微绿球藻DNA质粒文库的构建     

赵大显  周志刚 《海洋科学》2006,30(5):87-91

微绿球藻(Nannochloropsis oculata)DNA被提取纯化并经超声波处理后,将所得大小在1.6~3 kb之间的DNA片段用T4 DNA聚合酶补平,再与SmaI酶切消化并经去磷酸化处理的质粒载体pUC18连接,转化至DH10B大肠杆菌(Escherichia coli)的感受态细胞中。建立的DNA质粒文库容量含2×104个克隆,其中重组子占90%。随机挑选白色菌落并培养,抽提的质粒经XbaI和SacI双酶切鉴定,显示重组的质粒中均含有大小不等的DNA插入片段。  相似文献   

谷胱甘肽酵母水解物对干露胁迫下凡纳滨对虾肝胰腺糖代谢相关基因的影响     

陈建东  张玲  程涛  胡祥娜  杨凡  易建华  杨志龙  李兆文  谭北平  迟淑艳  曹爱巧 《广东海洋大学学报》2024,(1):153-160

【目的】探究富含谷胱甘肽的酵母水解物对干露胁迫下的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）肝胰腺糖代谢相关基因的影响,为谷胱甘肽酵母水解物在水产养殖中的应用提供参考。【方法】在基础饲料（鱼粉质量分数17.7%）中分别按质量分数0%、0.3%、0.5%、0.7%、0.9%、1.1%的比例添加谷胱甘肽酵母水解物,配制等氮等脂饲料6组（分别记为G0、G0.3、G0.5、G0.7、G0.9、G1.1）,饲喂初始体质量（0.24±0.01）g凡纳滨对虾4周,测定对虾生长性能指标;对对虾进行干露胁迫30 min,测定对虾肝胰腺相关基因的相对表达。【结果】各处理组对虾增重率、特定生长率和饲料系数无显著差异（P> 0.05）。干露胁迫后,G0组凡纳滨对虾肝胰腺缺氧诱导因子（HIF-1α）、果糖磷酸激酶（PFK）和乳酸脱氢酶（LDH）基因的表达显著上调（P <0.05）,琥珀酸脱氢酶（SDH）、苹果酸脱氢酶（MDH）和细胞色素氧化酶（CCO）基因显著下调（P <0.05）,葡萄糖转运蛋白1(GLUT1)、己糖激酶（HK）和丙酮酸激酶（PK）基因的表达无显著变化（P>...  相似文献   

海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析     

贺惠  陈阳阳  王勋功  甄毓  米铁柱  于志刚  李迎 《海洋科学》2018,42(8):22-29

本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。  相似文献   

副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞均一化全长cDNA文库的构建   总被引：4，自引：0，他引：4  

王淑红  ZOU Zhi-hua  张子平  SHI Yong-chun  王艺磊 《台湾海峡》2008,27(3)

采用Trizol试剂提取副溶血弧菌感染的九孔鲍血细胞的总RNA,经Oligotex纯化得到mRNA.根据SMART技术原理合成双链cDNA.双链cDNA采用双链特异核酸酶进行cDNA的均一化,构建成九孔鲍血细胞的均一化全长cDNA文库.原始文库的库容为3.4×106 cfu/cm3,重组率为92.3%,扩增后文库的滴度为2.6×1011 cfu/cm3以上.从文库中随机挑取897个克隆,测序获得高质量ESTs814条,其中有23条Contigs; 762条Singlets,Unigenes共785条,冗余率只有3.56%.以上结果说明所构建的文库质量好,完全可以满足后续基因克隆和表达序列标签测序工作的需要.  相似文献   

栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

程洁  张玲玲  黄晓婷  张灿  王师  胡景杰  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(1):78-88

研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究.2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646 条序列.序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条.共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA 转座子、LTR 反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多.BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93%.BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%.  相似文献   

泥蚶(Tegillarca granosa) cDNA 文库的构建及铁结合蛋白基因(Ferritin)序列分析     

贺静静  李晔  李太武  苏秀榕  王孟前  李松伟  周军  马斌  李强芳 《海洋与湖沼》2009,40(3):289-295

取正常泥蚶肌肉组织获得总RNA,纯化mRNA后,利用含SfiⅠ酶切位点的CDSⅢ引物逆转录合成cDNA第一链,通过LD—PCR合成cDNA双链,经胶回收除去短片段,与pDNR—LIB载体进行连接,电转化到大肠杆菌DH10B中,构建形成原始文库,进行滴度测试和重组率鉴定。结果表明原始文库的滴度为3．17&#215;10^5cfu／ml,重组率为86．3％,插入片段多在500--2500bp间。随机挑选458个克隆测序,经分析获得94种已知基因及87种未知基因。其中包括铁结合蛋白（Ferritin）的全长cDNA序列。该基因序列全长895bp,5’-端非编码区为163bp,3’-非编码区为213bp,开放阅读框为519bp,编码172个氨基酸。推测其蛋白分子量和等电点分别为20kDa和4．89。氨基酸序列与皱纹盘鲍、太平洋牡蛎、血红扇头蜱、文昌鱼、中华蟾蜍、非洲爪蟾、小家鼠以及人等的同源性有62％-82％。比对结果表明,铁结合蛋白基因在动物进化中高度保守。  相似文献   

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)血细胞cDNA文库的构建及部分EST 序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王日昕  廖智  刘梅  鲁涛  武梅  何光源 《海洋与湖沼》2009,40(5):603-607

采用TRIZOLReagent提取厚壳贻贝血细胞总RNA,分离纯化mRNA,在此基础上以pCMV sport6质粒为载体通过Gateway技术构建了高质量的厚壳贻贝血细胞cDNA文库,以期获得厚壳贻贝血细胞的EST序列标签以及可能的免疫相关功能基因序列。从文库中随机挑选28个克隆进行序列测定及在线BLAST分析。结果表明,在28个随机克隆中,有4个克隆为rRNA基因,7个克隆为未知基因,推测是新基因,17个克隆为功能基因,包括脱氢酶,细胞色素氧化酶,热休克蛋白,金属结合蛋白,肌动蛋白等。以上研究结果为筛选厚壳贻贝免疫相关的新基因,深入研究厚壳贻贝免疫相关因子的分子多样性及免疫机制奠定了基础。  相似文献   

Screen and effect analysis of immunostimulants for sea cucumber,Apostichopus japonicus     

李继业  孙修勤  郑风荣  郝林华 《中国海洋湖沼学报》2009,27(1)

Immunostimulants may improve disease resistance of aquaculture animals by promoting the nonspecific immunity response of the organisms. Five types of saccharides, including chitosan, yeast polysaccharide, burdock oligosaccharide, seaweed polysaccharide and lentinus edodes polysaccharide, were screened for potential use as immunostimulants by using spectrophotometry. The saccharides were injected into Apostichopus japonicus, a sea cucumber, and the lysozyme and superoxide dismutase (SOD) activities of the coelomic fluid and epidermal slime were monitored in six consecutive days. The results show that the lysozyme activity of the animal's coelomic fluid was significantly stimulated on day 2, day 4 and day 6 after the injection of the saccharides (P<0.05). The effects of chitosan and yeast polysaccharide were the most notable. The lysozyme activity of the epidermal slime was significantly increased by chitosana, yeast polysaccharide, seaweed polysaccharide, and burdock oligosaccharide on day 1 and day 2 after the injection (P<0.05). The SOD activity of the coelomic fluid was significantly promoted by the saccharides on day 2 and day 4 post-injection (P<0.05), while the SOD activity of the epidermal slime increased on day 2. These findings indicate that chitosan and yeast polysaccharide are the most effective immunostimulants and potential healthy anti-disease feedstuff for A. japonicus.  相似文献   

锯缘青蟹性腺发育与性别分化相关组织混合线性化cDNA文库构建及EST初步分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

邹志华  张子平  王艺磊  陈锦民  贾锡伟  王淑红  林鹏 《热带海洋学报》2009,28(6):88-94

  相似文献   

海洋红酵母不同添加剂量对凡纳滨对虾生长、免疫酶活性及抗病力的影响     

何玉  朱彦博  田相利  贾钊阳  李海东  李丽  董双林  范瑞用 《海洋湖沼通报》2022,(4):33-41

研究了海洋红酵母(菌株编号：RM)不同添加浓度对凡纳滨对虾幼虾的生长性能、免疫酶活性及对副溶血弧菌抵抗力的影响。研究分别设置了4个海洋红酵母添加浓度(1.0×10⁸、1.0×10⁹、1.0×10¹⁰和1.0×10¹¹ cfu/kg)和1个无海洋红酵母添加的对照组,每个处理分别设置了5个重复,进行了42 d的养殖实验。养殖实验结束后,以副溶血弧菌进行病原攻毒实验,周期为14 d。结果表明：各实验组对虾的养殖总体成活率均大于90%,与对照组相比,未见显著性差异(P>0.05);除海洋红酵母1.0×10⁸ cfu/kg处理组外,其它各处理均显著提高了凡纳滨对虾的末体重(P<0.05),其中,1.0×10⁹和1.0×10¹⁰ cfu/kg添加组的对虾特定生长率及饲料转化效率均显著高于对照组。海洋红酵母不同浓度添加量对对虾血清非特异性免疫酶活性影响差异较大,1.0×10⁹ cfu/kg添加水平下,对虾血清中超氧...  相似文献