用RAPD技术检测龙须菜色素突变体基因组的变化     

李向峰  隋正红  张学成 《海洋与湖沼》2000,31(4):392-397

龙须菜野生型于１９９６年采自青岛太平角,经性别、相态确认后进行实验;突变株为野生型经诱变的配子体。用ＲＡＰＤ技术检测野生型龙须菜及３株色素突变体的基因组特性及差异。共选用１０个随机引物进行扩增,产生１６７条ＤＮＡ片段,检测到３８个多态位点,并显示ｇｒ１８４在０．６６、０７９、２．０ｋｂ处的特征带。结果表明,野生型株藻与突变株基因组有明显差异,在３个突变藻株中,有２株以突变体的基因组更相近。  相似文献   

坛紫菜胞质型抗坏血酸过氧化物酶基因的克隆及特征分析     

张晓龙  杨锐  仪茜茜  孙雪  吴晓微  王亚军 《海洋学报(英文版)》2010,29(5):165-174

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单环刺螠线粒体基因组全序列的获得——长PCR 结合鸟枪法测序   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  吴志刚 《海洋科学》2010,34(12):26-29

由于具有单基因所不可比拟的优势,线粒体基因组现已成为后生动物种群遗传和分子系统发育研究中一个重要的信息来源。本研究选取螠虫动物的代表物种——单环刺螠(Urechis unicinctus),详细阐述了利用长PCR方法扩增其线粒体DNA,获得约15 kb的扩增产物,进而构建shotgun文库,最终成功获得单环刺螠线粒体基因组全序列的流程。本实验流程样品需求量少、设备要求低、简便快捷。  相似文献   

半滑舌鳎雌鱼基因组Fosmid文库构建及分析     

孙晓华  张全启  王旭波  翟腾  齐洁  王志刚  王兴莲  王亚楠 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(8)

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)是我国的大型经济鱼类,其养殖发展迅速。有关半滑舌鳎的基因组文库构建和分析等方面的研究,目前尚未见报道。用流式细胞仪检测雌性半滑舌鳎基因组大小。从半滑舌鳎雌鱼肌肉提取基因组DNA,选取大小合适的DNA片段,经末端修复并回收后,再以Fosmid作为载体,构建半滑舌鳎雌鱼基因组文库。经检测,雌性半滑舌鳎基因组大小约为606.36 Mb。所构建的Fosmid文库含有49 920个克隆,重组率为96.88%;插入片段长度分布在33~45 kb之间,平均为39.2 kb;覆盖雌性半滑舌鳎基因组3.12倍;从文库中筛选得到单拷贝DNA序列的概率为95.6%。对培养第1天和第6天的克隆进行比较,结果表明文库稳定性高,培养过程中没有发生变化。  相似文献   

小黄鱼(Larimichthys polyactis)线粒体基因组结构与特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

柳淑芳  吴仁协  朱玲  庄志猛 《海洋与湖沼》2010,41(6):885-894

采用长片段扩增策略,获得鲈形目石首鱼科黄鱼属小黄鱼的线粒体基因组全序列。组装分析结果表明,其长度为16470bp,H链碱基组成呈明显反G偏倚,G含量仅为16%。13个蛋白质基因起始密码子均为ATG。COI基因的终止密码子为AGA,ND1和ND3基因为TAG,COII、ND4和Cytb基因为不完全终止密码子T,其余7个基因都是完整的TAA。在小黄鱼mtDNA中发现2个特殊发夹结构,一个是轻链复制起始区(OL)的发夹环,位于tRNA簇,环区T含量仅为9%,而G含量达45%,这与哺乳动物和爪蟾该区域富含T有所不同。另一个假定发夹结构位于ATP6基因末端,这种二级结构可能与准确转录有关。该mtDNA控制区长度为799bp,5′端含有9个连续TA串联重复和2个5′-ATGTA---TACAT-3′重复,与已报道的鱼类扩展终止相关序列模式恰恰相反;中央控制区仅识别出CSB-E结构;保守序列区含有CSB-1,2,3,其中CSB-2具有高度保守性。对小黄鱼和大黄鱼的mtDNA比较进化研究,根据分子钟假说,估计二者线粒体基因组的进化分歧时间为4.8百万年前。  相似文献   

合浦珠母贝基因组DNA多态性的RAPD标记   总被引：2，自引：0，他引：2  

杜晓东  叶富良 《广东海洋大学学报》2000,20(2):83-84

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蛋白质组学研究在赤潮藻研究中的应用   总被引：1，自引：1，他引：0  

钱方  朱斌琳  章军 《海洋科学》2006,30(5):83-86

1蛋白质组学的发展随着DNA序列测定技术的飞速发展,人类基因组(Human genome)的测序工作提前完成,人们可以在很短的时间内获得某种生物基因组的全序列。到2004年7月,已经有173种病毒和原核生物基因组的工作已经完成,其中古细菌19种、真细菌154种(蓝藻8种),与此同时一些更高等生  相似文献   

褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)线粒体基因组特征及重排机制研究     

董江星  时伟  孔晓瑜  陈世喜 《热带海洋学报》2018,37(1):1-11

冠鲽科(Samaridae)隶属于鲽形目(Pleuronectiformes), 包含冠鲽属(Samaris)、沙鲽属(Samariscus)和斜鲽属(Plagiopsetta)。目前研究表明, 冠鲽(Samaris cristatus)和满月沙鲽(Samariscus latus)的线粒体基因组结构都有重排, 并且两者的基因数量也有差别。为检测斜鲽属鱼类中是否也有不同的特征结构, 我们选用褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)作为代表种进行斜鲽属鱼类线粒体基因组特征分析, 同时与冠鲽属及沙鲽属鱼类的线粒体基因组特征进行对比。分析显示, 褐斜鲽的线粒体基因组全长为18723bp, 包括39个基因: 13个蛋白基因、24个tRNA基因、2个rRNA基因、2个控制区、1个轻链复制起点和比典型基因组多的13个间隔子。和经典鱼类的线粒体基因组相比, 褐斜鲽和满月沙鲽都多了tRNA-Cys和tRNA-Tyr两个tRNA, 冠鲽只多了tRNA-Cys, 且3个种类都多了一个控制区, 但褐斜鲽与满月沙鲽的基因排列顺序相同。褐斜鲽线粒体基因的重排导致不同位置的6个tRNA形成了六连体基因簇“tRNA-Cys₁-Tyr₁- Ser1-Lys-Arg-Ser2”, “ND5-ND6-Glu-Cytb-Thr”则位于六连体之后, 但这11个基因相对的排序没有发生变化。采用双复制随机丢失模型(double replications and random loss, DRRL)对褐斜鲽基因的重排现象进行分析, 认为该鱼类基因数量、排列顺序以及比典型基因组多13个间隔子等特征为该模型提供了新的依据。  相似文献   

彩虹明樱蛤基因组DNA提取及RAPD扩增的初步研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

於宏  薛良义  张佳峰 《海洋科学》2009,33(3):4-9

对采自浙江温岭的彩虹明樱(Moerella iridescens)养殖群体的DNA提取和RAPD扩增条件进行了研究.从38种随机引物中筛选到重复性好的6种引物分别对11个个体的DNA进行扩增,共产生247个DNA条带(300～1 600 bp),总共检测到43个位点,其中多态位点32个,多态位点比例为74.42%.11个个体间的遗传相似系数在0.553～0.884之间,平均为0.691,个体间的平均遗传距离为0.309.表明该群体的遗传多样性比较丰富,种质资源处于良好状态.  相似文献   

Construction and characterization of a fosmid library for pathogenic bacterium <Emphasis Type="Italic">Vibrio anguillarum</Emphasis>     

韩一凡  莫照兰  茅云翔  肖鹏  李杰  郝斌  郭东升 《中国海洋湖沼学报》2009,27(3):519-526

Vibrio anguillarum is a common bacterial pathogen in fish.However,little is known about its pathogenic mechanism,in part,because the entire genome has not been completely sequenced.We constructed a fosmid library for V.anguillarum containing 960 clones with an average insert size of 37.7 kb and 8.6-fold genome coverage.We characterized the library by end-sequencing 50 randomly selected clones.This generated 93 sequences with a total length of 57 485 bp covering 1.4% of the whole genome.Of these sequences,58...  相似文献