一种基于氨基酸物理化学性质上的DNA序列图形表示及相似性分析     

刘法利  赵熙强 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(5)

基于氨基酸的物理化学性质,将氨基酸分为4类,疏水,带电荷,有极性,甘氨酸,在此基础上给出DNA序列一种新的图形表示方法:将1列DNA序列表示为二维空间中的3条特征曲线,利用计算C(i,j)矩阵的主特征值,给出DNA序列的3维特征向量,得到相似距离矩阵.最后计算10种不同物种β-球蛋白第一段外显子的欧式空间距离矩阵D(i,j),并利用UPGMA算法给出了这10种不同物种基于这种相似关系的系统发生树.  相似文献   

东、黄海鲐鱼群体遗传差异的RAPD分析     

邵锋  陈新军 《广东海洋大学学报》2008,28(3)

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分别分析了五岛西部日本鲐、东海西部日本鲐和澳洲鲐三群体的样本,共产生226个分子标记,其中143个为多态性标记,多态百分率达到63.3%,每条引物产生的平均标记数为7.29。五岛西部日本鲐、东海西部日本鲐和澳洲鲐群体内遗传相似度分别为0.949、0.877和0.936,而群体间遗传距离依次为:五岛西部日本鲐-东海西部日本鲐(0.2357)<东海西部日本鲐-澳洲鲐(0.3030)<五岛西部日本鲐-澳洲鲐(0.3528),五岛西部日本鲐与东海西部日本鲐个体在UPGMA系统树独立聚类为两个类群,初步支持东、黄海的日本鲐存在东海西部和五岛西部的两个种群的观点。Shannon多样性指数表明,其遗传多样性大小依次为东海西部日本鲐、澳洲鲐、五岛西部日本鲐。  相似文献   

The complete DNA sequence of the mitochondrial genome of Sinonovacula constricta (Bivalvia: Solecurtidae)     

ZHENG Runling  LI Jiale  NIU Donghong 《海洋学报(英文版)》2010,29(2):88-92

The nucleotide sequence of the mitochondrial genome of the solecurtidae Bivalvia mollusca Sinonovacula constricta (GenBank accession number EU880278) has been determined and is reported here. We determined the complete mitochondrial genome sequence using long-PCR and Shot Gun Sequencing. Contained within the 17 225 base pairs (bp) are the two ribosomal RNA genes and 12 protein coding genes typical of metazoan mitochondrial genomes. The S. constricta mitochondrial DNA (mtDNA) did not contain a gene for atp8, similar to the mtDNA of Crassostrea virginica, Crassostrea giga and Mytilus edulis. The S. constricta mtDNA is 67.0% A+T (A 25.9%, C 10.5%, G 22.5%, and T 41.1%). This value is higher than that for many invertebrate mitochondrial genomes. Only 19 putative tRNA genes are present in S. constricta and 27 noncoding regions, of which two are large in size. The trnE and trnW genes as well as a second trnS were absent in S. constricta. The gene arrangement of S. constricta is different from the other Bivalvia genomes.  相似文献   

Low dimensional chaos in the AT and GC skew profiles of DNA sequences     

周茜  陈增强 《海洋学报(英文版)》2010,29(9)

This paper investigates the existence of low-dimensional deterministic chaos in the AT and GC skew profiles of DNA sequences. It has taken DNA sequences from eight organisms as samples. The skew profiles are analysed using continuous wavelet transform and then nonlinear time series methods. The invariant measures of correlation dimension and the largest Lyapunov exponent are calculated. It is demonstrated that the AT and GC skew profiles of these DNA sequences all exhibit low dimensional chaotic behaviour. It suggests that chaotic properties may be ubiquitous in the DNA sequences of all organisms.  相似文献   

基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析     

任慧敏  张衡  许莎莎  李圣法  李建生  李治洪  何利军 《热带海洋学报》2021,40(5):36-44

竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一, 在海洋食物网中扮演了重要角色, 然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局, 文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明, 中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_d=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系, 利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化, 遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构, 可以作为一个单一的种群加以管理, 人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。  相似文献   

南极磷虾(Euphausia superba)线粒体基因组特征及其分子标记应用          下载免费PDF全文

申欣  孙松  王海青  王敏晓  任建峰  张光涛  刘斌 《海洋与湖沼》2008,39(5):446-454

为揭示南极磷虾（Eupahusia superba）（甲壳动物：软甲纲：磷虾目）线粒体基因组特征，及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记，采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾（PrydzBay）南极磷虾线粒体基因组DNA，综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序：通过生物信息学软件（DOGMA、tRNAscan-SE 1．21和DnaSP4．10．7等）进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498bp以上（部分非编码区未测定），包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比，存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比，出现4个转运RNA基因的易位：trnL1、trnL2、trnW和trnl以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾（Prydz Bay）和威德尔海（Weddell Sea）南极磷虾的线粒体基因组，作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中，变异最大的是nad2基因，差异位点高达61个，其次是nad5基因，差异位点有12个：而coxl基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为coxl基因辅助的分子标记，用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性，为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。  相似文献   

Partial Sequence Analysis of Mitochondrial COI Gene of the Chinese Shrimp, Fenneropenaeus Chinensis   总被引：1，自引：0，他引：1  

GAO Tianxiang  LI Jian  WANG Qingyin  LIU JinxianThe Key Laboratory of Mariculture  Ministry of Education  Ocean University of China  Qingdao  P.R.ChinaYellow Sea Fisheries Research Institute  Chinese Academy of Fishery Sciences  Qingdao  P.R.China 《中国海洋大学学报(英文版)》2003,2(2)

Eight hundred and thirty eight base pair fragment of mitochondrial COI gene of wild and cultured populations (CP1, CP4, CP5 and CP6) of Fenneropenaeus chinensis was amplified and sequenced. The A, T, G and C contents of the sequence were 235bp (28.0% ),.307bp (36.6%), 138bp (16.5%) and 158bp (18.9%), respectively. Furthermore, 556bp fragment of the sequence was used to discuss the phylogenetic relationship among 14 Penaeidae species using Alpheus armillatus as the outgroup. From the molecular phylogenetic tree constructed by neighbor-joining method, we obtained three large shrimp groups: Farfantepenaeus, Litopenaeus and Fenneropenaeus group. The results also indicated that there were a closer genetic relationships between F. aztecus and F. paulensis, L. schmitti and L. setiferus, F. indicus and F. merguiensis, and the genus Farfantepenaeus was closer to Litopenaeus.  相似文献   

三种典型POPs对紫贻贝不同组织DNA损伤的比较研究   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

周海龙  张林宝  曲莹  邵立娜  刁晓平  郑继平  薛钦昭 《海洋科学》2011,35(2):32-37

采用彗星电泳技术,比较研究了Aroclor 1254、BaP、DDT三种典型POPs对紫贻贝(Mytilus edulis)鳃、性腺、消化腺细胞的DNA损伤效应的差异,以期为进一步评价这三种典型POPs遗传毒理机制及其预警监测提供科学依据.结果表明,Tail DNA%是评价DNA损伤的理想指标,另外,在急性毒性试验中,...  相似文献   

Relationships between two Pseudoalteromonas from the Canada Basin and the Southern polyphasic approach strains Ocean isolated using a     

Zeng YinXin  Zheng TianLing 《极地研究(英文版)》2011,(1):25-34

  相似文献   

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

徐敬明  孙翰昌  孙世春 《海洋学报》2011,33(5):124-132

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...  相似文献