微绿球藻DNA质粒文库的构建     

赵大显  周志刚 《海洋科学》2006,30(5):87-91

微绿球藻(Nannochloropsis oculata)DNA被提取纯化并经超声波处理后,将所得大小在1.6~3 kb之间的DNA片段用T4 DNA聚合酶补平,再与SmaI酶切消化并经去磷酸化处理的质粒载体pUC18连接,转化至DH10B大肠杆菌(Escherichia coli)的感受态细胞中。建立的DNA质粒文库容量含2×104个克隆,其中重组子占90%。随机挑选白色菌落并培养,抽提的质粒经XbaI和SacI双酶切鉴定,显示重组的质粒中均含有大小不等的DNA插入片段。  相似文献   

臭氧化海水对于弧菌DNA的损伤作用   总被引：1，自引：0，他引：1  

宫小明  孙军  刘萍  刘琪  李健 《海洋科学》2006,30(10):1-3

用琼脂糖电泳法分别检测了臭氧化海水对溶藻胶弧菌(Vibrio alginolyticus)、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、飘浮弧菌(Vibrio natriegen)菌体内DNA和经碱性裂解法抽提后得到的裸露DNA的损伤作用。结果表明,臭氧化海水对DNA有很强的损伤和降解作用,在电泳图谱上表现为DNA带的加宽和弥散;臭氧化海水对裸露DNA的损伤作用,在电泳图谱上表现为DNA带荧光强度的增强和出现长长的拖尾。  相似文献   

藻类基因转录调控研究进展     

魏炜  孟春晓  秦松 《海洋通报》2006,25(4):78-84

转录调控是基因表达调控的重要方式。转录调控的研究主要集中在启动子的克隆与分析、反式作用因子(即DNA结合蛋白)的检测及转录量的检测三方面。介绍了基因组步移、凝胶阻滞、酵母双杂交系统、cDNA微阵列等基因转录调控的常用研究方法,并对藻类基因转录调控的最新研究进展进行了评述。  相似文献   

凡纳滨对虾引进亲虾及其子一代的遗传多样性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

李锋  林继辉  刘楚吾 《海洋科学》2006,30(4):64-68

采用Operon公司的16个引物对两个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进亲本群体及其子一代对虾的基因组DNA多态性进行了检测。第一个亲虾群体对16个引物共获得78个位点,其中多态位点数为48个,占61.54%;其子代对虾共获得89个位点,其中多态位点数为50个,占56.18%。第二个亲虾群体对16个引物共获得97个位点,其中多态位点数为49个,占50.52%,其子代对虾共获得93个位点,多态位点数为28个,占30.11%。单个引物获得的标记数为1～8个。第一个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别是0.1959±0.0392和0.1435±0.0268;第二个亲本群体及其子代个体间的平均遗传距离分别为0.0922±0.0189和0.0621±0.0148。两个亲本群体间的遗传距离为0.6546±0.0794,两个子代群体间的遗传距离为0.7087±0.0656。在OPF-09、OPZ-11两个引物的扩增结果中,发现两个亲本群体及其子代有差异标记。  相似文献   

雌性虾夷扇贝与雄性栉孔扇贝杂交子代及其亲本的核型研究   总被引：5，自引：0，他引：5  

赵洋  包振民  毕克  黄晓婷  王珏  胡景杰  杨爱国 《海洋学报》2006,28(1):100-105

采用滴片法制片-吉姆萨染色对雌性虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)与雄性栉孔扇贝(Chla-mysfarreri)杂交子代及其双亲的核型进行了研究,报道了在扇贝杂交过程中产生的特殊的细胞遗传学现象,结果表明,栉孔扇贝染色体核型2n=38=6m+10sm+22st;虾夷扇贝染色体核型2n=38=6m+10sm+16st+6t;两者杂交子代染色体数目2n=38,但其染色体组型不符合预期型,不是简单地由两个亲本各自一套染色体组型组合而成,呈现出复杂的形态多态性,端部着丝点染色体明显增多.  相似文献   

Complementary DNA sequencing (cDNA): an eff ective approach for assessing the diversity and distribution of marine benthic ciliates along hydrographic gradients     

Pingping HUANG  Feng ZHAO  Kuidong XU 《海洋湖沼学报（英文）》2021,(1):208-222

The Yellow Sea Cold Water Mass(YSCWM)is a distinct hydrographic phenomenon of the Yellow Sea,and the distribution pattern of meio-and macrobenthos diff ers inside and outside of the YSCWM.However,such a pattern has never been observed in the microbenthic ciliate communities.Therefore,we hypothesized that benthic ciliates followed a similar distribution pattern as meio-and macrobenthos,but this pattern has not been uncovered by morphological methods.We evaluated the diversity and distribution of benthic ciliates at fi ve stations along hydrographic gradients across the YSCWM and adjacent shallow water by using morphology and DNA and complementary DNA(cDNA)high-throughput sequencing of the V4 region of 18S rRNA gene.Results showed that the diversity of benthic ciliates detected by DNA(303 OTUs),and the cDNA(611 OTUs)sequencing was much higher than that detected by the morphological method(79 species).Morphological method detected roughly diff erent ciliate communities inside and outside of the YSCWM,but without statistical signifi cance.No clear pattern was obtained by DNA sequencing.In contrast,cDNA sequencing revealed a distinct distribution pattern of benthic ciliate communities like meioand macrobenthos,which coincided well with the results of the environmental parameter analysis.More than half of the total sequences detected by DNA sequencing belonged to planktonic ciliates,most(if not all)of which were recovered from historic DNA originating through the sedimentation of pelagic forms because none of them were observed morphologically.The irrelevant historic DNA greatly infl uenced the recovery of rare species and thus limited the understanding of the benthic ciliate diversity and distribution.Our research indicates that the methods used have signifi cant eff ects on the investigation of benthic ciliate communities and highlights that cDNA sequencing has great advantages in estimating the diversity and distribution of benthic ciliates,as well as the potential for benthic environmental assessments.  相似文献   

DNA甲基化修饰对金钱鱼卵巢Cyp17a1表达水平的影响     

周一帆  江政霆  李雨  焦开智  潘书慧  许芮  李广丽  江东能 《广东海洋大学学报》2024,(2):46-53

【目的】分析DNA甲基化修饰对金钱鱼（Scatophagus argus）卵巢Cyp17a1表达的影响,进一步认识卵巢发育成熟相关基因表达的调控机制。【方法】分别取卵巢发育III、IV期的金钱鱼,以及投喂添加0（对照）、50、100μg/g雌二醇饲料30 d的2龄雌鱼,用MethPrimer软件分析其Cyp17a1基因CpG二核苷酸位点分布特征,并预测CpG岛;采用亚硫酸氢盐测序法检测不同发育时期卵巢以及投喂雌二醇个体卵巢中的Cyp17a1的DNA甲基化修饰水平,并用实时荧光定量PCR分析Cyp17a1基因表达水平。【结果】金钱鱼Cyp17a1翻译起始位点2 000 bp后无CpG岛,取第1外显子含有5个CpG位点（翻译起始位点后106、116、129、148和203 bp处）的区域用于DNA甲基化水平检测。金钱鱼III期卵巢Cyp17a1外显子1的DNA甲基化修饰水平显著高于IV期卵巢（P <0.05）,与其mRNA表达水平呈负相关。116、129和203 bp处DNA甲基化存在发育时期差异,但106和148 bp处差异不显著（P> 0.05）。投喂雌二醇后,金钱鱼卵巢C...  相似文献   

基于DNA条形码技术的浮游动物休眠卵种类鉴定:以洞庭湖流域常德柳叶湖为例     

于文波  王庆  魏南  梁迪文  杨宇峰  崔宗斌 《湖泊科学》2020,32(1):154-163

以洞庭湖流域的典型城市湖泊常德柳叶湖表层沉积物中浮游动物休眠卵为研究对象,采用DNA条形码技术进行种类鉴定,从191个休眠卵中成功获得101条有效序列,鉴定成功率约为53%.根据NCBI数据库比对成功鉴定休眠卵9科12属11种,另有6个样品鉴定到属或科;3个类群的种间遗传距离平均为种内遗传距离的68倍,表明可以利用线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基编码基因(COⅠ)对休眠卵进行有效物种鉴定.通过Neighbor-Joining树进行系统发育分析,发现所鉴定的物种与其参比序列聚类为一支,所有物种分别聚为独立的一个支系,不同物种可有效区分.研究结果均表明,COⅠ基因作为DNA条形码可以实现沉积物中浮游动物休眠卵的物种鉴定.  相似文献   

湖泊沉积物DNA在气候环境变化和生态系统响应研究中的应用     

马睿  陈建徽  刘建宝  袁艳丽  周爱锋  丁国强 《湖泊科学》2021,33(3):653-666

随着气候与生态问题的不断涌现,气候环境变化与生态系统响应研究的重要性日益凸显,而传统方法逐渐难以满足深入研究的需要.现代分子生物技术的快速发展使针对湖泊沉积物的DNA分析逐渐被引入相关研究中,有效弥补了传统研究方法的不足,为研究者提供了理解过去气候和环境变化、生态系统响应的新视角.湖泊沉积物中的DNA蕴藏着丰富的生物群落演变信息,不仅是重建古气候、古环境变化历史的有力工具,更有助于研究生态系统的长期演化过程及内部机制,探讨气候环境变化及人类活动对生态系统的影响.本文分析了保存在湖泊沉积物中DNA的特点,着重介绍湖泊沉积物DNA分析在气候环境变化及生态系统响应研究中的应用,并对该技术目前存在的挑战、可能的解决方案及未来发展潜力进行了总结与展望.  相似文献   

基于环境DNA宏条形码技术的赣江下游(南昌段)鱼类多样性     

周春花  王蓉蓉  王生  郭婷  欧阳珊  吴小平 《湖泊科学》2023,35(4):1423-1432

随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节（春、夏、秋、冬）、不同水层（上层、中层和下层）和不同取样位置（近岸和离岸）比较鱼类环境DNA信息的物种组成和多样性。结果表明：利用环境DNA宏条形码技术在赣江下游南昌段检测到鱼类114种,其中83种为历史记录种。不同季节的鱼类环境DNA信息的多样性和组成显示出极显著差异。上层水检测到的鱼类物种数分别显著多于中层水和下层水,且中层水和下层水检测到的鱼类在上层水中绝大多数都被检测到。上层水、中层水和下层水的鱼类环境DNA信息的多样性和组成不具有显著性差异。近岸检测到鱼类物种数多于离岸的,鱼类多样性指数无显著性差异,但群落结构具有显著性差异。RDA分析表明,赣江下游鱼类环境DNA受温度和pH的影响较大。本研究能够为基于环境DNA宏条形码的赣江鱼类资源的调查提供基线数据,并对后续赣江鱼类资源环境DNA宏条形码监测实施不同目的的采样策略提供依据;可为使用环境DNA宏条形码技术研究流水系统鱼类多样性提供技术参考,为环境DNA宏条形码技术应...  相似文献