Phylogeny of Saccharina and Laminaria (Laminariaceae,Laminariales, Phaeophyta) in sequence-tagged-site markers     

曲洁琼  张静  王绪敏  池姗  刘翠  刘涛 《中国海洋湖沼学报》2014,32(1):22-33

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Genome-wide survey and analysis of microsatellites in the Pacific oyster genome: abundance,distribution, and potential for marker development     

王家丰  亓海刚  李莉  张国范 《中国海洋湖沼学报》2014,32(1):8-21

Microsatellites are a ubiquitous component of the eukaryote genome and constitute one of the most popular sources of molecular markers for genetic studies. However, no data are currently available regarding microsatellites across the entire genome in oysters, despite their importance to the aquaculture industry. We present the fi rst genome-wide investigation of microsatellites in the Pacifi c oyster Crassostrea gigas by analysis of the complete genome, resequencing, and expression data. The Pacifi c oyster genome is rich in microsatellites. A total of 604 653 repeats were identifi ed, in average of one locus per 815 base pairs(bp). A total of 12 836 genes had coding repeats, and 7 332 were expressed normally, including genes with a wide range of molecular functions. Compared with 20 different species of animals, microsatellites in the oyster genome typically exhibited 1) an intermediate overall frequency; 2) relatively uniform contents of(A)n and(C)n repeats and abundant long(C)n repeats(≥24 bp); 3) large average length of(AG)n repeats; and 4) scarcity of trinucleotide repeats. The microsatellite-fl anking regions exhibited a high degree of polymorphism with a heterozygosity rate of around 2.0%, but there was no correlation between heterozygosity and microsatellite abundance. A total of 19 462 polymorphic microsatellites were discovered, and dinucleotide repeats were the most active, with over 26% of loci found to harbor allelic variations. In all, 7 451 loci with high potential for marker development were identifi ed. Better knowledge of the microsatellites in the oyster genome will provide information for the future design of a wide range of molecular markers and contribute to further advancements in the fi eld of oyster genetics, particularly for molecular-based selection and breeding.  相似文献   

Molecular cloning of Japanese eel Anguilla japonica TNF-α and characterization of its expression in response to LPS,poly I:C and Aeromonas hydrophila infection     

冯建军  关瑞章  郭松林  林鹏 《中国海洋湖沼学报》2014,32(5):1046-1059

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高体(鱼狮)(Seriola dumerili)线粒体全基因组测定及结构特征分析     

王开杰  徐永江  崔爱君  柳学周  姜燕  王滨 《海洋与湖沼》2022,53(1):120-132

为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNA^Gln、tRNA^Ala、tRNA^Asn、tRNA^Cys、tRNA^Tyr、tRNA^Ser、tRNA^Glu、tRNA^Pro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNA^Ser-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。  相似文献   

新疆一种琥珀螺线粒体基因组测序分析     

马蕊  阿尔祖古丽&#;买买提吐尔逊  张卫红 《海洋科学》2022,46(10):159-166

本研究利用高通量测序技术获得采自新疆昭苏琥珀螺科一未知种的线粒体全基因组序列。该种琥珀螺线粒体基因组全长14219bp,由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成。基因组中AT含量为76.43%,GC含量为23.57%,表现出明显的AT偏好性。13个PCGs多使用ATG为起始密码子,TAA为终止密码子。tRNA基因中tRNA-Ser1和tRNA-Ser2缺少DHU臂,其中tRNA-Ser1在缺失的DHU臂处有一个小的茎环结构。非编码区位于COX3与tRNA-Ile之间,长度为58bp。琥珀螺科中现有腐败琥珀螺Succineaputris、五家渠尖缘螺Oxylomawujiaquensis和Omalonyxunguis的线粒体基因组被报道。三者的基因排列顺序和结构基本相似。昭苏琥珀螺未知种的基因排列顺序与它们有所不同。昭苏琥珀螺未知种的tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于COX2和tRNA-Gly之间,上述三种tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于tRNA-Ser2和tRNA-Ser1之间。系统发育树结果显示,琥珀螺科的四种聚为一支,为单系群,其中腐败琥珀螺和Omalonyxunguis亲缘关系更近。本研究结果支持昭苏琥珀螺未知种为中国一未报道的属种,但要确定其是否为一新属新种尚需更多的分子和形态数据。  相似文献   

日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  李晓  徐启华 《海洋学报》2012,34(5):147-153

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。  相似文献   

中国传统聚落景观基因组图谱特征   总被引：5，自引：2，他引：3  

胡最  刘沛林 《地理学报》2015,70(10):1592-1605

传统聚落是优秀的民族文化遗产,现阶段迫切需要加强相关研究方法的探索,这对中国经济和社会发展具有重要意义。针对目前不能有效解释传统聚落景观要素与整体意象之间的关系这一问题,结合生物基因组图谱和传统聚落景观基因理论开展了景观基因组图谱的探索。根据基因的特性,首先阐述了传统聚落景观基因组的概念。在此基础上,本文提出了传统聚落景观基因组图谱的概念并分析了其与景观基因、景观基因组三者之间的关系,进一步分析了传统聚落景观基因组图谱的类型、功能和意义。根据前述理论研究成果,以湖南省具有代表性的30个传统聚落为例,构建了传统聚落景观基因组图谱的案例,据此分析了湖南省传统聚落的群系性特征;同时,以汝城金山村为例进行了传统聚落景观基因组的识别。结果表明,传统聚落景观基因组图谱对于实现传统聚落景观数字化、挖掘传统聚落的规划模式、识别不同区域的传统聚落景观特征等具有实际意义。  相似文献   

泥蚶(Tegillarca granosa)基因组SSR和EST-SSR的开发及比较研究     

周小龙  朱靖华  董迎辉  林志华  富凯立  姚韩韩  齐晓艳 《海洋与湖沼》2013,44(2):467-475

采用SSPHunter软件在泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2—6核苷酸重复序列,根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计47对引物,可成功扩增17对且均为多态性引物,多态率100%,平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点,检出率14.83%,平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物,62对可扩增出目的片段,其中29个位点具有多态性,多态率为46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明,46个多态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关,Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.6640  相似文献   

Characterization of the cyp19a1a gene froma BAC sequence in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) and analysis of its conservation among teleosts     

SHAO Changwei  LIU Geng  LIU Shanshan  LIU Changlin  CHEN Songlin 《海洋学报(英文版)》2013,32(8):35-43

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海藻基因工程进展(Ⅱ)     

姜鹏  秦松  曾呈奎 《海洋科学》1998,22(6):23-25

2　海洋真核藻类基因工程真核藻类遗传转化研究开始于80年代,1982年Rochaix与Dillewijn报道了首例淡水单细胞绿藻——莱茵衣藻Chlamydomonasreinhardii的遗传转化,选用壁缺失突变和精氨酸依赖突变株,使来自酵母的精氨酸基因获得了整合表达的效果。其后,C.reinhardii广泛应用于分子遗传学与基因工程的研究,目前已成为唯一的染色体、叶绿体、线粒体3套基因组均能遗传转化的植物[11]。海洋真核藻类基因工程的研究起步更晚,但发展很快,由于几种大型海藻已实现规模化栽培并形成产业,因此,作为第一步是在经济藻类中人工开展建立模式转化系统的研…  相似文献