龙须菜四分孢子体发育过程的WGCNA分析     

姜敏杰  毕桂萁  王津果  张敬宇  胡依依  李晓东  刘娟  隋正红 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(5)

龙须菜是一种重要的产琼胶海藻,对其繁殖发育的研究将有助于了解龙须菜的生长,有助于育种。本研究对龙须菜不同育性品系(981和鲁龙1号)在不同发育阶段的表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法构建基因共表达网络,共获得32个模块。其中,模块最大基因数量为2 577个,最小基因数为66个。经过筛选发现与品系相关的模块(以0.7为阈值)共5个,涉及基因共2 301个,对模块基因进行GO功能富集分析,结果表明主要富集以下功能上:信号转导、转运、细胞分化、翻译、细胞稳态、生物合成过程等。981品系与鲁龙1号品系的富集结果对比表明981品系在孢子放散过程中生物活性不高,生物合成水平较低,内环境稳态较差。经过KEGG富集,筛选到21个与981品系II期四分孢子形成相关的备选基因,主要富集到DNA复制和染色体形态变化等与细胞周期相关的功能上,表明981品系在孢子形成时期的细胞分裂可能出现异常。本文结果为进一步深入揭示龙须菜四分孢子体发育分子调控机制提供思路和导向。  相似文献   

甲壳动物争斗行为研究进展     

王芳  刘晶晶  刘大鹏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,(2):31-36

争斗残食已成为制约甲壳动物集约化养殖提质增效的瓶颈之一。甲壳动物的争斗行为受诸多外部因素影响,同时受机体生理代谢和基因调控。本文介绍了甲壳动物争斗行为的研究方法,概述了争斗行为的影响因素、生理代谢特征及基因调控等研究成果,提出了系统开展甲壳动物争斗行为量化的必要性及机制研究方向,以期为深入研究甲壳动物争斗行为奠定基础。  相似文献   

北极王湾夏季海水中DMSP降解基因的丰度及分布调查          下载免费PDF全文

刘会军  曾胤新  陆志波  俞勇 《极地研究》2020,32(1):37-46

作为海洋中最丰富的有机含硫化合物之一,二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)不仅在浮游植物细胞内具有重要的生理生化及生态功能,同时也是海洋微生物的重要营养物,其分解产物二甲基硫(DMS)还是海洋中最重要的还原态挥发性生源有机硫化物,因此DMSP的代谢在全球硫循环中扮演着重要角色。细菌可通过脱甲基与裂解这两条途径降解海水中的DMSP,从而决定硫元素是以含硫蛋白形式进入微生物食物网还是以DMS形式进入大气。截至目前,在高纬度北极海域开展的有关细菌降解DMSP的相关研究报道很少。本文采用荧光定量PCR技术,首次对北极王湾夏季(2015及2016年)海水中涉及细菌降解DMSP的两条主要代谢途径中的脱甲基酶基因dmdA及裂解酶基因dddP的丰度及分布进行了检测。结果显示, 2015—2016年海水中DMSP降解酶基因(dmdA、dddP)与细菌16S rRNA基因的丰度比值的平均值分别为0.25%±0.31%、0.32%±0.58%。2015年水样中,除K5站位的dddP基因之外,表层水中dmdA及dddP的丰度相对值从湾口至湾内均呈递增趋势。但2016年的结果却显示出很大差异:湾口附近dmdA基因丰度相对值总体高于湾内;表层水中的dddP基因丰度相对值变化趋势不明显,而深层水中dddP基因丰度相对值从湾口到湾内总体呈递减趋势。本次研究的结果初步表明,含有DMSP降解基因的浮游细菌在王湾夏季水体中丰度很低,而且参与不同代谢途径的DMSP降解菌在海水中的时空分布存在很大变化。对于王湾水域中细菌参与DMSP分解代谢及其在当地硫元素循环中的生态地位的进一步认识,尚待后续研究工作的深入开展。  相似文献   

三种鳜鱼(Siniperca)生长激素基因的克隆及序列比较   总被引：4，自引：1，他引：3  

鲁双庆  刘峰  刘臻  张建社  谢新民 《海洋与湖沼》2008,39(4)

采用长片段PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆翘嘴鳜、大眼鳜和斑鳜含完整阅读框的生长激素（Growth Hormone,GH）基因DNA全序列,翘嘴鳜序列全长5548bp,大眼鳜序列全长5483bp,斑鳜序列全长5789bp,提交GenBank数据库后获得注册号分别为EF205280、EF205281、EF441623。三种鳜鱼GH基因均由六个外显子、五个内含子组成;均在第二内含子中相同位置发现“AG”微卫星重复序列;均在第三内含子末端发现一处剪接位点序列的相邻重复。三种GH基因在第一、二、三内含子处存在碱基长度差异。序列间差异主要表现为邻近序列的重复、DNA片段的缺失或插入及单核苷酸多态性（SNP）。翘嘴鳜与大眼鳜GH基因编码氨基酸序列完全相同,两者与斑鳜序列在第150位有一个氨基酸残基差异。采用MEGA软件对三种鳜鱼GH基因DNA序列及编码氨基酸序列分别构建UPGMA系统发育树,结果表明,在系统发育中,斑鳜可能最先从共有祖先物种中分化出来。  相似文献   

可口革囊星虫(Phascoloma esculenta)铁结合蛋白基因的研究   总被引：2，自引：2，他引：0  

杜莉利  李太武  苏秀榕  李登峰 《海洋与湖沼》2008,39(3):252-256

根据已报道的铁结合蛋白基因的保守序列设计引物,用cDNA末端快速扩增(RACE)法,成功地从可口革囊星虫体液中获得铁结合蛋白基因的全长序列.结果表明,该基因cDNA全长1017bp,5'-端非编码区为15lbp,3'一非编码区为341bp,开放阅读框长度为525bp(括一个终止密码子),可编码175个氨基酸(GenBank:EU091352).该序列与加洲海兔、皱纹盘鲍、刺参、微小牛蜱、叉尾鲴、非洲爪蟾、小家鼠、人等的铁结合蛋白基因有67%-75%的同源性,而相应的氨基酸同源性为59%-76%.氨基酸相似性为74%*-89%%.分析结果表明,铁结合蛋白基因在动物进化中是高度保守的.  相似文献   

台湾海峡多管水母属——新种及基于线粒体COI序列分析鉴定多管水母   总被引：1，自引：0，他引：1  

郑连明  林元烧  李少菁  曹文清  许振祖  黄加祺 《海洋学报》2008,30(4):139-146

报道了中国台湾海峡多管水母属一新种——台湾多管水母(Aequorea taiwanensis n.sp.),详细描述其形态特征,并基于线粒体COI基因片段序列,比较、分析了该新种和乳突多管水母、锥状多管水母的序列差异及遗传距离。形态学和分子学数据都支持台湾多管水母为多管水母属有效种。3种多管水母mtCOI基因片断序列在种间存在明显的多态性,3种多管水母的种间序列差异为9.10%~11.9%,种间遗传距离为0.097~0.130,说明该基因片段适用于多管水母属种、种以下阶元及地理种群甄别和种间系统进化学分析。结合其他学者研究结果,认为mtCOI序列差异10%~20%可以作为多管水母属及其他水螅水母纲动物同属种间差异的标准。  相似文献   

青藏高原构造混杂岩带的孕灾地质基因与重大工程地质问题研究     

张永双  王冬兵  李雪  吴瑞安  唐渊  任三绍  李金秋  罗亮 《地质学报》2024,98(3):992-1005

孕灾地质基因是指一定区域所具有的促进地质灾害孕生的内在关键因素。板块构造混杂岩带所处的特殊构造部位决定了其复杂的演化过程和特殊的地质基因。本文在梳理青藏高原构造混杂岩带地质特征的基础上,总结分析了其孕灾地质基因,包括活跃的地质构造、复杂的水热条件、混杂的岩性组合、特殊的蚀变软岩和构造岩溶导水通道等,是引发重大地质灾害和工程地质安全风险的根源。结合典型案例,剖析了构造混杂岩带大型滑坡的成因类型主要有三大类：构造控制型、泥质软岩控制型和蚀变蛇绿岩带控制型,其中蚀变蛇绿岩带是构造混杂岩带最具特色的易滑地质结构,具有典型的地质构造与特殊岩性联合控制特征。构造混杂岩带隧道工程变形破坏主要有塌方、水平收敛、环向收敛、底鼓和错断等五种模式,黏土化蚀变软岩的不良工程特性是制约构造混杂岩带隧道围岩稳定性的重要因素。针对传统的工程地质理论和灾害风险防控技术难以适应构造混杂岩带大规模工程建设面临的挑战,提出了有待深入研究的关键问题和防灾减灾策略。  相似文献   

两种相手蟹线粒体 COI 基因序列的比较研究     

徐敬明  方华华  高天翔 《海洋通报》2007,26(6):26-31

测定了褶痕相手蟹(Sesarma plicata)和红螯相手蟹(S.haematocheir)线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因片段的序列,其长度均为658bp,A,T,G,C的平均含量分别为28.6%,37.5%,17.0%,16.9%和29.5%,39.0%,16.2%,15.3%。2种蟹共出现5种单倍型,褶痕相手蟹2种,红螯相手蟹3种。两种间有75个(11.4%)多态性核苷酸位点,其中转换42个,颠换33个;种间差异远大于种内个体间差异。2种相手蟹的AT含量明显高于GC含量,这与其它海产甲壳动物COI基因研究结果相似。  相似文献   

哈维氏弧菌FlaA基因的克隆、序列分析及真核表达质粒的构建     

庄轩  覃映雪  苏永全  王军  丁少雄 《海洋学报》2007,29(6):74-79

哈维氏弧菌是水产病害中常见的致病菌.参照基因库上登录的弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因序列设计简并引物,PCR扩增哈维氏弧菌TS-628株的FlaA全基因,并克隆到pMD 18-T载体中测序,经序列分析该基因全长1 140 bp,编码379个氨基酸.与基因库中其他弧菌的同源基因序列比较显示,哈氏弧菌FlaA基因与霍乱弧菌FlaA基因的同源性最高(79.5%),该基因编码的多肽缺乏半胱氨酸,并在N-,C-两端的氨基酸序列较为保守,中间区域的变异较大.对该蛋白的氨基酸组成及空间结构进行了分析和预测,并推测该蛋白质的平均分子量为40.6 kDa.在该基因末端加上一段编码Flag短肽的核苷酸序列后克隆到真核表达载体pcDNA3.1(+),获得带哈氏弧菌鞭毛丝蛋白FlaA基因的真核表达重组质粒pcDNA-FlaA-tag,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础.  相似文献   

辽宁沿海巨蛎属牡蛎的分布   总被引：4，自引：0，他引：4  

张娜  刘晓  许飞  吴富村  郭希明  李霞  张国范 《海洋科学》2007,31(9):91-95

作者采用多重种特异性PCR(multiplex species-specific PCR)技术,研究了巨蛎属(Crassostrea)牡蛎在辽宁沿海的分布。从辽宁沿海的共11个采样点共采集802个牡蛎样本,通过对COI基因的扩增,随机检测了其中的531个牡蛎样本,结果517个个体为长牡蛎(Crassostrea gigas),14个为近江牡蛎(Crassostrea ariakensis),未发现其他巨蛎属牡蛎。结果表明,辽宁沿海有长牡蛎和近江牡蛎等2种巨蛎属牡蛎分布,其中长牡蛎为优势种,分布于潮间带和潮下带,近江牡蛎为稀有种,分布于潮下带,而且在黄海和渤海海域均有分布。  相似文献