新疆一种琥珀螺线粒体基因组测序分析     

马蕊  阿尔祖古丽&#;买买提吐尔逊  张卫红 《海洋科学》2022,46(10):159-166

本研究利用高通量测序技术获得采自新疆昭苏琥珀螺科一未知种的线粒体全基因组序列。该种琥珀螺线粒体基因组全长14219bp,由13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及1个控制区组成。基因组中AT含量为76.43%,GC含量为23.57%,表现出明显的AT偏好性。13个PCGs多使用ATG为起始密码子,TAA为终止密码子。tRNA基因中tRNA-Ser1和tRNA-Ser2缺少DHU臂,其中tRNA-Ser1在缺失的DHU臂处有一个小的茎环结构。非编码区位于COX3与tRNA-Ile之间,长度为58bp。琥珀螺科中现有腐败琥珀螺Succineaputris、五家渠尖缘螺Oxylomawujiaquensis和Omalonyxunguis的线粒体基因组被报道。三者的基因排列顺序和结构基本相似。昭苏琥珀螺未知种的基因排列顺序与它们有所不同。昭苏琥珀螺未知种的tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于COX2和tRNA-Gly之间,上述三种tRNA-Tyr和tRNA-Trp基因位于tRNA-Ser2和tRNA-Ser1之间。系统发育树结果显示,琥珀螺科的四种聚为一支,为单系群,其中腐败琥珀螺和Omalonyxunguis亲缘关系更近。本研究结果支持昭苏琥珀螺未知种为中国一未报道的属种,但要确定其是否为一新属新种尚需更多的分子和形态数据。  相似文献   

利用线粒体DNA 控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性   总被引：5，自引：2，他引：3  

李莹  王伟  孟凡平  李占东 《海洋科学》2012,36(8):40-46

利用PCR技本扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型.中性检验Fu's Fs值为-0.14881(P＜0.01).分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P＜0.01),73.98％的变异来自群体间,26.02％的变异来自群体内.根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树.其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支.研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析.  相似文献   

日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  李晓  徐启华 《海洋学报》2012,34(5):147-153

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。  相似文献   

3种柔鱼线粒体基因与核核糖体基因片段序列比较分析     

刘连为  陈新军  许强华  王从军  余为 《广东海洋大学学报》2013,(6):24-29

为准确检测柔鱼（Ommαstrephesbartram川、茎柔鱼（ Dosidicus gigas）与阿根廷滑柔鱼（ IIIex argentinus ） 的种间遗传差异,对线粒体16SrRNA、细胞色素b（Cytb）与编码核糖体大亚基的基因（28SrDNA）片段序列进 行测定。经比对获得同源片段序列的长度分别为444、430、464坤,其中16SrRNA与28SrDNA基因片段上分别存在3处和47处碱基插入/缺失。核昔酸组成分析表明;3种柔鱼在3个基因片段上的核音酸组成差异不显著, 在线粒体2个基因片段上的A＋T含量（16SrRNA;69.90%、72.01%、74.66%; Cytb; 63.61%、68.91%、71.65% ） 均明显高于C＋C含量（16SrRNA;30.10%、27.99%、25.34%; Cytb; 36.39%、31.09%、28.35% ）,而在28SrDNA 基因片段上的A＋T含量（37.16%、36.74%、38.29% ）明显低于C＋C含量（62.84%、63.26%、61.71 %）0 3种柔鱼 在28SrDNA基因片段上检测到的核昔酸替代率最低,为6.68%,而蛋白质编码基因Cytb核昔酸替代率最高,为 20.93%,核营酸替代均发生在密码子第3位点上,而且未引起氨基酸替代。基于邻接法、最大简约法与最大似然 法重建的系统树显示,柔鱼与茎柔鱼的亲缘关系较近。根据C严b基因片段序列分析,柔鱼与茎柔鱼和阿根廷滑柔鱼的分歧时间分别为653-790万a和765 - 925万a,种间分化事件发生在中新世至上新世间。  相似文献   

基于COI序列比较中国和科威特养殖鲳鱼群体的遗传差异     

孙鹏 《海洋科学》2015,39(1):53-58

为探讨中国和科威特鲳鱼(Pampus)养殖群体的遗传差异和遗传多样性,本研究对两个鲳鱼群体线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(COI)部分序列进行了比较和分析。通过PCR扩增和测序,共获得COI基因片段47条,定义了8个单倍型。两个群体的COI序列的A+T含量均高于G+C含量,在中国养殖群体中检测到4个变异位点,在科威特群体中检测到14个。两个群体的单倍型多样性水平较高(0.566~0.643),但核苷酸多样性水平均较低(0.0022~0.0030)。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明中国和科威特养殖群体的遗传差异较大,高于种内差异水平,因此两个养殖群体并非同一种鲳属鱼类。  相似文献   

基于mtDNA控制区序列的3个黑棘鲷群体遗传结构特性研究   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

施晓峰  苏永全  王文成  王军 《热带海洋学报》2015,34(1):56-63

  相似文献   

黄鲷线粒体COⅠ基因部分序列遗传变异研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

张凤英  夏连军  马凌波  施兆鸿  马春艳 《热带海洋学报》2005,24(5):83-89

对采自中国东海外海和日本海的黄鲷Taius tumifrons线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COⅠ）基因进行了研究。利用通用引物对该序列进行了PCR扩增,去掉两端引物及部分序列共得到590bp的碱基片断,其中A、T、G、C平均含量分别为30．4％、24．3％、25．0％和20．3％,A＋T（54．7％）高于G＋C（45．3％）含量。在获得的9个序列中共发现有156个碱基存在变异,其中包括42处简约信息位点,没有发现碱基的插入和缺失,序列中的转换大于颠换。实验结果显示,个体间的遗传距离在0-0．2236之间,c3和j3与其它个体相比遗传差异明显。2群体间平均遗传距离为0．0897,而东海和日本海群体内的平均遗传距离分别为0．0869和0．1133,说明黄鲷个体间遗传差异较大,但群体间的遗传差异不明显。  相似文献   

雌核发育银鲫两个不同品系线粒体DNA比较   总被引：16，自引：0，他引：16  

樊连春  赖宇鹏  朱蓝菲  梁绍昌  桂建芳 《海洋与湖沼》2000,31(4):370-377

于１９９６年４月在中国科学院水生生物研究所关桥实验场取得银鲫Ｅ系（８♀,２♂）和Ｄ系（９♀,１♂）的卵巢（♀）或肝脏（♂）组织,分离纯化其线粒体ＤＮＡ,以此为材料,用２５种限制性内切酶分析了银鲫这两个雌核发育系的线粒体ＤＮＡ,构建了两系鱼ｍｔＤＮＡ的１９种酶个位点的酶切图谱。统计比较酶切片段的大小,发现５种内切酶（ＡｖａＩＩ,ＢａｍＨＩ,ＢｇｌＩ,ＳｐｈＩ,ＸｂａＩ）酶切位点在两个雌核发育系间存在  相似文献   

Phylogeny of the cuttlefishes (Mollusca: Cephalopoda) based on mitochondrial COI and 16S rRNA gene sequence data   总被引：5，自引：0，他引：5  

LIN Xiangzhi  ZHENG Xiaodong  XIAO Shu  WANG Rucai 《海洋学报(英文版)》2004,23(4):699-707

To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16S rRNA gene are sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method. Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order Sepioidea, which includes the families Sepiidae, Sepiolidae and Idiosepiidae, is not supported. From the two families of Sepioidea examined, the Sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16S rRNA and amino acid of COI gene sequences data, the two genera (Sepiella and Sepia) from the Sepiidae can be distinguished, but do not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16S rDNA of cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at a higher taxonomic level (i.e., family).  相似文献   

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12S rRNA   总被引：5，自引：0，他引：5  

高天翔  张秀梅  吉崎悟朗  渡边精一 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(1):43-47

参考果蝇与蚤状  相似文献