对虾白斑综合症病毒vp15基因的RNA干扰研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

张衡  谷力  杨丰 《台湾海峡》2012,31(1):47-52

VP15是对虾白斑综合症病毒(WSSV)的一种核衣壳蛋白,以往的研究表明VP15属DNA结合蛋白,具有潜在的浓缩包装病毒基因组的功能.利用RNAi技术将vp15基因沉默,来研究vp15基因沉默后对WSSV增殖及结构的影响.体外合成了vp15基因的特异双链RNA(vp15-dsRNA)和非特异双链RNA(gfp-dsRNA),分别与WSSV混合共注射淡水原克氏螯虾.在感染后24、36、48 h,每个实验组分别取病虾步足肌肉,样品用Trizol试剂盒提取RNA用于RT-PCR检测、用病毒检测试剂盒提取DNA模板用于荧光定量PCR分析.另外每组随机选取1只虾,取中肠,用于树脂包埋组织超薄切片分析.逆转录PCR分析结果显示vp15-dsRNA能特异性敲除vp15基因转录表达,实时荧光定量PCR分析结果显示vp15-dsRNA干扰vp15基因的表达能有效抑制WSSV病毒粒子的增值.此外,利用树脂包埋组织超薄切片电子显微镜技术观察发现vp15基因被干扰后病毒粒子数量上明显降低并且引起病毒粒子包装异常.通过vp15基因特异dsRNA干扰,有效抑制了WSSV病毒增殖,此外进一步阐明VP15蛋白的功能及其在病毒组装方面的重要作用,对进一步了解病毒组装以及病毒防治具有重要的意义.  相似文献   

3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析     

刘连为  陈新军  许强华  王从军  余为 《广东海洋大学学报》2013,(6):24-29

为准确检测柔鱼（Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼（ Dosidicus gigas）与阿根廷滑柔鱼（ IIIex argentinus ） 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b（Cytb）与编码核糖体大亚基的基因（28SrDNA）片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A＋T含量（16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ） 均明显高于C＋C含量（16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ）,而在28SrDNA 基因片段上的A＋T含量（37.16%、36.74%、38.29% ）明显低于C＋C含量（62.84%、63.26%、61.71 %）0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。  相似文献   

我国东南海域2个新记录拟菱形藻物种及其产毒特征     

黄春秀  董焕嫦  李扬 《海洋与湖沼》2017,48(4):767-776

为丰富我国拟菱形藻属的物种多样性,并澄清其产毒特征,本文从我国东南海域分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征,还有基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的2个新记录种:镰刀拟菱形藻(P.sabit Teng,Lim,LimLeaw)和中鼓拟菱形藻(P.inflatula(Hasle)Hasle)。镰刀拟菱形藻的典型形态特征是壳面呈现镰刀状,点条纹由两排孔纹组成,与并基拟菱形藻(P.decipiens)的系统学关系最为接近,ITS2-RNA有2个补偿碱基差异。中鼓拟菱形藻主要形态特征是壳面呈直线形,点条纹由单排孔纹组成,孔纹内部以上下两分区为主,与格氏拟菱形藻(P.granii)和亚弧线拟菱形藻(P.subcurvata)的亲缘关系接近,ITS2-RNA二级结构分别有4个补偿碱基差异。另外,利用高效液相色谱-质谱联用法对培养藻株的产毒特征进行了分析,未检测到多莫酸。本文为我国拟菱形藻属的物种多样性做了必要的补充,还可为拟菱形藻的毒理研究提供基础数据。  相似文献   

淡水枝角水蚤(Daphnia pulex)微小RNA(miRNA)的生物信息学发掘与分析     

柳承璋  李富花  相建海 《海洋与湖沼》2013,44(4):837-845

微小RNA(microRNA或miRNA), 是广泛存在于多细胞生物及其病毒的一类由22个左右核苷酸组成的内源性非编码RNA, 具有转录后水平上的基因表达调控功能。本文在淡水枝角水蚤的全基因组序列的基础上, 通过生物信息学方法对淡水枝角水蚤(Daphnia pulex) miRNA进行了发掘, 得到miRNA前体(pre-miRNA) 252个、可编码262个功能miRNA; 发现了6个miRNA簇。8号染色体miRNA的出现频率显著高于其他染色体, 而4号染色体miRNA频率明显显著较低。通过与几种两侧对称动物的聚类分析将pre-miRNA归为191个miRNA家族, 其中105个家族为淡水枝角水蚤所特有, 15个家族为节肢动物门特有。在几种两侧对称动物中, 淡水枝角水蚤的miRNA与果蝇最为相似。  相似文献   

青岛海区4种大型海藻可培养附生细菌多样性研究     

赵锐  王红  史晓翀  张晓华 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2013,(3):44-49

为研究与生物膜相关的海洋细菌的多样性,在青岛近海海域,选取黏管藻、裙带菜、囊藻和浒苔4种大型海藻,分离其附生海洋细菌。使用2216E、海水R2A、TCBS和海水琼脂4种培养基平板,分离纯化得到99株海洋细菌。16SrD-NA序列分析表明,变形菌门细菌在数量、种类等方面,均占主导地位。这些菌株绝大多数为变形菌门的γ-变形菌纲(94株)和α-变形菌纲(3株),仅有1株为放线菌门,1株为厚壁菌门。其中丰度最高的3个属分别为假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas,22株)、弧菌属(Vibrio,20株)和盐单胞菌属(Halomonas,15株),其次为食烷菌属(Alcanivorax,9株)、肠杆菌属(Enterobacter,8株)、假单胞菌属(Pseudomonas,7株)、气单胞菌属(Aeromonas,5株)、交替单胞菌属(Alteromonas,4株),其它9个属丰度较低。本研究为进一步探讨与生物膜相关的海洋细菌的多样性及其应用奠定了基础。  相似文献   

Distribution and Variation of Ribonucleic Acid （RNA） and Protein and Its Hydrolysis Products in Lake Sediments     

梁小兵  万国江  黄荣贵 《中国地球化学学报》2002,21(2):175-185

Protein and RNA in lake sediments tend to be decomposed progressively with time and sedimentation depth. Their concentrations tend to decrease starting from the sedimentation depth of 17 cm and that of 19 cm, respectively. However, the products of their decomposition —amino acids and nucleotides show different rules of variation. At the depth from 27 cm to 30 cm the amino acids are most abundant in the pore waters of lake sediments. Such variation tendency seems to be related to the extent to which microbes utilize amino acids and nucleotides. Due to polymerization in the geological processes and the adsorption of protein on minerals and organic polymers, below the sedimentation depth of 17 cm there is still a certain amount of protein in the sediments. With the time passing by, protein has been well preserved in various sediment layers, indicating that its decomposition is relatively limited. The peak values of protein content in the sediments of the two lakes are produced in the surface layers at the depth of 10 cm, implicating that the surface sediments are favorable to the release of protein. The contents of amino acids in the pore waters of lake sediments are closely related to the activities of microbes. Below the depth of 27 cm, the amino acids are significantly accumulated in Lake Aha sediments, probably indicating the weakening of microbial activities. The research project was financially supported jointly by the Ntional Natural Science Foundation of China (No. 40173038) and the Guizhou Provincial Foundation (No. 3090) and the Chinese Academy of Sciences Knowledge-Innovation Foundation (KZCX2-105).  相似文献   

5种石斑鱼核糖体DNA ITS1序列及其分子系统进化关系     

周爱国  谢少林  陈金涛  陈言峰  邹记兴 《海洋科学》2015,39(8):7-15

为了明确分布于中国海域点带石斑鱼(Epinephelus malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、巨石斑鱼(E.tauvina)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)和宝石石斑鱼(E.areolatus))等石斑鱼属(Epinephelus)鱼类的系统发育关系,作者采用PCR和DNA测序技术,测定了5种石斑鱼属鱼类的核糖体DNA ITS1序列,获得其ITS片段长度分别为537、536、535、528、532 bp。研究结果表明:5种石斑鱼r DNA ITS1序列的碱基组成趋势相似,A+T含量皆低于C+G含量,A+T含量最低为宝石石斑鱼(37.6%),最高为六带石斑鱼(41.5%);基于Kimura-2双参数模型计算得到上述石斑鱼种间遗传距离在0.0000~0.3002。基于MP法、ML法和NJ法构建的3种分子系统树表明,r DNA ITS1序列与形态呈同步进化关系,宝石石斑鱼与其他4种石斑鱼的亲缘关系较远,表明在所研究的物种中最早分化而出,而点带石斑鱼与青石斑鱼的亲缘关系最近,分化的时间最晚。  相似文献   

中国沿海寄生性病原血卵涡鞭虫(Hematodinium sp.)的遗传多样性研究     

肖洁  张学雷  刘瑞娟  李才文 《海洋与湖沼》2015,46(3):481-488

血卵涡鞭虫是一类感染海洋甲壳类动物的寄生性甲藻。本研究通过对我国山东、浙江和广东三地的血卵涡鞭虫群体进行r DNA基因(包括5.8S,ITS1和ITS2)的测序和遗传分析,研究了我国沿海养殖蟹类中血卵涡鞭虫群体的遗传多样性以及与美国和欧洲群体的亲缘关系。结果表明,流行于我国沿海地区养殖蟹类中的血卵涡鞭虫群体存在一定的遗传多态性,共发现14个单倍型,其中单倍型ST041a在各个群体中均有出现,且发生频率较高;而三个地理群体之间无明显遗传差异,侵染不同宿主(三疣梭子蟹和拟穴青蟹)的株系间也无显著遗传差异。另外,我国的上述群体在遗传上是不同于国际上其他地区的独立分支,属于Hematodinium perezi基因型Ⅱ;其亲缘关系与美国兰蟹中的株系较近(遗传距离D=0.027),而与欧洲冷水株系稍远(D=0.236)。本研究肯定了血卵涡鞕虫是一类"泛宿主"型病原生物,即在同一地区可侵染不同的甲壳类宿主。我国沿海地区的蟹类养殖应避免不同种类间的混养,以及不同地区间的引种交换,以防止血卵涡鞕虫流行病的进一步扩散。  相似文献   

胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

门荣新  杨官品  刘永健  管晓菁 《海洋与湖沼》2005,36(1):88-96

采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。  相似文献   

Coextraction of microbial metagenomic DNA and RNA from deep-sea sediment     

ZHAO Jing  YANG Xiangsheng  ZENG Runying 《海洋学报(英文版)》2007,26(6):150-157

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