应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究     

刘庆明  李猛  马爱军  王新安  黄智慧  郭建丽 《海洋与湖沼》2012,43(6):1141-1148

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。  相似文献   

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

田美  申欣  孟学平  程汉良 《台湾海峡》2012,31(2):189-194

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.  相似文献   

基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘磊  李健  刘萍 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2012,(Z2):38-44

用6个微卫星标记对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的6个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星标记在6个家系中显示了高度的遗传差异,6个位点的多态信息含量(PIC)分别为Pot09位点0.6045,Pot14位点0.6072,Pot17位点0.8130,Pot18位点0.6870,Pot25位点0.7839,Pot42位点0.6330。6个多态性位点共发现了32个等位基因,每个位点的等位基因数在4～8个之间。不同位点共发现7个家系特异性等位基因,2#和3#家系中各发现2个,1#、5#、6#家系中各发现1个,4#家系未发现特异性等位基因。根据已知亲本及子代基因型,可推断出6个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在Pot18位点可将1#家系和6#家系与其他家系相区别;Pot14位点和Pot17位点可将3#家系与其他家系相区别;Pot42位点可将5#与其他家系相区别;Pot17位点和Pot25可将2#家系与其他家系相区别。因此,Pot18位点、Pot14位点和Pot17位点、Pot42位点、Pot17位点和Pot25位点可分别用于鉴别1#和6#家系、3#、5#、2#家系的特异性标记。研究表明,在选用的6个微卫星标记中,最少选用3个标记可鉴别6个三疣梭子蟹家系。  相似文献   

基于S3VM模型的高光谱遥感影像分类     

魏立飞  俸秀强  李丹丹  牟紫薇 《测绘通报》2017,(12):43-47

针对传统的高光谱遥感影像分类受限于训练样本的个数,难以取得较好分类结果的不足,提出了一种基于聚类核的半监督支持向量机（S³VM）模型的高光谱遥感影像分类方法。该算法在半监督支持向量机的体系上加入未标记样本来辅助构建核矩阵,从而获得更优异的分类器,在小样本的基础上提高分类精度。试验结果表明,本文方法的分类精度好于传统方法,并且稳定性良好。  相似文献   

太平洋牡蛎HSP70基因SNPs开发及其与温度相关性分析     

《广东海洋大学学报》2017,(3)

利用高通量二代测序联合先进的高分辨率熔解曲线技术,在牡蛎HSP70基因中开发并验证SNP标记,获43个能够分型的SNP标记,其中33个转换类型SNP,10个颠换类型SNP标记。随机挑选8个SNP位点在大连及厦门共计116个样本中进行分型分析,8个标记位点均符合H-W平衡,最小等位基因MAF在0.037 3~0.495 7之间。有2个标记基因型在不同地域群体间具有显著差异,O_H70-20标记的T等位基因在南方群体中的频率更高,表现出更高温度耐受性(P=0.025,OR=1.809,95%CI:1.074~3.044)。O_H70-41位点T等位基因频率在大连群体中明显高于厦门群体(P=0.003,OR=0.394,95%CI:0.210~0.733),该位点的T等位基因携带个体则表现出低温耐受性。NGS-HRM策略为牡蛎SNP标记开发提供简洁、高效的方法。  相似文献   

Quality evaluation model for map labeling   总被引：2，自引：0，他引：2  

FANHong ZHANGZuxun DUDaosheng 《地球空间信息科学学报》2005,8(1):72-78

This paper discusses and sums up the basic criterions of guaranteeing the labeling quality and abstracts the four basic factors including the conflict for a label with a label, overlay for label with the features, position‘s priority and the association for a label with its feature. By establishing the scoring system, a formalized four-factors quality evaluation model is constructed. Last, this paper introduces the experimental result of the quality evaluation model applied to the automatic map labeling system-MapLabel.  相似文献   

一种利用纹理特征和朴素贝叶斯分类器检测近景影像植被的方法     

詹总谦  来冰华  万杰  李楼 《武汉大学学报(信息科学版)》2013,38(6):665-668

针对植被对近景摄影测量自动滑坡监测影响严重的问题,提出了一种基于纹理特征和朴素贝叶斯分类器的滑坡植被区域检测算法。对算法的有效性、影像对比度拉伸以及样本训练通用性对检测植被区域的效果等若干问题进行了实验探讨。通过与基于视觉认知特征的检测方法比较,验证了本算法的实用性和有效性。实验结果表明,本文算法能够很好地检测出近景影像中的植被区域,结果比较满意。  相似文献   

宽观测带SAR图像入射角效应量化研究与校正     

郎文辉  磨玲  杨学志  张杰  孟俊敏 《遥感学报》2013,17(5):1281-1294

针对宽观测带SAR图像,在对入射角效应量化研究的基础上,提出了一种入射角效应按类校正方法。利用分水岭分割和区域标记技术实现地物取样,基于结合线性回归估计的余弦朗伯定律,实现对地物后向散射值的按类辐射校正。针对Envisat ASAR C波段HH极化数据的实验结果表明,入射角效应对雷达后向散射有明显的影响,含水量越高的地物类型,入射角效应越明显。利用本文方法进行入射角效应校正的效果优于绝对定标和一阶余弦校正的效果。  相似文献   

哮喘呼吸器植入GPS     

《测绘信息与工程》2011,(3):4

两年前曾报道过国外一家大学利用GPS进行标记,研究是什么东西引发了哮喘疾病。最近又看到一篇报道,他们将会把这个名为Spiroscout的哮喘呼吸器变成一个商业产品。这样病人在使用呼吸器时可将GPS数据传入服务器,  相似文献   

Genetic variability of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis populations using microsatellite markers     

LIU Yunguo  GUO Yinghui  LIU Shuaishuai  LI Junfeng  YE Naihao 《海洋学报(英文版)》2011,30(3):76-83

Ten highly variable microsatellite loci were performed in order to evaluate the genetic variability of wild and hatchery samples of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis. A group of 200 genotypes belonging to four wild samples, Laizhou (LZ), Weihai (WH), Qingdao (QD), Rizhao (RZ) and one hatchery sample, Mingbo (MB), were screened. All of the ten microsatellite loci screened in this study showed marked polymorphism. A total of 70 different alleles were observed over all loci. The number of alleles per locus ranged from 4.2 to 10.6. The average of expected and observed heterozygosity ranged from 0.67 to 0.82, and from 0.77 to 0.87, respectively. A total of 10, 16, 10, 11 and 5 unique alleles each were found in LZ, WH, QD, RZ and MB populations. The effective number of alleles varied from 2.87 for HSTS_7 to 6.83 for HSTS-h. The number of average genotypes ranged from 6.0 for HSTS_a to 15.4 for HSTS_h. As compared with the wild populations, the hatchery population, MB, showed significant genetic changes such as fewer alleles per locus (P <0.05), a smaller number of low frequency alleles (P <0.05), a small number of unique alleles and a small number of genotypes (P <0.05), all indicative of a reduction in genetic diversity.  相似文献