的顺式元件,如ABRE调控元件、C-repeat/DRE调控元件等。同时,构建了由pds-启动子控制报告基因的重组载体,并转化到雨生红球藻细胞中,进行了报告基因瞬间表达的检测。结果表明,克隆的pds启动子区域具有启动子活性,可以驱使报告基因进行瞬间表达。  相似文献   

一株海洋细菌铁吸收调节蛋白(Fur)基因的克隆和表达     

李俊峰  姚淑敏  李红芳  田智刚  郭庆杰 《海洋湖沼通报》2009,(4)

对海洋细菌来说铁是一种必需元素,对铁吸收与利用的调控在细菌生长和防止铁毒性中起重要作用,在革兰氏阴性细菌中,铁的代谢由铁吸收调节蛋白(Fur) 来调控.橙色交替单胞菌是1种具有广泛抑菌谱的有益菌,本研究克隆表达了橙色交替单胞菌的fur基因,并分析了其相关特征.该基因序列中包含447bp的开放阅读框,编码148个氨基酸残基的蛋白,推导的相对分子量为16.637 kD,与GenBank报道的革兰氏阴性菌的相应序列同源性很高,其中氨基酸序列的中段从G47位至D104位,为高度保守区域.在限铁和富铁培养条件下铁载体分泌量的结果分析表明,fur基因可在大肠杆菌中大量表达,为进一步研究Fur蛋白的结构与功能打下基础.  相似文献   

道路网多尺度数据建模的初步研究   总被引：6，自引：1，他引：6  

王艳慧  陈军  蒋捷  李志林 《地理信息世界》2004,2(3):42-48

本文以路网要素的多尺度表达为例,探讨了路网要素多尺度表达在几何层次、实体层次等方面的多尺度现象,研究了多尺度数据建模的基本特性,提出了构建多尺度空间数据模型的关键策略,详细剖析了路网多尺度建模中不同尺度下的实体、实体间的联系,以及多尺度表达间要素类和要素表达层次上的关系,实现了对路网要素多尺度抽象表达的模型构筑。  相似文献   

整合多源异构的城市规划数据进行认知交流的研究     

董志  黄初冬 《地理信息世界》2014,(5)

针对整个城市规划过程的参与者对规划数据的不同种类、不同层次认知需求,本文利用本体思想对包括GIS数据、规划文档、规划图件等多源异构的规划数据进行关系重构,设计本体模型要素的数据语义关系,定义数据间的关联关系,实现基于本体方法的规划领域语义表达算法,方便了各类规划参与者对规划方案认识的交流:同时根据用户特征分类,进行本体关系的逻辑推理,过滤冗余信息,进行多源异构规划数据的可视化。  相似文献   

基于交通轨迹数据的三维动态噪声地图     

付乐宜  艾廷华  黄丽娜  信睿 《地球信息科学学报》2020,22(9):1789-1798

噪声信息具有空间传播和随距离衰减变化的特征,采用三维动态可视化形式表达噪声地图可以体现该特征。本文针对噪声的空间分布与强度变化提出一种噪声地图表达的方法,基于Bertin符号参量分析,以具有高度可变的方柱并配以深浅变化的颜色作为噪声符号,动态传递噪声信息。为进行多尺度地图展示,在不同地图等级下设有相应细节层次的符号尺寸和定位排列方式。噪声地图以Web端Mapbox为展示平台,基于交通噪声模型和GPS轨迹数据,对上海黄浦区某区域一时间段内的噪声情况进行模拟表达,实现噪声数据的立体动态化显示。三维动态的表达扩展了噪声数据的表现维度,多维度、多参量的立体动态符号不仅可准确刻画噪声的分布,而且从视觉观感上提高了受众的兴趣度和专注度,这为研究噪声的热点分布、传递趋势等空间规律提供了可视化参考。  相似文献   

雄性半滑舌鳎雄激素受体基因的克隆与表达分析     

温海深  张葭人  陈彩芳  金国雄  陈晓燕  史宝  何峰 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(3)

利用RT-PCR方法从半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)中克隆了雄激素受体(Androgen receptor,AR)基因cDNA的部分序列(434 bp),经BLAST比对与狼鲈(Dicentrarchus labrax)、花溪(Kryptolebias marmoratus)、三斑海猪鱼(Halichoeres trimaculatus)和三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的雄激素受体同源性分别为84%,82%,82%和81%.组织表达分析表明,AR基因在半滑舌鳎的性腺、肝、胃、脾、肾、头肾、肠、鳃、心、脑和肌肉这11种组织中均有表达,表达量有所差异.肾中表达量最丰富,鳃中最少.根据其他硬骨鱼类表达模式,推测半滑舌鳎可能只含有1种AR.  相似文献   

基于剖分数据模型的影像信息表达研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

程承旗  郭辉 《测绘通报》2009,(10)

随着遥感技术的发展,高分辨率的遥感影像已经可以为用户提供全面、直观的空间信息,如何合理、高效地表达这些信息成为一个重要的问题,剖分数据模型为影像信息表达提供了一个新的解决心路.影像信息表达的对象不是"空间实体"这一抽象概念,而是空间实体在遥感图中的"影像".提出基于最小外包面片MBC的表达方法,论述MBC的概念和实现.最小面积比阈值和最深剖分层级足两个影响MBC影像信息表达的效率和结果的重要参数,通过试验得到它们的较优值.  相似文献   

基于矢-栅混合数据的线目标缓冲区构建   总被引：1，自引：0，他引：1  

蓝秋萍  费立凡  李嘉 《测绘通报》2009,(10)

结合矢量、栅格数据各自的优点,提出一种以矢栅混合数据为基础的线目标缓冲构建方法.首先创建垂直平分与线状目标的扫描线集合,然后对此欠量扫描线集合进行栅格化,从而获取栅格目标矩阵图.在提取边界后采用均值滤波、化简以及光滑技术最终生成缓冲区矢壁边界线,避免矢量数据复杂求交以及栅格数据边界失真问题.最后以洛阳某城市规划系统为例,实现城市道路集的缓冲.  相似文献